Bioinformatyka

Treść:

Za pomocą edytora tekstu (notatnik, Metapad, Notepad++, itp.) lub edytora sekwencji molekularnych (np. BioEdit, ProtDoc, itp.) należy wykonać ręczny alignment wielu sekwencji aminokwasowych (mogą to być sekwencje pobrane w ćwiczeniu BLAST, w którym wyszukiwało się zbioru homologicznych sekwencji aminokwasowych lub jednym z ćwiczeń ENTREZ, w którym wyszukiwało się zbioru sekwencji o wspólnych cechach). Porównywanych sekwencji powinno być co najmniej 10. Należy pamiętać o tym, aby pozycje konserwatywne ustawiać we wspólnych kolumnach starając się jednocześnie ustawić całe bloki konserwatywne (poza delecjami i insercjami należy pamiętać, że o wiele łatwiej w toku ewolucji następują sybstytucje). Delecje w sekwencji oznacza się za pomocą myślnika "-".

Wyniki:

Wynikiem ćwiczenia jest prawidłowo zrobiony multiple alignment zapisany do pliku *.aln. Należy pamiętać, że w porównywaniu sekwencji aminokwasowych ważną rolę grają podobieństwa właściwości fizykochemicznych zestawianych pozycji aminokwasowych (np. substytucja proliny na histydynę jest mało prawdopodobna - znajduje to potwierdzenie w macierzach substytucji).

Wnioski:

We wnioskach powinno znaleźć się wyjaśnienie kiedy korzystniejsze wydaje się wstawienie delecji/insercji, a kiedy substytucji. Ponadto należy opisać jakie jakie biologiczne znaczenie w porównywaniu sekwencji proteinowych mają podobieństwa pozycji nieidentycznych i jaki to ma wyraz w technice porównywania (jak można zautomatyzować ten proces?).