Bioinformatyka

Treść:

Wybrać jedną sekwencję (najlepiej jedną z ćwiczenia "NCBI - Protein ENTREZ 2") i na jej podstawie za pomocą narzędzia BLAST wyszukać sekwencje homologiczne

A)
używając opcji zawężania wyszukiwania podobnie jak w ćwiczeniu "NCBI - Protein ENTREZ 2" (organizm, baza danych itp),

B)
wyszukując w bazie danych struktur przestrzennych, dla odcinka kwerendy od 10 do 160 pozycji, ustawiając najmniejszą możliwą wielkość słowa, używając macierzy substytucji skonstruowanej na bazie sekwencji jak najbardziej podobnych, promując małą ilość dużych przerw.

Wyniki:

• Należy podać parametry inputowe wyszukiwania
• Porównujemy wyniki BLAST dla obu podpunktów: A) i B)
• Należy sprawdzić, czy pośród sekwencji homologicznych odnalezionych za pomocą narzędzia BLAST są sekwencje, odnalezione na podstawie wyszukiwania zaawansowanego w ćwiczeniu "NCBI - Protein ENTREZ 2"
• Rezultaty wyszukiwania BLAST zapisujemy w trzech plikach w formacie FASTA:
1. <= 100 sekwencji homologicznych (najlepsze)
2. <= 20 sekwencji homologicznych (wybrane)
3. 1 sekwencję homologiczną (najlepszą)

Wnioski:

• Należy wyjaśnić ustawienia z podpunktu B)
• wyjaśnić dlaczego lista rekordów odnaleziona za pomocą narzędzia BLAST nie jest identyczna z listą rekordów z zadania "ENTREZ 2"