ClustalW2 wielokrotne porównanie sekwencji- Introduction
ClustalW2
jest uniwersalnym globalnym wielokrotnym programem wyrównania kolejności DNA albo białek. Produkuje biologicznie znaczące wielokrotne dopasowania sekwencji od rozbieżnych sekwencji. To oblicza lepsze wynik dla przedstawionych sekwencji i ustawia według tożsamości, podobieństwa i różnic. Ewolucyjne zwiazki mogą być przez oglądanie Kladogramów lub filogramy.
Wielokrotne dopasowanie sekwencji białek są istotnym narzędziem w porównywaniu sekwencji. Podstawową informacją jest identyfikacja konserwatywnych regionów sekwencji. To jest bardzo użyteczna do projektowania ekserymentu to testu i modyfikacji funkcji specyficznych białek, w przewidywaniach fukcji i struktury białek oraz identyfikacji u wszystkich rodzin białek.
Sekwencje mogą być wyrównywane w pionie ich całej długości (globalne dopasowanie) albo tylko w pewnych okolicach (lokalne dopasowanie). Zgadza sie to z dopasowanie dwóch sekwencji oraz wielokrotnym dopasowaniem. Globalne dopasowaniem używa przerw (przedstwaiają wstawki/usunięcia) podczas gdy lokalne dopasowanie unika ich, wyrównując różnice między przerwami. Clustal W jest całkowicie automatycznym programen do globalnego porównania sekwencji DNA i sekwencji białek. Dopasowanie jest progresywne i rozważa zbędność kolejności sekwencji. Drzewa także mogą być obliczane z wielokrotnych porównań. Program ma niektóre dające się regulować parametry z sennsownymi brakami.
|
