Bioinformatyka

Treść:

Wyszukać maksymalnie 1000 sekwencji homologicznych dla pierwszego eksonu rekordu ACCESSION: NG_007075, VERSION: NG_007075.1, GI:160358355 we wszystkich możliwych nukleotydowych bazach danych za pomocą odpowiedniej wersji narzędzia BLAST. Wielkość odcinków, na jakie mają być pocięte sekwencje w pierwszym etapie wyszukiwanie nie mogą być większe niż 20 pozycji. Za dobre zestawienie nukleotydów +1, za złe -1 (Match/Mismatch), promując częste występowanie delecji i insercji (kary za przerwy).

Wyniki:

Zapisać pliki w formacie FASTA zawierające:

• 1 plik - wszystkie odnalezione sekwencje homologiczne
• 1 plik - około 10 najlepiej dopasowanych sekwencji homologicznych
• 1 plik - jedną, najlepiej dopasowaną sekwencję homologiczną

Należy szczegółowo opisać wyniki wyszukiwania (ilość odnalezionych sekwencji homologicznych, ilość sekwencji identycznych (w tym nazwy rekordów), ilość alignmentów o score powyżej 200, nazwę rekordu o najmniejszym stopniu podobieństwa, itp.)

Wnioski:

Należy wyjaśnić dobór parametrów inputowych. Należy też opisać podobieństwo między sekwencją kwerendową a najlepiej dopasowaną sekwencją homologiczną (czy to jest ten sam rekord, czy tylko podobne sekwencje?).