Bioinformatyka

Należy zdiagnozować metodami teoretycznymi pewne zjawisko i postawić hipotezę popartą naukowymi dowodami (analizy bioinformatycznej).

Treść:

Za pomocą narzędzia ClustalW, zaimplementowanego w serwisie EBI, należy wykonać multiple alignment dla takich samych zbiorów danych jak w zadaniach "MSA(nn) ręczne 1" i "MSA(aa) ręczne 1". Należy ustawić odpowiednie parametry inputowe aby porównanie było najbardziej podobne do wyżej wymienionych analiz.

Wyniki:

Należy zapisać pliki wynikowe (przede wszystkim plik *.aln) oraz wyjaśnić dlaczego wybrane takie ustawienia inputowe (oczywiście wyjaśnić należy te ustawienia, które mają konkretne uzasadnienie).

Treść:

Za pomocą edytora tekstu (notatnik, Metapad, Notepad++, itp.) lub edytora sekwencji molekularnych (np. BioEdit, ProtDoc, itp.) należy wykonać ręczny alignment wielu sekwencji aminokwasowych (mogą to być sekwencje pobrane w ćwiczeniu BLAST, w którym wyszukiwało się zbioru homologicznych sekwencji aminokwasowych lub jednym z ćwiczeń ENTREZ, w którym wyszukiwało się zbioru sekwencji o wspólnych cechach). Porównywanych sekwencji powinno być co najmniej 10. Należy pamiętać o tym, aby pozycje konserwatywne ustawiać we wspólnych kolumnach starając się jednocześnie ustawić całe bloki konserwatywne (poza delecjami i insercjami należy pamiętać, że o wiele łatwiej w toku ewolucji następują sybstytucje). Delecje w sekwencji oznacza się za pomocą myślnika "-".

Treść:

Za pomocą edytora tekstu (notatnik, Metapad, Notepad++, itp.) lub edytora sekwencji molekularnych (np. BioEdit, GeneDoc, itp.) należy wykonać ręczny alignment wielu sekwencji nukleotydowych (mogą to być sekwencje pobrane w ćwiczeniu BLAST, w którym wyszukiwało się zbioru homologicznych sekwencji nukleotydowych lub jednym z ćwiczeń ENTREZ, w którym wyszukiwało się zbioru sekwencji o wspólnych cechach). Porównywanych sekwencji powinno być co najmniej 10. Należy pamiętać o tym, aby pozycje konserwatywne ustawiać we wspólnych kolumnach starając się jednocześnie ustawić całe bloki konserwatywne (poza delecjami i insercjami należy pamiętać, że o wiele łatwiej w toku ewolucji następują sybstytucje). Delecje w sekwencji oznacza się za pomocą myślnika "-".