Manual
RasMol 2.7.5

     Atom:  CA 349       Group:  SER 70
     Atom:  O  526       Hetero:  HOH 205    Chain:  P

Skladnia:  backbone {<boolean>}
         backbone <value>
         backbone dash

Składnia:  background <colour>

Składnia:  bond <number>  <number> +
         bond <number>  <number> pick
         bond rotate {<boolean>}

Składnia:  Bulgarian

Składnia:  cartoon {<number>}

Składnia:  centre {<expression>} {translate|center}
         center {<expression>} {translate|center}

Składnia:  Chinese

Składnia:  clipboard

Składnia:  colour {<object>} <colour>
         color {<object>} <colour>

Składnia:  colourmode {<boolean>}
         colormode {<boolean>}

Składnia:  connect {<boolean>}

Składnia:  defer <name> <command to defer>

Składnia:  define <identifier> <expression>

Składnia:  depth {<boolean>}
         depth <value>

Składnia:  dots {<boolean>}
         dots <value>

Składnia:  echo {<string>}

Składnia:  English

Składnia:  execute <name>

Składnia:  French

Składnia:  hbonds {<boolean>}
         hbonds <value>

Składnia:  help {<topic> {<subtopic>}}
         ? {<topic> {<subtopic>}}

Składnia:  Italian

Składnia:  Japanese

Składnia:  label {<string>}
         label <boolean>

    %a      Atom Name
    %b %t   B-factor/Temperature
    %c %s   Chain Identifier
    %e      Element Atomic Symbol
    %i      Atom Serial Number
    %n      Residue Name
    %r      Residue Number
    %M      NMR Model Number (with leading "/")
    %A      Alternate Conformation Identifier (with leading ";")

Składnia: Load  {} 

Komenda load wczytuje pliki współrzędnych cząsteczki w programie RasMol. Poprawnymi formatami  pliku cząsteczki są 'pdb' (format Protein Data Bank), 'mdl' (forma  pliku Molecular Design Limited's MOL), 'alchemy' (format pliku Tripos' Alchemy), 'mol2' (format plikuTripos' Sybyl Mol2), 'charmm' (format pliku CHARMm), 'xyz' (MSC's XMol XYZ file format), 'mopac' (J. P. Stewart MOPAC file format) lub 'cif' (IUCr CIF lub w formacie pliku mmCIF).  Jeżeli format pliku nie jest określony, 'PDB', 'CIF', lub 'mmCIF', jest przyjęty domyślnie. Jednocześnie może być wczytane do 20 cząsteczek. Jeśli modele ligandu CHEM_COMP są zawarte w pliku mmCIF, będą one ładowane jako modele NMR, najpierw wszystkie modele NMR wymienia sie w przypadku modelu współrzędnego, jeśli jest określony, a następnie w przypadku idealnego modelu  współrzędnego.  

Aby usunąć cząsteczki przed kolejnym załadowaniem danych  należy użyć w programie RasMol polecenie 'zap'zap. Aby zaznaczyć cząsteczkę do manipulacji należy użyć  w programie RasMol polecenie 'molecule <n>'.

Polecenie load (wczytać) zaznacza wszystkie atomy w cząsteczce, skupia  na ekranie oraz prezentuje je jako kolorowy model szkieletowym CPK. Jeżeli cząsteczka nie zawiera/obejmuje wiązań)(zawietają tylko węgiel alfa) jest rysowana jako szkielet węgla alfa. Jeżeli   plik  określa mniejsze połączenia niż wiązania atomów, program RasMol określa łączność za pomocą polecenia 'connect'

Polecenie load inline pozawala również przechowywać współrzędne atomu w skryptach, aby umożliwić lepszą integrację z przeglądarki WWW. Polecenie  ładowania wykonywane we wewnątrz pliku skryptu może określić słowo-klucz inline zamiast standardowej nazwy pliku. Ta opcja określa, że współrzędne cząsteczki zapisane są w tym samym pliku, co aktualnie wykonywane polecenia.    

Zazwyczaj jest to używane w poleceniu load pdb inline które jest następnie użyte przez szereg poleceń RasMol zakończony przez polecenie 'exit'Polecenie 'exit'  kończy wykonywanie danego skryptu i sterowanie powraca do linii poleceń (lub skryptu wywołującego). Oznacza to, że wszystkie wiersze po "wyjściu" nigdy nie są interpretowane przez RasMol. Mogą być używane do przechowywania współrzędnych atomowych w WPB, CIF lub w formacie pliku mmCIF. Jednym z możliwych zastosowań jest standardowym prefix skryptu RasMol, które mogą być łączone ze sobą odpowiedni plik PDB on-the-fly.

Map

Składnia:  map {<map_selector>} {<map_subcommand> <parameters>}

Polecenia 'map' w programie RasMol manipulują gęstością elektronową we współpracy z wyświetlaczem mapy cząsteczek. Polecenia te są bardzo pamięciochłonne i mogą nie działać na komputerach z ograniczoną ilością pamięci. Każda cząsteczka może mieć taką liczbę map na jaką pozwala dostępna pamięć. Mapy mogą być odczytywane z plików bądź generowane z rozkładów gęstości Gaussa dookoła atomów. 

Polecenie 'map colour',
(kolorowanie mapy),to kolorowanie mapy zgodnie z danym schematem kolorów,
'map generate',
(generowanie mapy) generowanie mapy z wybranych atomów w oparciu o pseudo-Gaussians,
'map level',
(poziom mapy), aby ustawić konturowy poziom wybranych map,
'map load',
aby załadować mapę z pliku,
'map mask'
do wyznaczenia maski dla określonych map,
'map resolution',
aby ustawić rozdzielczość dla określonych map konturowych,
'map restrict',
aby wybrać jedną lub więcej map i wyłączyć wszystkie pozostałe,
'map save',
aby zapisać informacje do pliku map,
'map scale',
'control the scaling of pseudo-Gaussians when generating maps',
'map select',
aby wybrać jedną lub więcej map,
'map show',
aby wyświetlić informacje o jednej lub więcej map lub o parametrach, które mają być wykorzystane w tworzeniu lub ładowania następnej mapy,
'map spacing',
aby ustawić odstępy pomiędzy konturem linii wybranych map,
'map spread',
aby ustawić wariancje Gaussa dla generowania map jako ułamek promieni atomowych i
'map zap'
aby usunąć uprzednio wygenerowane lub załadowane mapy.

Efekt poleceń
'map generate'
i
'map load'
jest modyfikowany przez polecenie
'map mask'
które ogranicza część wyświetlanej przestrzeni, uznanej za wyświetlane mapy.

Map colour(mapa koloru)

Składnia:  map {} colour  (mapa {} Kolor  )


Polecenie 'map colour' w programie RasMol to polecenie kolorowania wybranych map zgodnie z określonymi schematami kolorów.  Schemat kolorów może być nazwany kolorem bądź nazwę i RGB kodem trójkowym w nawiasach lub słowo kluczowe atom aby spowodować zabarwienie punktów na mapie na kolor najbliższego atomu.

Map generate(Generowanie map)

Składnia:  map {<map_selector>} generate {LRsurf} dots
         map {<map_selector>} generate {LRsurf} mesh
         map {<map_selector>} generate {LRsurf} surface


W programie RasMol polecenie 'generate' generuje mapy z aktualnie wybranych atomów, poprzez zsumowanie przybliżonych gęstości elektronowych zgodnie z rozkładem Gaussa. Wartość Gaussa jest wyznaczana przez ustawienie polecenia ' map scale' W domyślnej skali mapy , każda wartość Gaussa jest wprost proporcjonalna do atomu. Jeśli opcja parametru 'LRSurf'jest podana lub skala mapy jest błędnie wykonana, każda wartość Gaussa jest skalowana tak, aby pierwszym poziomem konturu Gaussa był promień van der Waalsa. W każdym przypadku jest używane odchylenie standardowe określone przez ostatnio wyznaczony zasięg lub rozdzielczość. Jeżeli został podany niezerowy zasięg, promień atomu pomnożony przez zasięg wyznacza odchylenie standardowe. Standardowo/ domyślnie jest to 2/3rds. Jeżeli jest podana rozdzielczość , zasięg jest wyciągnięty jako 2/3rds z rozdzielczości. 

Na przykład, jeżeli rozdzielczość jest podana jako 1 i omawiany atom jest węglem o promieniu van der Waalsa 468 jednostek RasMol (1. 87 Angstroms), wyciągnięta rozdzielczość wynosi 6667 i odchylenie standardowe z Gaussa jest przyjmowane jako 1,25 Angstroms.

Jeśli zasięg jest ustawiony na zero, zasięg dla każdego atomu jest określony z promienia van der Waalsa i promienia atomu sondy do stymulowania efektu powierzchni Lee-Richards.

Jeśli nie ma określonej mapy , jest ona wyznaczana przez map selector (wybór map). Nowa mapa oznaczana jest kolejnym dostępnym numerem mapy. 

Jeśli określona  mapa została wybrana przez map selector (wybór map), nowa mapa zastępuje tą mapę. Jeśli  zostanie wyznaczona przez map selector (wybór map) więcej niż jedna mapa, nowa mapa zastępuje mapę o najniższym numerze. W każdym razie nowa mapa staje się aktualnie wybraną mapą.  

Mapa jest wyświetlana w postaci kropek, siatek lub powierzchni w zależności od ostatniej generowanej mapy przez wybrany tryb lub wybrany tryb przez polecenie 'itself'. Mapa jest wyświetlana w postaci kropek, siatek lub powierzchni w zależności od wybranego trybu, w którym była generowana ostatnia mapa lub wybranego trybu przez polecenie itself.

Map level (poziom mapy)

Składnia:  map {<map_selector>} level {MEAN} <number>


W programie RasMol  polecenie 'map level' ustawia poziom konturu używanego w tworzeniu kolejnych reprezentacji spośród generowanych lub załadowanych map. Słowo kluczowe MEAN  jest używane w stosunku do poziomu względnego oznaczonego z danych mapowych. W przeciwnym razie poziom jest absolutny/bezwzględny

Na ogół, niższy poziom wyników przekłada się na mapę zawierającą  więcej  z wyświetlonych wielkości, podczas gdy wyższy poziom wyników przekłada się na mapę zawierającą mniej z wyświetlonych wielkości.

Map load (wczytaj mape)

Składnia:  map {<map_selector>} load <filename>


W programie RasMol polecenie 'map load' ładuje plik mapy w programie RasMol. Poprawnymi formatami są format map CCP4 i format imgCIF. 

Jeżeli nie ma określonej mapy, jest ona wyznaczana przez map selector (wybór map), nowa mapa oznaczana jest kolejnym dostępnym numerem mapy. 

Jeżeli określona mapa została wybrana przez map selector (wybór map), nowa mapa zastępuję tą mapę.  Jeżeli zostanie wyznaczona przez map selector (wybór map) więcej, niż jedna mapa, nowa mapa zastępuje mapę o najniższym numerze. W każdym razie nowa mapa staje się aktualnie wybraną mapą.  

 Mapa jest wyświetlana w postaci kropek, siatek lub powierzchni w zależności od wybranego trybu, w którym była generowana ostatnia mapa.

Map mask 

Składnia:  map {<map_selector>} mask selected
         map {<map_selector>} mask <number>
         map {<map_selector>} mask none


W  programie RasMol polecenie 'map mask' określa maskę wykorzystywaną do ograniczenia wyświetlanego obrazu,  w kierunku reprezentacji innych map lub usuwania wcześniej wyszczególnionych map.

Opcja 'selected' wykazuje, że maska ma być utworzona z aktualnie wybranego atomu. Opcja 'number' wykazuje, że maska ma być kopiowana z mapy o określonym numerze. Opcja 'none'  usuwa poprzednio określoną maskę, jeżeli istnieje.

Map selector (wybór map) określa mapę lub mapy, dla których będzie stosowana określona maska. Na przykład, 'next mask selected' określa, że aktualnie wybrane atomy wykorzystane do generowania maski mają być stosowane do wszystkich kolejnych map utworzonych przez polecenie 'map load'lub 'map generate' 

Any map may be used as a mask.  The portions of the mask map greater than
than or equal to the average value of the mask map allow the values of the
map being masked to be used as given.  The portions of the mask
map lower than the average value of the mask map cause the values of
the map being masked to be treated as if they were equal to the
lowest data value of the map being masked.

Map resolution (Rozdzielczość mapy)

Skłania:  map {<map_selector>} resolution <number>


Polecenie RasMol 'map resolution' określa rozdzielczość w jednostkach RasMol lub jeżeli liczba zawierająca przecinek dziesiętny jest podana, rozdzielczość w Angstroms jest używana w generowaniu i reprezentowaniu map.  

Rozdzielczość jest używana w odstępach mapy dla reprezentacji map, wskazując odległość między poziomami konturu (patrz polecenie 'map spacing)i wprowadzić  zasięg mapy używany w generowaniu map  dela określonych atomów (patrz polecenie 'map spread'). Zasięg map jest ustawiony do dwóch trzecich określonej rozdzielczości.

Map restrict

Składnia :  map {<map_selector>} restrict


W programie RasMol polecenie 'map restrict' wybiera poszczególne mapy, aby uaktywnić je dla kolejnych poleceń map. To polecenie  jest podobne do polecenia 'map select' 'map select', ale nie wyłącza  wyświetlania map, które nie zostały wybrane.

Map save (zapisz mape)

Składnia:  map {<map_selector>} save <filename>


W programie RasMol polecenie 'map save' zapisuje plik mapy w formacie imgCIF.

Jeżeli nie ma określonej mapy jest ona wybrana przez map selector, aktualnie wybrane mapy i ich maski są zapisywane w pliku.   

Map scale (Skala mapy)

Składnia:  map {<map_selector>} scale <boolean>


W programie  RasMol polecenie 'map scale' wybiera skalowanie pseudo-Gaussa w poleceniach 'map generate'. W domyślnej poprawnej skali map, każda wartość Gaussa ma wartość proporcjonalną do atomu. Jeżeli skala mapy została wykonana nieprawidłowo, każda wartość Gaussa jest tak skalowana, aby kontur poziomu pierwszej wartości Gaussa stanowił promień van der Waalsa. W każdym przypadku odchylenie standardowe określone przez ostatnio wymieniony zakres lub rozdzielczość, jest używane. 

Map select 

Składnia:  map {<map_selector>} select {atom {within} {add} {search_radius}}


W programie RasMol polecenie 'map select' wybiera poszczególne mapy, aby  uaktywnić je dla kolejnych poleceń mapy. Jest to podobne do polecenia 'map restrict' 'map restrict', ale  wyświetla mapy, które nie zostały wybrane. 

Jeżeli jest dana opcja parametru 'atom', polecenie wybiera atomy z ośrodkami, które są najbliższymi punktami na mapie. Promień wyszukiwania może być określony przez parametr 'search_radius'. Domyślnie szuka atomów w promieniu 4 Angstroms.  Jeżeli opcja parametru 'within'jest podana, nowy wybór jest podejmowany w odległości od aktualnie wybranych atomów. Jeśli jest podana opcja parametru 'add', nowy wybór jest  dodany do aktualnie wybranych atomów. Domyślne przeszukiwanie jest podejmowane na obszarze wszystkich atomów.

Map show (Pokaż mapę)

Składnia:  map {<map_selector>} show


Polecenie RasMol 'map show' powoduje, że informacje na temat map określonych przez selector map, mają być zapisywane w oknie polecenia.

Map spacing

Składnia:  map {<map_selector>} spacing <number>


W programie RasMol polecenie 'map spacing' określa odstępy stosowane między konturem połączeń w tworzeniu reprezentacji map. Odstęp jest zazwyczaj podany w  Angstremach z miejscami po przecinku, ale w programie RasMol może być określany w  jednostkach RasMol (250ths of an Angstom), jako liczba całkowita. Dla map załadowanych w siatce współrzędnych odstępy są równoległe do krawędzi komórek. Domyślny odstęp wynosi połowę. 

Map spread (Zasięg mapy)

Składnia:  map {<map_selector>} spread <number>


W programie  RasMol polecenie  'map spread' określa wzajemne  liczby odchyleń standardowych używane w generowaniu map, jako zsumowane wartości Gaussa koncentrujące się na pozycji atomowej. Domyślny zasięg wynosi dwie trzecie (tj. Każdy promień obejmuje 1,5 odchylenia standardowego).

Jeżeli zasięg został ustawiony na zero, zasięg każdego atomu jest określany na podstawie promienia van der Waalsa i promienia atomu sondy do stymulowania efektu powierzchni Lee-Richards.  

Map zap (Usuwać mapę)

Składnia:  map {<map_selector>} zap


W programie RasMol polecenie 'map zap' usuwa dane I reprezentacje map, określone przez map selector (wybór map). Numery map, które nie zostały usunięte, nie są zmienione.

Molecule

Składnia:  molecule <number>

W programie RasMol polecenie'molecule' wybiera jedną z 5 uprzednio załadowanych cząsteczek aktywnych do manipulacji. Podczas, gdy wszystkie cząsteczki są wyświetlane i mogą być wspólnie obracane (patrz polecenie 'rotate all')tylko jedna cząsteczka w danym momencie jest aktywna do manipulacji przez polecenia, które kontrolują detale renderingu (określanie koloru, wyglądu i położenia każdego punktu w obrazie).

Monitor

Składnia:  monitor <number>  <number>
         monitor {<boolean>}

W programie RasMol polecenie 'monitor' umożliwia wyświetlenie odległości na 
ekranie monitora. Odległość na ekranie monitora jest linią przerywaną 
(kropkowaną) między dowolną parą atomów, ewentualnie oznaczoną przez odległość 
między nimi. W programie RasMol polecenie 'monitor  ' dodaje 
odległość na ekranie monitora między dwoma atomami, określoną przez atomowe 
numery seryjne podane jako parametry.

Odległości na ekranie monitorów są włączone za pomocą polecenia 
'set monitors off'. Na ekranie 
monitora domyślnie jest wyświetlana odległość pomiędzy dwoma punktami końcowymi 
jako etykieta zaznaczona w centrum ekranu na monitorze. Te odległości 
zaznaczonych etykiet mogą być wyłączone za pomocą polecenia 
'set monitors off' i ponownie włączone  
za pomocą polecenia 'set monitors on'. 
Podobnie jak większość innych reprezentacji, kolor na ekranie monitora pochodzi 
od koloru jego punktów końcowych chyba, że jest określony przez polecenie 
'colour monitors'. 

Odległości na ekranie monitora mogą być również dodane do cząsteczki 
interaktywnie za pomocą myszy, przy użyciu polecenia 
'set picking monitor'.
Kliknięcie na atom results (wyniki atomu), powoduje jego identyfikacje w linii 
poleceń programu RasMol. Ponadto każdy wzięty atom zwiększa wartość modułu tak, 
że w trybie monitora, co drugi atom zostaje wyświetlona odległość między tym atomem a 
atomem poprzednim. Klawisz Shift może być użyty do wyznaczenia odległości na 
ekranie monitora między ustalonym atomem i kilkoma kolejnymi pozycjami. 
Odległość na ekranie monitora może być również usunięta (przełączona), poprzez 
ponowny wybór odpowiedniej pary atomowych punktów końcowych.

Notoggle

Składnia:  notoggle {<boolean>}

Polecenie RasMol 'NoToggle' włącza lub wyłącza zdolność przełączenia, która jest 
wykorzystywana przez inne polecenia RasMol. Gdy wartość logiczna nie jest 
określona, tryb NoToggle jest włączony. Gdy tryb NoToggle jest włączony, 
wszystkie funkcje przełączenia są wyłączone. Aby go wyłączyć, należy ustawić 
'notoggle off'.
Niektóre polecenia, korzystające z funkcji przełączenia to: 
'ColourMode'. Więcej funkcji 
wykorzystujących te możliwości mogą być dodane później.

Pause (pauza)

Składnia:  pause
         wait

W RasMol polecenie 'pause' jest używane w plikach skryptowych, aby zatrzymać 
plik skryptu dla lokalnych manipulacji przez mysz, aby ponownie uruchomić skrypt 
należy wcisnąć dowolny klawisz. 'Wait' jest synonimem 'pause'. Polecenie to może 
być wykonane w plikach skryptowych RasMol do zawieszenia kolejnego wykonywanego 
polecenia i pozwala użytkownikowi na oglądanie bieżącego obrazu. Kiedy program 
RasMol wykonuje polecenie 'pause' z pliku skryptowego, to zostaje wstrzymane 
wykonanie pozostałej części pliku, odświeża obraz na ekranie i pozwala 
manipulować obrazem przy użyciu myszy i paska przewijania, lub zmienia rozmiar 
okna graficznego. Po naciśnięciu klawisza, plik skryptu jest ponownie kontrolowany w 
wierszu poleceń 'pause'. Podczas, gdy skrypt jest zawieszony 
cząsteczki mogą być obracane, tłumaczone, skalowane, ale wszystkie polecenia 
menu są wyłączone. 'pause' może prawdopodobnie być efektywnie użyte z poleceniem 
'echo 'echo'', w którym prezentowany jest 
użytnikowi/studentowi aktualny obraz. Zwykle poleceniem przed 'pause' powinno 
być "echo Naciśnij dowolny klawisz, aby kontynuować". 

Wykonanie skryptu może zostać anulowane w trakcie trwania pauzy, przez 
naciśnięcie Control-D lub Ctrl-Z(na VAX/VMS, Ctrl-C). Polecenie 
'set picking none' wyłącza wykonywanie 
skryptu, co pozwala uniknąć wyświetlania błędnych wiadomości, podczas gdy jest 
on zawieszony w czasie trwania pauzy.

Play (Odtwarzać)

Składnia:  play {from <time>} {until <time>} {{on|off|eject} {<type>} <medium>}

Polecenie RasMol 'play' określa nośnik, z którego można odtworzyć film. Czas odtwarzania początku ramki 
jest podany w sekundach z dokładnością do milisekund. Jako, że pracujemy na komputerach, 
nośnik jest określany jako zbiór plików, z których każdy oznaczony czas 
odtwarzania początku ramki w milisekundach jest częścią nazwy. Miejsce w nazwie, 
w którym należy szukać czasu odtwarzania początku ramki w milisekundach, jest 
oznaczone przez znaki "ssssss" z odpowiednią liczbą cyfr. RasMol akceptuje 
również duże lub małe litery w przypadku s's , czy cyfry po przecinku, aby 
zaznaczyć miejsce na czas. Polecenia play off i play eject skutecznie usuwają 
określone nośnik z użytkowania.  
Jeśli nośnik nie jest określony , play off zawiesza odtwarzanie i play on 
wznawia odtwarzanie. zazwyczaj odtwarzanie rozpoczyna się natychmiast i trwa do 
wyczerpania nośnika. Jednak jeśli play off i/lub kombinacje play from i 
play until ujęto przed "play type medium", ustawienia te będą stosowane.
Pomoc w obsłudze RasMol począwszy od wersji 2.7.5, uzyskujemy ze skryptów i plików danych.

Print (druk)

Składnia:  print

Polecenie RasMol 'print' wysyła aktualnie wyświetlany obraz do lokalnej drukarki 
domyślnej przy użyciu systemu operacyjnego natywnego sterownika drukarki. Uwaga: 
to polecenie nie jest jeszcze obsługiwane w systemie UNIX lub VMS. Jest 
przeznaczone do korzystania z systemu Microsoft Windows i sterowników drukarki 
dla komputerów Apple Macintosh. Na przykład, pozwala to na drukowanie zdjęć 
bezpośrednio z drukarki mozaikowej.
 
Korzystając z programu RasMol w systemie UNIX lub VMS funkcja ta może być 
osiągnięta również  przez generowanie pliku PostScript przy użyciu poleceń 
RasMol 'write ps' lub 
'write vectps' i drukowanie lub 
generowanie pliku obrazu rastrowego, a następnie zrzucanie tego obrazu za 
pomocą narzędzi do drukarki lokalnej.

Quit (Wyjście) 

Składnia:  quit
         exit

Polecenie 'quit' w programie oznacza wyjście z programu. W programie RasMol 
polecenia 'exit' i 'quit' są synonimami, z wyjątkiem umieszczonych w skryptach. 
W tym przypadku 'exit' kończy jedynie bieżący poziom, podczas gdy 'quit' kończy 
wszystkie umieszczonych poziomy skryptów.

Record (Rekord)

Składnia:  record {from <time>} {until <time>} {{on|off} {<type>} <medium>}
         record {mouse|motion|appearance} {on|off}

Polecenie RasMol 'record' określa nośnik do nagrywania filmu. Jako, że pracujemy 
na komputerach, nośnik jest określany jako szablon dla zestawu plików, z których 
każdy oznaczony czas odtwarzania początku ramki w milisekundach (raczej jako 
sekundy, aby uniknąć osadzenia kropki dziesiętnej) stanowi część nazwy. Miejsce 
w nazwie zajmowane przez czas odtwarzania początku ramki jest oznaczone przez 
znaki"ssssss" z odpowiednią liczbą cyfr. RasMol akceptuje również duże lub małe 
litery w przypadku s's , czy cyfry po przecinku, aby zaznaczyć miejsce na czas. 
Polecenia record off usuwa określony nośnik z użytkowania. Jeżeli nośnik nie 
jest określony, record off wstrzymuje nagrywanie i record on wznawia nagrywanie 
następnego dostępnego czasu na tym samym nośniku. Ekran jest nośnikiem 
domyślnym. Zapis na dysku musi być wyraźnie określony w taki sposób, żeby dysk 
nie został wypełniony w sposób niezamierzony. Typ nośnika danych może być typem 
obrazu, taki jak gif, pict lub png do rejestracji aktualnych obrazów na ekranie 
lub scripts do zapisania poleceń RasmMol używanych podczas generowania ramek.

Zwykle czas rozpoczęcia nagrywania w odtwarzaniu ramki wynosi 0 sekund. 
Niezerowy czas startu w sekundach można określić za pomocą polecenia 
"record from", jak w "record from 25" lub "record from 37.25", aby pomóc w 
organizacji scen z filmów do montażu później w odpowiedniej kolejności. 
Polecenie "record until" umożliwia ustawienie górnej granicy czasu nagrywania w 
sekundach. Domyślnie nie mają limitu. Wydawanie poleceń

'record from 600'

'record until 1800'

doprowadziłoby do 20 min odcinku filmu, start trwałby 10. 

Refresh (Odświeżyć)

Składnia:  refresh

W programie RasMol polecenie 'refresh' odświeża bieżący obraz. Jest to przydatne 
w skryptach do zabezpieczenia aplikacji kompleksowania listy zmian parametru.

Renumber (Sekwencyjny numer reszty w wielocząsteczkowym łańcuchu)

Składnia:  renumber {{-} <value>}

W programie RasMol polecenie 'renumber' podaje sekwencyjny numer reszty w 
wielocząsteczkowym łańcuchu. Opcja parametru określa wartość pierwszej reszty w 
sekwencji. Domyślnie, ta wartość jest jedna. W przypadku białek, każdy aminokwas 
jest kolejno numerowany od końca N do końca C. W przypadku kwasów nukleinowych, 
każda zasada jest numerowana od końca 5' do końca 3'. Wszystkie łańcuchy w 
aktualnych bazach danych są oznaczone i luki w oryginalnej sekwencji są 
ignorowane. Wartość początkowa numeracji może być ujemna. 

Reset (Przywrócenie wartość początkowej)

Składnia:  reset

W programie RasMol polecenie 'reset' przywraca początkowy podgląd transformacji 
i ośrodka obrotu. Skala jest ustawiona na wartość domyślną, 
'zoom 100', centrum obrotu jest ustawione do 
geometrycznego środka aktualnie załadowanej cząsteczki, 'centre all'
'centre all', to centrum jest ustawione na 
środku ekranu.

Polecenie to nie należy mylić z poleceniem programu RasMol 'zap' 
'zap', które usuwa obecnie przechowywane 
cząsteczki, co powoduje powrót programu do stanu początkowego.

Restrict (Ograniczać)

Syntax:  restrict {<expression>}

Polecenie 'restrict' w programie RasMol zarówno określa aktualnie wybrany region 
cząsteczki, jaki i wyłącza reprezentacje (w większości) tych fragmentów 
cząsteczki, które nie były zaznaczone. Wszystkie kolejne polecenia programu 
RasMol modyfikują kolor cząsteczki lub reprezentacji dotyczącej tylko aktualnie 
wybranego regionu. Parametrem polecenia 'restrict' w programie RasMol jest atom 
expression (wyrażenie atomu), który określa wartość każdego atomu w aktualnej 
cząsteczce. Te polecenie jest bardzo podobne do polecenia 'select'
'select' stosowanego  w programie RasMol, 
z wyjątkiem 'restrict' wyłącza 'wireframe'
'wireframe', 
'spacefill''spacefill' i 
'backbone''backbone' reprezentacji w 
rejonach nie wybranych.

W programie RasMol wpisując "help expression" lub patrząc na punkt 
'Atom Expressions' 'Atom Expressions' 
uzyskujemy więcej informacji na temat parametru atom expression.

Ribbons (Wstęgi)

Składnia:  ribbons {<boolean>}
         ribbons <value>

W programie RasMol polecenie ''ribbons'' 
pokazuje obecnie załadowane białko lub kwas nukleinowy jako gładka " wstęga " 
powierzchni biegnąca wzdłuż kręgosłupa białka. Wstęga jest rysowana między 
każdym aminokwasem, którego węgiel alfa jest aktualnie wybrany. Kolor wstęgi 
jest zmieniany za pomocą polecenia RasMol 'colour ribbon' 
'colour ribbon'. Jeżeli aktualna wstęga 
nie ma koloru (ustawienie domyślne), kolor jest przyjęty dla węgla alfa w każdej 
pozycji wzdłuż jej długości.

Szerokość wstęgi w każdej pozycji jest wyznaczana za pomocą opcji parametru w 
standardowych jednostkach RasMol. Dla drugorzędowej struktury białek została przyjęta domyślna 
szerokość wstęgi, natomiast dla kwasów nukleinowych ustalono wartość stałą 720 
(2.88 Angstroms). Domyślna szerokość alfa helis i beta harmonijki białka wynosi 380 
(1.52 Angstroms) i 100 (0.4 Angstroms) dla zakrętów i losowych spirali. 
Struktura drugorzędowa przepisana jest także z pliku PDB lub przy użyciu 
algorytmu DSSP stosowanego przez polecenie 'structure' 
'structure'. Te polecenie jest podobne 
do polecenia programu RasMol 'strands' 
'strands', które sprawia, że 
biomolekularna wstęga składa się jako parallel depth-cued curves.

Rotate (Obracać się)

Składnia:  rotate <axis> {-} <value>
         rotate bond {<boolean>}
         rotate molecule {<boolean>}
         rotate all {<boolean>}

W programie RasMol polecenie "rotate" powoduje obrót cząsteczki wokół określonej 
osi. Dopuszczalnymi wartościami dla parametru osi są "x", "y" i "z". Parametr 
określa w stopniach kąt obrotu struktury. Na osi X i Y dodatnie wartości 
przesunął najbliższy punkt w górę i prawo, a ujemne wartości przeniosą go w dół 
i lewo. Na osi Z dodatnie obroty działają  zgodnie ze wskazówkami zegara, a 
ujemne wędrują w kierunku przeciwny do kierunku ruchu wskazówek zegara.  

Alternatywnie, to polecenie może być użyte do określenia, które obroty będą 
kontrolowane pokrętłem lub myszą. Jeżeli jest wybrane 'rotate all true', pasek 
przewijania poziomowego będzie kontrolował obrót wokół osi określonej przez 
polecenie 'rotate all true'. Jeśli jest wybrane 'rotate all true', a wiele 
cząsteczek zostało załadowane, wszystkie cząsteczki będą obracać się razem. We 
wszystkich innych przypadkach, mysz lub pokrętło kontrolują obrót cząsteczki 
określonej przez polecenie 'molecule n' 
'molecule n'.

Russian (Rosyjski)

Składnia:  Russian

Polecenie 'Russian' ustawia menu i komunikator do wersji rosyjskiej.

To polecenie może nie działać poprawnie chyba, że zostały zainstalowane 
odpowiednie czcionki. Polecenia 
'Bulgarian',
'Chinese',
'English',
'French',
'Italian',
'Russian'
i
'Spanish'
mogą być używane do wyboru bułgarskiego, chińskiego, angielskiego, francuskiego, 
włoskiego, japońskiego, rosyjskiego i hiszpańskiego menu i komunikatora, 
jeśli zostały zainstalowane odpowiednie czcionki. 

Save (Zapisz)

Składnia:  save {pdb} <filename>
         save mdl <filename>
         save alchemy <filename>
         save xyz <filename>

W programie RasMol polecenie save zapisuje aktualnie wybrane zestawy atomów w 
Protein Data Bank (PDB), MDL, Alchemy(tm) lub pliki w formacie XYZ. Różnice 
między tym poleceniem i poleceniem programu RasMol 'write'
'write'' zostały usunięte. Jedyną różnicą 
jest to, że bez określonego formatu polecenie 'save' generuje się w pliku PDB, 
a polecenie 'write'write'' generuje się 
w obrazie 'GIF'.  

Script (skrypt)

Składnia:  script <filename>

Polecenie RasMol 'script' odczytuje kolejno z pliku tekstowego zbiór poleceń programu RasMol 
i je wykonuje. Pozwala to, aby sekwencje powszechnie używanych 
poleceń mogły być przechowywane i wykonywane przez pojedyncze polecenie. Plik 
skryptowy RasMol może zawierać dalszy skrypt poleceń maksymalnie do "głębokości" 
10, co uwzględnia złożone sekwencje działań do wykonania. Program RasMol 
po pierwszym znaku '#' ignoruje wszystkie znaki na każdej linii, co pozwala na 
uruchomienie skryptu, aby został odnotowany. Pliki skryptowe są często również 
notowane przy użyciu polecenia programu RasMol 'echo' 'echo'. 

Najczęstszym sposobem generowania pliku skryptowego RasMol jest użycie poleceń 
'write script' 'write script' lub 
'write rasmol' 'write rasmol' do przesyłania 
sekwencji poleceń, które są niezbędne w odnawianiu aktualnego widoku, 
reprezentacji i kolorowaniu aktualnie wyświetlonej cząsteczki.  

Polecenie RasMol 'source' jest synonimem polecenia 'script'.

Skrypty mogą być również tworzone za pomocą edytora tekstu.

Select (Wybierać)

Składnia:  select {<expression>}

Polecenie select w programie RasMol definiuje aktualnie wybrane regiony 
cząsteczki. Wszystkie kolejne polecenia RasMol, które służą do manipulacji 
cząsteczki lub modyfikacji jej koloru lub reprezentacji dotyczą tylko aktualnie 
wybranych regionów. Parametrem polecenia 'select' w programie RasMol jest 
expression (wyrażenie), który jest obliczane dla każdego atomu aktualnej 
cząsteczki. W aktualnie wybranym (aktywnym) regionie cząsteczki są atomy, które pozwalają 
prawidłowo określić wartość wyrażenia. Aby zaznaczyć całą cząsteczkę należy użyć 
polecenia RasMol 'select all'. Zachowanie polecenia 'select' bez żadnych 
parametrów jest określane w  RasMol parametrami 
'hetero'hetero'' i 'hydrogen' 
'hydrogen.

 W programie RasMol wpisując "help expression" lub patrząc na punkt 'Atom Expressions' 'Atom Expressions' uzyskujemy więcej informacji na temat atom expressions.

Set (Ustawić)

Składnia:  set <parameter> {<option>}

W programie RasMol polecenie 'set' pozwala użytkownikowi na zmianę różnych 
parametrów wewnętrznych, takich jak program kontroli opcji rendering. Każdy 
parametr ma własne ustawienia lub dopuszczalne opcje parametrów. Zazwyczaj, z 
pominięciem opcji parametru ustawia się jego domyślna wartość. Lista poprawnych 
nazw parametrów znajduje się poniżej.


Ambient
Axes
Background
BackFade
BondMode
Bonds
BoundBox
Cartoon
CisAngle
Display
FontSize
FontStroke
HBonds
Hetero
HourGlass
Hydrogen
Kinemage
Menus
Monitor
Mouse
Picking
Play...
Radius
Record...
ShadePower
Shadow
SlabMode
Solvent
Specular
SpecPower
Stereo
SSBonds
Strands
Transparent
UnitCell
VectPS
Write



Show (Pokazywać)

Składnia:  show information
         show centre
         show phipsi
         show RamPrint
         show rotation
         show selected { group | chain | atom }
         show sequence
         show symmetry
         show translation
         show zoom

Polecenie RasMol 'show' wyświetla szczegóły statusu aktualnie załadowanej 
cząsteczki. Polecenie 'show information' wymienia nazwę cząsteczki, 
klasyfikacje, kod PDB oraz liczbę atomów, łańcuchy, grupy, które zawiera. Jeżeli 
wiązania wodorowe, mostki dwusiarczkowe lub struktura drugorzędowa zostały 
ustalone, wówczas liczba wiązań wodorowych, wiązań SS, helisy, drabiny i zakręty 
są również odpowiednio wyświetlone. Polecenie 'show centre' pokazuje, że każdą 
niezerową wyśrodkowaną wartość określa polecenie 'centre [CenX, CenY, CenZ]'. 
Polecenie 'show phipsi' pokazuje kąty phi i psi aktualnie wybranych reszt oraz 
kąty omega peptydowych wiązań cis. Polecenie 'show RamPrint' (lub 'show RPP' lub 
'show RamachandranPrinterPlot') pokazuje prosty wykres wydruku w stylu fisipl 
programu Frances Bernstein. Polecenie 'show rotation' (lub 'show rot' lub 
'show 'rotate') pokazuje aktualnie wybrane wartości z, y, x i obroty wiązań, 
jeśli istnieją. Polecenie 'show selected' (lub 'show selected group' lub 'show 
selected chain' lub 'show selected atom') pokazuje grupy (domyślnie), łańcuchy, 
atomy bieżącego zaznaczenia. Polecenie 'show sequence' wymienia reszty wchodzące 
w skład każdego łańcucha cząsteczki. Polecenie 'show symmetry' pokazuję 
przestrzeń grup i komórki docelowe w cząsteczce. Polecenie 'show translation' 
pokazuje każdą niezerową wartość translacji wybraną przez polecenie 
'translate  '. Polecenie 'show zoom' pokazuje każdą niezerową 
wartość powiększenia wybraną przez polecenie 'zoom '.

Slab 

Składnia:  slab {<boolean>}
         slab <value>

Polecenie 'slab' w programie RasMol włącza, wyłącza lub pozycjonuje płaszczyznę  
przycinania cząsteczki. Ten program rysuje tylko te punkty w cząsteczce, które 
są dalej od obserwatora niż wycinek płaszczyzny.
Wartości całkowite wahają się od 0 na samym końcu cząsteczki do 100 na przodzie 
cząsteczki. Wartości pośrednie określają procent cząsteczki, która zostanie 
narysowana.
Polecenie te współpracuje z poleceniem 'depth ' 
'depth <value>', które obcina 
tylną część z danej płaszczyzny przycinania.

Spacefill (Wypełnienie pola)

  Składnia:  spacefill {} 
         spacefill temperature 
         spacefill user 
         spacefill  


The RasMol

Komenda 'spacefill' (wypełnienie pola) używana jest do wyświetlenia wszystkich zaznaczonych atomów jako stałych sfer. Komenda używana jest jednocześnie do wyświetlenia struktury modeli molekół grup sfer (union of spheres) oraz sfer połączonych wiazaniami (ball-and-stick). Komenda 'spacefill true' (wypełnienie pola włączone), domyślnie, wyświetla każdy atom jako sferę promienia van der Waals'a. Komenda 'spacefill off' wyłącza reprezentację atomów jako poszczególnych sfer. Długość promienia sfery może być określona jako liczba całkowita w jednostkach RasMol (1/250ta angstroma) bądź wartość zawierająca ułamek dziesiętny. Wartość 500 (2.0 angstromów) bądź większe wartości powodują błąd "Parameter value too large" (Zbyt duży  parametr wartości).


Opcja 'temperature' (temperatura) ustawia promień każdej sfery do wartości zachowanej w jej przedziale temperatury. Zero bądź minusowe wartości nie mają żadnego efektu, a wartości większe niż 2.0 doprowadzane są do wartości 2.0. 
Opcja 'user' (użytkownik) pozwala na dostosowanie promienia każdej sfery poprzez dodatkowe wpisy w plik PDB molekuły używając rozszerzenia wpisu Raster 3D COLOUR.

Komenda RasMol 'cpk' jest synonimem komendy 'spacefill'.

Komenda RasMol 'cpknew' jest synonimem komendy 'spacefill', z tym wyjątkem, że używana jest odmienna paleta kolorów.

Spanish (Hiszpański)

Syntax:  Spanish

Składnia:  Spanish (Hiszpański)
Komenda RasMol 'Spanish' ustawia domyślny język menu oraz komunikatów w wersji hiszpańskiej.

Komenda może nie działać prawidłowo o ile właściwa czcionka nie zostania zainstalowana. Komendy
'Bulgarian',
'Chinese',
'English',
'French',
'Italian',
'Russian'
and
'Spanish'
mogą zostać użyte w celu wyświetlenia menu oraz komunikatów we właściwych im językach o ile odpowiednie czcionki zostaną zainstalowane.

SSBonds (Wiązania SS)

Składnia:  ssbonds {} 
         ssbonds  

Komenda RasMol 'ssbonds' (wiązania ss) używana jest w celu reprezentacji mostków dwusiarczkowych molekuł protein w postaci lini kropkowanych bądź walców łączących cysteinę. Użycie komendy 'ssbonds' po raz pierwszy powoduje wyszukanie przez program struktur protein w celu odnalezienia par pół-cysteinowych (cystein, których cząsteczki siarki oddalone są od siebie w odległości 3 angstromów) oraz wyświetlenie użytkownikowi komunikatu o liczbie mostków. Komenda 'ssbonds on' (włącz wiązania ss) wyświetla zaznaczone "wiązania" jako linie kropkowane, a  komenda 'ssbonds off' (wyłącz wiązania ss) wyłącza wyświetlanie wiązań ss w zaznaczonym obszarze. Wybór mostków dwusiarczkowych działa w identyczny sposób z wyborem normalnych wiązań i może być dostosowany poprzez komendę 'set bondmode' 'set bondmode' (ustaw sposób wiązań). Kolor wiązań dwusiarczkowych może zostać zmieniony za pomocą komendy 'colour ssbonds''colour ssbonds' (kolor wiązań ss). Domyślnie, każde wiązanie dwusiarczkowe posiada kolor dołączonych do nich atomów. 
Domyślnie wiązania dwusiarczkowe przedstawione są pomiędzy atomami siarki wewnątrz grupy cysteinowej. Poprzez użycie komendy 'set ssbonds''set ssbonds' (ustaw wiązania ss) może zostać zamiennie ustawiona pozycja atomu alfa węgla w cysteinie.


Star(Gwiazda)

składnia:  star {}
         star temperature 
         star user 
         star  

Komenda RasMol 'star' (gwiazda) jest używana w celu przedstawienia wszystkich atomów gwiazd (sześć linii, w kierunkach x, -x, y, -y, z, -z). Komenda 'select not bonded' (zaznacz niezwiązane)  oraz następujaca po niej 'star 75' (gwiazda 75) jest użyteczna do obrazowania niepowiązanych atomów w postaci 'wireframe''wireframe' szkieletowej obciążając w miejszym stopniu moc obliczeniową komputera niż 'spacefill 75''spacefill 75' (wypełnieine pola 75). Może to zostać zrobione automatycznie dla wszystkich kolejnych wyświetleń szkieletowych poprzez komendę set bondmode not bonded''set bondmode not bonded' (ustaw tryb wiązań niezwiązanych).
Domyślna komenda 'star true' (gwiazda włączona) przedstawia każdy atom jako gwiazdę o długości ramion równych długości promienia van der Waalsa. Komenda 'star off' (gwiazda wyłączona) wyłącza przedstawienie zaznaczonych atomów jako gwiazdy. Długość ramienia gwiazdy może być określona jako liczba całkowita w jednostkach RasMol (1/250ta angstroma) bądź wartość zawierająca ułamek dziesiętny. Wartość 500 (2.0 angstromów) bądź większe wartości powodują błąd "Parameter value too large" (Zbyt duży parametr wartości).
Opcja 'temperature' (temperatura) ustawia długość ramienia każde gwiazdy do wartości zachowanej w jej przedziale temperatury. Zero bądź minusowe wartości nie mają żadnego efektu, a wartości większe niż 2.0 doprowadzane są do wartości 2.0.
Opcja 'user' (użytkownik) pozwala na dostosowanie długości ramienia każdej gwiazdy poprzez dodatkowe wpisy w plik PDB molekuły używając rozszerzenia wpisu Raster 3D COLOUR.
Komenda RasMol 'spacefill''spacefill' może zostać użyta w celu artystycznego przedstawienia atomów jako sfer.

Stereo (Stereo)

Skaładnia:  stereo on 
         stereo  
         stereo off 

Komenda RasMol 'stereo' pozwala na stereoskopowe wyświetlanie obrazów znajdujących się jeden obok drugiego. Stereoskopowe przeglądanie może zostać włączone (lub wyłączone) poprzez wybór opcji 'Stereo' z menu 'Options' bądż poprzez wpisanie w okno komend 'stereo on' i 'stereo off'

Rozpoczynając od wersji RasMol 2.7.2.1, menu wyboru komendy 'Stereo' i sama komenda 'Stereo' zawiera zbiór argumentów od początkowego cyklu 'stereo off' (stereo wyłącz) do 'stereo on' (Stereo włącz) w trybie wizualizacji zbieżnej (cross-eyed) oraz od 'stereo on' (Stereo włącz) do 'stereo off' (stereo wyłącz) w trybie wizualizacji rozbieżnej (wall-eyed).
Kąt oddzielenia pomiędzy oboma trybami wizualizacji może zostać dostosowany poprzez komendę 'set stereo [-] ''set stereo [-] <number>' (ustaw stereo [-] ), w której pozytywne wartości mają odniesieni do trybu wizualizacji zbieznej, a negatywne wartości w swobodnej wizualizacj rozbieznej. Dołączenie wpisu '[-] ' w komendzie 'stereo', jak w przykładzie 'stereo 3' lub 'stereo -5', kontorluje zarówno kąt jak i kierunek.
Komenda stereo została zaimplementowana wyłącznie częściowo. Gdy stereo zostaje włączone, obraz nie jest włąściwie wycentrowany. (Może do zostać ustawione za pomocą komendy'translate x -')'translate x -<number>' Nie jest to wspierane w plikach wyjściowych PostScript, nie może zostać zapisane za pomocą komendy 'write script', ani ogólnie właściwie połączone z kilkoma innymi funkcjami programu. 

Strands(Pasma)

Składnia:  strands {} 
         strands  

Komenda RasMol 'strands' wyświetla obecnie załadowane proteiny oraz kwasy nukleidowe jako wygładzone "wstążki" przebiegające w głębi zamglonych łukach u podstawy proteiny. Wstążka jest zbudowana z liczby pasm przebiegających równolegle wzdłuż płaszczyzny peptydowej  każdej pozostałości. Wstęga jest na kreślona pomiędzy każdym amino kwasem, którego węgiel alfa jest obecnie zaznaczony. Kolor wstążki może zostać zmodyfikowany poprzez użycie komendy RasMol 'colour ribbon''colour ribbon'. Jeżeli obecnie zaznaczony kolor wstążki to 'none' (domyślnie), kolor jest wybierany z węgla alfa, każdej z pozycji wzdłuz jej długości. Centralne oraz zewnętrzne pasma mogą zostać pokolorowane samodzielnie używając odpowiednie komendy 'colour ribbon1''colour ribbon1' i 'colour ribbon2''colour ribbon2'. Liczba pasm we wstążce może być dostosowanu używając komendy RasMol 'set strands''set strands' (ustaw pasma). 
Szerokość wstążki w poszczególnej pozycji jest określana poprzez opcjonalny parametr w typowych jednostkach RasMol. Domyślnie szerokość wstążki pochodzi z drugorzędowej struktury proteiny lub stałej wartości 720 dla kwasów nukleinowych (co rezultuje wstążką o szerokości  2.88 angstroma).  Domyślną szerokością helisy proteiny alfa i wstęgi beta to 380 (1.52 angstroma) i 100 (0.4 angstroma) dla zwrotów i przypadkowego zwoju. Wartosci dla drugorzędowej struktury pochodzą z pliku PDB bądź obliczane są za pomocą algorytmu DSSP poprzez uzycie komendy 'structure' 'structure'. Ta komenda jest podobna do komendy RasMol 'ribbons''ribbons', która wyświetla biomolekularne wstęgi jako gładko zacieniowane powierzchnie.

Structure (Struktura)

Składnia:  structure 

Komenda RasMol 'structure' oblicza wartości drugorzędowej struktury dla obecnie załadowanej proteiny. Jeżeli oryginalny plik PDB zawierał wpisy wartości strukturalnych (Helisa, Wstęga i zwrot) są one odrzucane. Wstępnie, znajdowane są wiązania wodorowe zazanaczonej molekuły, o ile nie zostało to jeszcze zrobione. Następnie zostaje określona drugorzędowej struktura za pomocą algorytmu DSSP Kabsch'a i Sander'a.  W momencie ukończenia pracy program wyświetla komunikat raportu liczby odnalezionych helis, pasm i zwrotów. 

Surface (Powierzchnia)

Składnia:  surface molecule  
         surface solvent   

Komena RasMol 'surface' wyświetla powierzchnię molekularną Lee-Richards'a będącą wynikiem z przetoczenia sondy atomu poprzez zaznaczone atomy. Podana wartość określa promień sondy. Jeżeli wartość zostanie podana w pierwszej formie zostanie wyświetlona rozwinięta powierzchnia sondy (powierzchnia pozbawiona rozpuszczalnika). Jeżeli wartość zostanie podana w drugiej formie zostanie wyświetlona w pozycij centralnej sondy otoczka (powierzchnia dostępna dla rozpuszczalnika). 

Trace (Ślad)

Skłądnia:  trace {}
         trace  
         trace temperature 

Komenda RasMol 'trace' wyświetla gładką linię sp pomiędzy następującymi po sobie pozycjami węgla alfa. Linia sp nie przezbiega dokładnie poprzez pozycje węgla alfa, każdej reszty, ale przebiega tą samą trasą co 'ribbons''ribbons',(wstęgi), 'strands' 'strands'(pasma) i 'cartoons''cartoons'. (ryciny). Proszę zwrócić uwagę na fakt, ze reszty mogą zostać wyświetlone jako ribbons''ribbons',(wstęgi), 'strands' 'strands',(pasma) i 'cartoons''cartoons' (ryciny) bądź jako 'trace' (ślad). Włączenie jednej z tych reprezentacji uniemożliwia włączenie pozostałych. Nie mniej jednak reszty mogą zostać wyświetlone jednocześnie jako podstawa bądź jako jedna z powyższych reprezentacji. Może to zostać w przyszłości zmienione w kolejnych wersjach RasMol. W wersje wcześniejszych poczynając od wesji 2.6,  komenda 'trace' była synonimem komendy  'backbone' (podstawa).
 
'Trace temperature' wyświela podstawę jako szerszy walec w wyższych czynnikach temeperatury i cieńszy w niższych czynnikach. Ta reprezentacja jest przydatna w krystalorafi rentgenowskiej i spektroskopii NMR. 

Translate (Tłumacz)

Składnia:  translate  {-}  (tłumacz  {-} )

Komenda RasMol 'translate' (tłumacz) przenosi pozycję centralną molekuły na ekran. Parametr axis (oś) określa, która oś molekuły zostanie przesunięta, a parametr wartości podany w liczbie całkowitej określa bezwzględne położenie centrum molekuł od środka ekranu.
Dopuszczalne wartości parametru osi to "x", "y" oraz "z". Wartości przesunięcia muszą zostać podane pomiędzy -100, a 100 co odpowiada przemieszczeniu zaznaczonej molekuły po ekranie.  Wartość dodatnia parametru przemieszczenia "x" przenosi molekułe w prawą stronę, dodatnia wartość parametru przemieszczenia "y" przenosi molekułę w dół ekranu. Para komend 'translate x 0' i 'translate y 0' ustawia molekułę w pozycji centralnej względem ekranu. 

UnBond (Rozwiązać)

Składnia:  unbond    (rozwiązać  )
         Unbond 


Komenda RasMol 'unbond  ' usuwa zaznaczone wiązanie na wyświetlanym obrazie. 
Komenda 'unbond' pobawiona argumentów usuwa wiązanie zaznaczone poprzez wszcześniej użytą komendę 'bond   pick' 'bond <number> <number> pick' . 

Wireframe (Przedstawienie szkieletowe)

Składnia:  wireframe {} 
         wireframe  {} 

Komenda RasMol 'wireframe' przedstawia każde wiązanie w zaznaczonym obszarze molekuł w postaci walców, lini bądź wektora w głębi zamglenia. Wyświetlenie wiązań w postaci wektorów w głębi zamglenia (obrazowane ciemniej wraz z oddaleniem od widza) zostaje włączone poprzez komendę 'wireframe' lub 'wireframe on'. Zaznaczone wiązania zostają wyświetlone w postaci walców poprzez określenie promienia oraz liczbę całkowitą w jednostkach RasMol bądź liczbę z ułamkem dziesiętnym w jednostce angstroma. Wartość 500 (2.0 angstromów) bądź większe wartości powodują błąd "Parameter value too large" (Zbyt duży  parametr wartości). Wiązania mogą zostać pokolorowane poprzez użycie komendy 'colour bonds''colour bonds'. Jeżeli zaznaczone wiązania dotyczyły atomów alternatywnych konformerów zostają one zwężone w środku do promienia 8 określonego promienia (bądź do promienia określonego jako drugi opcjonalny parametr) 
 Niepowiązane atomy, które mogą być niewidoczne w zwykłym trybie wyświetlania 'wireframe' mogą zostać zaznaczone poprzedająca komendą 'set bondmode not bonded''set bondmode not bonded'. Jeżeli zbliżone wiązania liniowe atomów są trudno zauważalne w przedstawieniu szkieletowym komenda 'set bondmode all''set bondmode all' spowoduje wyświetlenie znaczników dla 'all'(wszystkich) atomów w następującym wykonaniu komendy  'wireframe'  (przedstawienia szkieletowego). 

Write (zapisz)

Składnia:  write {} 

Zapisuje obecnie przetwarzany obraz jako plik w standardowym formacie. Obecnie wspierane pliki obrazów zawierają takie formaty jak 'bmp' (Microsoft bitmap) i 'gif' (Compuserve GIF), 'iris' (IRIS RGB), 'ppm' (Portable Pixmap), 'ras' (Sun rasterfile), 'ps' i 'epsf' (Encapsulated PostScript), 'monops' (Monochrome Encapsulated PostScript), 'pict' (Apple PICT), 'vectps' (Vector Postscript). Komenda 'write' (zapisz) może również zostać użyta do wygenerowania skryptów komend innych programów graficznych. Format 'script' zapisuje plik zawierający komendy RasMol 'script''script' w celu reprodukcji obecnie przetwarzanego obrazu. Format 'molscript' zapisuje komendy wymagane do wyświetlenia obecnego widoku molekuł w postaci wstęg w programie Per Kraulis' Molscript i format 'kinemage' zapisuje komendy niezbedne do wyświetlenia obrazu w programie Davida Richardson'a - Mage.
Następujące formaty są użyteczne w celu dalszego przetwarzania obrazu: 'povray' (POVRay 2), 'povray3' (POVRay 3 - w trakcie rozwoju), 'vrml' (VRML file). Ostatecznie, jest dostępnych parę formatów w celu udostępnienia danych phi-psi w celu utworzenia wykazu bądź użycia komendy 'phipsi' (phi-psi data jako lista adnotacji zawierająca omegi cis) 'ramachan', 'RDF' i 'RamachandranDataFile' (phi-psi data jako kolumny liczb w celu wyświetlenia w programie gnuplot), 'RPP' i 'RamachandranPrinterPlot' (phi-psi data jako wykres wydruku). 
Rozróżnienie pomiędzy ta komendą, a komendą RasMol 'save' 'save' zostało zaniechane. Jedyna różnica polega na tym, że bez sprecyzowania formatu komedna 'save''save' generuje plik 'PDB', a komenda 'write' plik obrazu 'GIF'. 

Zap (Usuń)

Składnia:  zap (usuń)

Usuwa zawartość obecnej bazy danych i resetuje parametry zmiennych do ich domyślnego stanu początkowego. 

Zoom (przybliż)

Składnia:  zoom {} (przybliż{}) 
         zoom (przybliż )

Zmienia powiększenie obecnie wyświetlanego obrazu. Parametry boolean (zmienne wartości) albo powiększąją  albo resetują skalę obecnie zaznaczonej molekuły. Parametr podany w liczbie całkowitej określa porządane powiększenie jako wartość procentową domyślnej skali. Minimalnym parametrem wartości jest 10; maksymalny parametr wartości zależy od rozmiaru obecnie wyświetlanej molekuły, dla Molekuł średnich rozmiarów to około 500.

Internal Parameters (Wewnętrzne parametry)
RasMol posiada szeroką liczbę wewntrznych parametrów, które mogą zostać zmodyfikowane przy użyciu komendy 'set' 'set'. Te parametry kontroluja różne opcje programu takie jak opcje wyświetlania czy ustawinia klawiszy myszy.

Kompletna lista nazw wewnętrznych parametrów podana jest ponizej. 


Ambient
Axes
Background
BackFade
BondMode
Bonds
BoundBox
Cartoon
CisAngle
Display
FontSize
FontStroke
HBonds
Hetero
HourGlass
Hydrogen
Kinemage
Menus
Monitor
Mouse
Picking
Play...
Radius
Record...
ShadePower
Shadow
SlabMode
Solvent
Specular
SpecPower
Stereo
SSBonds
Strands
Transparent
UnitCell
VectPS
Write



Set Ambient (Ustaw oświetlenie tła)

Składnia:  set ambient {} (Ustaw oświetlenie tła {}

Parametr RasMol 'ambient' jest używany w celu kontroli natężenia światła w tle (lub otoczeniu). Wartość parametru 'ambient' musi znajdować się pomiędzy 0 i 100. Kontroluje to procentowe natężenie najciemniejszego cienia objektu. Dla objektów stałych jest to intensywność powierzchni licującej z dala od źródła światła w źródło cienia. Dla objektów przedstawionych w głębi zamglenia jest to intensywność objektu przedstawionego jak najdalej od obserwatora.
Parametr jest zwyczajowo używany w celu poprawienia obrazu na monitorach o różnych "wartościach gamy" (jasności), w celu zmiany natężenia jasności lub ciemności obrazu wydruku bądź w celu dostosowania uczucia głębi w przedstawieniach szkieletowych i wstęgowych. 

Set Axes (Ustaw osie)

Składnia:  set axes  (ustaw osie)

Parametr RasMol 'axes' (osie) kontroluje wyświetlanie ortogonalne współrzędne osi w obecnie przeglądanym obrazie. Współrzędne osi są przedstawiane w pliku danych molekuły, punktem wyjściowym współrzędnych jest centrum bryły brzegowej molekuły. Komenda 'set axes' jest podobna do komend 'set boundbox''set boundbox' i 'set unitcell' 'set unitcell'
, które wyświetlają odpowiednio bryłę brzegową i krystalograficzną komórkę elementarną. 

Set Backfade (Ustaw blaknięcie tła)

Składnia:  set backfade  (ustaw blaknięcie tła)

Parametr RasMol 'backfade'  jest używany w celu kontroli blaknięcia tła dla ustalonych kolorów tła innych niż czarny. Jest to kontrolowane za pomocą komend 'set backfade on' i 'set backfade off'. Dla przykładu, parameter może zostać użyty w celu wygenerowania obrazów przedstawionych w głębi zamglenia blaknących w kolor biały, a nie czarny. 

Set Background (Ustaw tło)

Składnia:  set background {} (ustaw tło {})

Parametr RasMol 'background' (tło) jest używany w celu ustawienia koloru "płótna" tła. Kolor może być podany jako nazwa koloru lub oddzielona przecinkami trzykrotność componentów Red, Green, Blue (RGB) zamknięta w nawiasie kwadratowym. Wpisując komendę 'help colours''help colours' otrzymamy listę predefiniowanych nazw kolorów rozpoznawalnych przez RasMol. Jeżeli obsługujemy Windows X, RasMol rozpoznaje również kolory zamieszczone w baze danych nazw kolorów na serwerze X.
Komenda 'set background' jest synonimem komendy 'background''background'.. 

Set BondMode (Ustaw tryb wiązań)

Składnia:  set bondmode and (ustaw tryb wiązań i)
         set bondmode or (ustaw tryb wiązań lub)
         set bondmode all (ustaw tryb wiązań wszystkie)
         set bondmode none (ustaw tryb wiązań żadne)
         set bondmode not bonded (ustaw tryb wiązań niepowiązane)

Komenda RasMol 'set bondmode' kontroluje mechanizm używany do zaznaczenia poszczególnych wiązań i modyfikuje wyświetlanie powiązanych i niepowiązanych atomów poprzez następujące komendy 'wireframe''wireframe' .
Podczas używania komend 'select' 'select' i 'restrict''restrict, podane wiązanie zostanie zaznaczone o ile i) komenda bondmode jest ustawiona z parametrem 'or' i jeden z połączonych atomów został zaznaczony, lub ii) komenda bondmode jest ustawiona z parametrem 'and' i oba połączone atomy zostały zaznaczone. Tak więc, poszczególne wiązanie może zostać wyłacznie  zidentyfikowane poprzez użycie komendy 'set bondmode and' i wyłącznie poprzez zaznaczenie atomów na obu końcach. 
Komendy 'bondmode [all | none | not bonded]' dodają znaczniki 'star 75' 'star 75'
 i 'spacefill 75''spacefill 75' dla wyznaczonych atomów w przedstawieniu szkieletowym 'wireframe''wireframe'. Gwiazdy zostają użyte gdy wyznaczoony promień przedstawienia szkieletowego wireframe jest równy zeru. 

Set Bonds (ustaw wiązania)

Składnia:  set bonds  (ustaw wiązania )

Parametr RasMol 'bonds' jest używany w celu kontolowania wyświetlania wiązań podwójnych i potrójnych jako wielokrotnych lini lub walców. Obecnie kolejność wiązań jest otczytywana z plików MDL Mol, plików w formacie Sybyl Mol2, Tripos Alchemy, CIF i mmCIF oraz odpowiednich plików PDB. Podwójne (i potrójne) wiązania są określone w niektórych plikach PDB poprzez określenie danego wiązania podwójnie (i potrójnie) w rekordzie CONECT. Komenda 'set bonds on' włącza wyświetlanie kolejności wiązań, a komenda 'set bonds off' wyłącza ich wyświtlanie. 

Set BoundBox (ustaw bryłę brzegową)

Składnia:  set boundbox  (ustaw bryłę brzegową) 

Parametr RasMol 'boundbox' kontroluje wyświetlanie obecnej bryły brzegowej molekuły. Bryła brzegowa jest ortogonalna z plikami danych wyjściowych współrzędnych osi. Komenda 'set boundbox'  jest podobna do komend 'set axes' 'set axes' i 'set unitcell' 'set unitcell', które odpowiednio wyświetlają współrzędne osi i bryłę brzegową. 

Set Cartoon (ustaw rycinę)

Składnia:  set cartoon {} (ustaw rycinę {}) 
         set cartoon {} (ustaw rycinę {})

Parametr RasMol 'cartoon' jest używany w celu kontroli wyświetlania wersji ryciny przedstawienia wstążkowego 'ribbons' 'ribbons'. Domyślnie, grupa karboksylowa wstęg beta wyświetlana jest jako grot strzałki. Może to zostać włączone i wyłączone używając komendy 'set cartoons '. Głebia ryciny może zostać dostosowana poprzez użycie komendy 'cartoons '. Komenda 'set cartoons' bez żadnego parametru przywraca obie przytoczone opcje do ich domyślnych wartości. 

Set CisAngle (ustaw kąt Cis)

Składnia:  set cisangle {} (ustaw kąt cis {}) 

Parametr RasMol 'cisangle' kontroluje kąt odcięcia w celu identyfikacji wiązań cis peptydowych. Jeżeli żadna wartość nie zostanie podana kąt odcięcia zostaje ustalony na 90 stopni. 

Set Display (ustaw wyświetlanie)

Składnia:  set display selected (ustaw wyświetlanie zaznaczone)
         set display normal (ustaw wyświetlanie normalne)

Komenda kontroluje tryb wyświetlania program RasMol. Domyślnie, 'set display normal', RasMol wyświetla molekułę w reprezentacji wyznaczonej przez użytkownika. Komenda 'set display selected' zmienia tryb wyświetlania w taki sposób, że wyświetlana jest tymczasowo tworzona molekuła w celu wykazania obecnie zaznaczonej części molekuły. Wyznaczony przez użytkownika schemat kolorów oraz reprezentacja pozostaje bez zmian. W tej reprezentacji wszystkie zaznaczone atomy są wyświetlane w kolorze żółtym, a wszystkie niezaznaczone atomy w kolorze niebieskim. Kolor tła jest również zmieniony na ciemno szary w celu zwrócenia uwagi na zmianę trybu wyświetlania. Ta komenda jest zwyczajowo używana wyłącznie przez zewnętrzne Graphical User Interfaces (GUIs) (Graficzny Interfejs Użytkownika.) 

Set FontSize (ustaw wielkość czcionki)

Składnia:  set fontsize {} { FS | PS } (ustaw wielkość czcionki {} {FS | PS}

Komenda RasMol 'set fontsize' jest używana w celu kontroli rozmiaru znaków formujących opisy atomów. Wartość odpowiada wysokości wyświetlanych znaków w pikselach. Maksymalna wartość 'fontsize' (wielkości czcionki) to 48 pikseli, a wartość domyślna to 8 pikseli. Mogą zostać wybrane jednakowe lub proporcjonalne odstępy poprzez odpowiednie dołączenie modyfikatorów "FS" i "PS". Domyślnym modyfikatorem jest "FS".  W celu wyświetlenia opisów atomów należy użyć komendy RasMol 'label''label' , w celu zmiany koloru wyświetlanych opisów należy użyć komendy 'colour labels''colour labels'.

Set FontStroke  (Ustaw obrys czcionki)

Składnia:  set fontstroke {} (ustaw obrys czcionki {})

Komenda RasMol 'set fontstroke' jest używana w celu kontroli rozmiaru szerokości obrysu znaków tworzących opisy atomów. Wartość przedstawiana jest jako promien piksel walców używanych do formowania obrysów. Specjalna wartość "0" jest domyślną wartością używaną dla normalnej szerkości obrysu wynoszącej jeden piksel. Umożliwia to szybkie rysowanie oraz rotację obrazu. Dopuszone są niezerowe wartości umożliwiające bardziej artystyczne przedstawienie opisów atomów w celach publikacji, związane są jednak z kosztem wydłużnia w czasie przetwarzania obrazu.

Rekomenduje się użycie większego rozmiaru czcionki podczas używania  zerszych obrysów. Na przykład użycie komendy RasMol 'set fontsize 24 PS' 'set fontsize 24 PS' oraz następującą po niej komendę 'set fontstroke 2'.

Zbiór znaków używanych przez RasMol wyświetlanych z modyfikatorem jednakowych odstępów oraz z szerokością obrysu równą jednemu pikselowi jak również z modyfikatorem proporcjonalnych odstępów i szerokością obrysu o promieniu walca równą 2 piksel są przedstawiona na poniższym przykładzie. 




W celu wyświetlenia opisów atomów należy użyć komendy RasMol 'label' 'label', aby zmienić kolor wyświetlanych opisów należy użyć komendy 'colour labels' 'colour labels'. 

Set HBonds (Ustaw wiązania wodorowe)

Składnia:  set hbonds backbone (ustaw wiązania wodorowe  szkieletu)
         set hbonds sidechain (ustaw wiązania wodorowe łańcucha bocznego) 

Parametr RasMol 'hbonds' określa przedstawienie wiązań wodorowych pomiędzy atomami donora i akceptora wiązania wodorowego zgodnie z komendą 'set hbonds sidechain', lub określa wyświetlenie wiązań wodorowych pomiędzy atomami węgla alfa szkieletu białka oraz pomiędzy atomami fosforu szkieletu kwasu nukleidowego za pomocą komendy 'set hbonds backbone'. Aktualny obraz wiązań wodorowych kontrolowany jest poprzez komendę 'hbonds' 'hbonds'. Nakreślenie wiazań wodorowych pomiędzy węglami alfa białka lub atomami fosforu kwasu nukleidowego jest użyteczne podczas gdy reszta molekuły jest zobrazowana za pomocą wyłącznie schematycznej reprezentacji takiej jak 'backbone' 'backbone', , 'ribbons''ribbons' lub 'strands'strands'.. Ten parametr jest podobny w działaniu do parametru RasMol 'ssbonds' 'ssbonds'. 

Set Hetero (Ustaw Hetero)

Składnia:  set hetero  (ustaw hetero )

Parametr RasMol 'hetero' jest używany w celu modyfikacji 'domyślnego' działania komendy RasMol 'select''select', na przykład działania 'select''select' bez jakichkolwiek parametrów. Gdy ta wartość jest 'false' nieprawdziwa, domyślny region 'select''select' nie zawiera żadnych heterogenicznych atomów (odniesienie do predefiniowanego ustawienia 'hetero''hetero'). Gdy ta wartość jest 'true' prawdziwa, domyślny region 'select''select' może zawierać heteroatomy. Ten parametr jest podobny w działaniu do parametru RasMol 'hydrogen''hydrogen', który określa czy atomy wodoru powinny zostać zawarte w domyślnym ustawieniu. Jeżeli obie komendy 'hetero' i 'hydrogen''hydrogen'  są 'true' prawdziwe, komenda 'select''select' bez żadnych innych parametrów jest ekwiwalentna do komendy 'select all''select all'.. 

Set HourGlass (Ustaw klepsydrę)

Składnia:  set hourglass  (ustaw klepsydrę ) 

Parametr RasMol 'hourglass' pozwala na włączenie lub wyłączenie użycia kursora 'klepsydry' przez RasMol w celu wskazania pracy programu nad kreśleniem kolejnej klatki. Komenda 'set hourglass on' włącza kursor,  natomiast komenda 'set hourglass off' wyłącza zmianę kursora przez program. Jest to użyteczne w trakcie obracania molekuły, uruchamianiu sekwencji komend z pliku skryptowego lub używania komunikacji międzyprocesowej w celu wykonania złożonych sekwencji komend. W powyższych sytuacji migający kursor może być rozpraszający. 

Set Hydrogen (Ustaw wodór)

Składnia:  set hydrogen  (ustaw wodór )

Parametr RasMol 'hydrogen''hydrogen' jest używany w celu modyfikacji "domyślnego" działania komendy RasMol 'select''select'l, na przykład działania 'select' bez jakichkolwiek parametrów. Gdy ta wartość jest 'false' nieprawdziwa, domyślny region 'select''select'l nie zawiera żadnych atomów wodoru, deuteru lub trytu (odniesienie do predefiniowanego ustawienia 'hydrogen'). Gdy ta wartość jest 'true' prawdziwa, domyślny region 'select''select'l może zawierać atomy wodoru. Ten parametr jest podobny w działaniu do parametru RasMol 'hetero''hetero', który określa czy heterogeniczne atomy powinny być zawarte w domyślnym ustawieniu. Jeżeli obie komendy ''hydrogen' i 'hetero' są 'true' prawdziwe, komenda 'select''select' bez żadnych innych parametrów jest ekwiwalentna do komendy 'select all''select all

Set Kinemage (Ustaw Kinemage)

Składnia:  set kinemage  (ustaw kinemage ) 

Komenda RasMol 'set kinemage' kontroluje ilość szczegółów zapisywanych w pliku wyjściowym Kinemage generowanym przez komendę RasMol 'write kinemage''write kinemage'. Wyjściowe pliki kinemage powinny być wyświetlane w programie Davida Richardson'a Mage. 'set kinemage false', domyślne, przechowuje wyłącznie obecnie wyświetloną reprezentację w generowanym pliku wyjściowym. Komenda 'set kinemage true', generuje bardziej złożony Kinemage zawierający zarówno 'wireframe' przedstawienie szkieletowe i 'backbone representation' reprezentacje szkieletów związków jak również 'coordinate axes' współrzędne osi, 'bounding box' bryłę brzegową i 'crystal unit cell' krystalograficzną komórkę elementarna.

Set Menus (Ustaw Menu)

Składnia:  set menus  (ustaw menu )

Komenda RasMol 'set menus' włącza przyciski oraz pasek menu okna windows. Ta komenda jest zwyczajowo używana przez graficzny interfejs użytkownika bądż do stworzenia jak największego obrazu przy użyciu oprogramowania Microsoft Windows. 

Set Monitor (Ustaw Monitor)

Syntax:  set monitor <boolean>

Komenda RasMol 'set monitor' włącza 'monitors''monitors'.. Opisy monitora odległości mogą zostać wyłączone za pomocą komendy 'set monitor off' oraz ponownie włączone za pomocą komendy 'set monitor on'. 


Set Mouse (Ustaw Mysz)

Składnia:  set mouse rasmol (ustaw mysz rasmol)
         set mouse insight (ustaw mysz postrzeganie)
         set mouse quanta (ustaw mysz quanta)

Komenda RasMol 'set mouse' ustawia klawisze obracania, przenoszenia, skalowania i przybliżania myszy. Domyślna wartość 'rasmol' jest odpowiednia dla mysz dwó klawiszowych (dla mysz trzyprzyciskowych drugi i trzeci przycisk jest synonimiczny); obracanie X-Y jest kontrolowane za pomoca pierwszego przycisku myszy, przeniesienie X-Y za pomocą drugiego. Dodatkowe funkcje są kontrolowane poprzez przytrzymanie przycisku modyfikującego na klawiaturze. [Shift] i pierwszy przycisk myszy odpowiedzialny jest za skalowanie, [shift] i drugi przycisk myszy powoduje obrót w osi-Z, [control] i pierwszy przycisk myszy kontroluje powierzchnie tnące. Opcje 'insight' i 'quanta' zawierają te same ustawienia klawiszy myszy w innym zestawieniu i są przeznaczone dla doświadczonych użytkowników. 


Set Picking (Ustaw wybieranie)

Składnia:  set picking  (ustaw wybieranie )
         set picking off (ustaw wybieranie wyłącz)
         set picking none (ustaw wybieranie żaden)
         set picking ident (ustaw wybieranie ident)
         set picking distance (ustaw wybieranie odległość)
         set picking monitor (ustaw wybieranie monitor)
         set picking angle (ustaw wybieranie kąt)
         set picking torsion (ustaw wybieranie skręt)
         set picking label (ustaw wybieranie opis)
         set picking centre (ustaw wybieranie centrum) GB
         set picking center (ustaw wybieranie centrum) US
         set picking coord  (ustaw wybieranie koordynaty/współrzędne)
         set picking bond (ustaw wybieranie wiązanie)
         set picking atom (ustaw wybieranie atom)
         set picking group (ustaw wybieranie grupa)
         set picking chain (ustaw wybieranie łańcuch)


Seria komend RasMol 'set picking' wpływa na rodzaj interakcji użytkownika z molekułą wyświetlaną na ekranie w programie RasMol.
Włączanie/Wyłączanie Wybierania Identyfikacji Atomu: Kliknięcie na atom myszą skutkuje identyfikacją i wyświetleniem nazwy reszty, liczby reszty, nazwy atomu, numeru seryjnego atomu i łańcucha w oknie komend. To działanie może zostać wyłączone popprzez komendę  'set picking none' i włączone poprzez komendę 'set picking ident'. Komenda 'set picking coord' dodaje wyświetlanie współrzędnych atomu. 
Wyłączenie wybierania poprzez użycie komendy 'set picking off' jest użyteczne w trakcie wykonywania komendy 'pause''pause' w skryptach RasMol ponieważ wstrzymuje wyświetlanie nieprawdziwych komunikatów w lini komend w trakcie zawieszenia skryptu. 
Obliczanie odległości, kątów i skrętów: Interaktywbe obliczanie odległości, kątów i skrętów jest dokonywane poprzez odpowiednie użycie komend: 'set picking distance', 'set picking monitor', 'set picking angle' i 'set picking torsion'.  W tych trybach, kliknięcie na atom skutkuje jego identyfikacją w lini komend RasMol. Dodatkowo  każdy zaznaczony atom zyskuje moduł obliczeniowy, taki jak, tryb odległości, co sekundę atom wyświetla odległość (lub monit odległości)pomiędzy tym atomem, a poprzednim. W trybie kątu, co trzeci atom wyświetla kąt pomiędzy trzema poprzednimi atomami, a  w trybie skrętu co czwarty atom wyświetla skręt pomiędzy czteroma ostatnimi atomami. Przytrzymując klawisz shift w trakcie wyboru atomiu moduł obliczeniowy nie zostaje dołączony co pozwala, na przykład, na wyświetlenie odległości pomiędzy następującymi po sobie atomami od stałego atomu. Patrz komenda 'monitor''monitor' w celu sprawdzenia jak kontrolować wyświetlanie lini i opisów monitora odległości. 
Oznaczanie Atomów przy użyciu Myszy: Mysz może zostać również użyta w celu włączenia wyświetlania opisów atomu na zaznaczonym atomie. Komenda RasMol 'set picking label' usuwa opis z wybranego atomu, jeżeli takowy posiada, lub w innym przypaku wyświetla skrócony opis w pozycji atomu. 
Centrowanie Obrotu za pomocą Myszy:  Molekuła może zostać wycentrowana w określonej pozycji atomu za pomocą użycia komendy RasMol 'set picking centre' lub 'set picking center'. W tym trybie, wybór atomu powoduje następowanie wszelkich kolejnych obrotów w tym właśnie punkcie. 
Wybór Wiązania jako Osi Obrotu: Dowolne wiązanie może zostać wybrane jako oś obroty części molekuły poza drugim zaznaczonym atomem. Ta funkcja powinna być wybierana z uwagą, ponieważ zmienia to naturalnie konformacje całej molekuły. Po wykonaniu komendy 'set picking bond' bądź użyciu równoważnego "Pick Bond" w menu ustawień "Settings", wybór wiązania do obrócenia następuje za pomocą tego samego kliknięcia myszy, które jest zwyczajowo używane do zaznaczenia atomu w celu obliczenia odległości. Zwyczajowo powinno zostać to dokonane w miejscu, w którym znajduje się wiązanie, jeżeli nie istnieje żadne wiązanie, zostanie ono dodane. Wiązanie nie może zostać użyte w celu obrócenia jeżeli jest częścią pierscienia o jakim kolwiek rozmiarze. Wszelkie zaznaczone wiązania w celu dokonania obrotu są zapamiętywane w ten sposób aby mogły zostać zraportowane w momencie zapisu skryptu, ale wyłącznie ostatnio zaznaczone wiązanie może być aktywnie obracane. 
Włączanie  Wyboru Atomu/Grupy/Łańcucha: Atomy, grupy i łańcuchy mogą zostać zaznaczone (w ten sam sposób jak poprzez komendę 'select'), poprzez komendy 'set picking atom', 'set picking group', 'set picking chain'. Dla każdej z wymienionych komend może zostać użyty klawisz shift w celu dodania nowego zaznaczenia to uprzednio wykonanego, klawisz kontrol może zostać użyty w celu usunięcia nowego zaznaczenia z poprzednio dokonanego. W momencie podania komendy 'set picking atom', mysz może zostać użyta do zaznaczenia lub przeciągnięcia okienka dookoła atomów, których zaznaczenie jest pożądane.  W momencie podania komendy 'set picking group', zaznaczenie jakiegokolwiek atomu spowoduje zaznaczenie wszystkich atomów zgodnych z liczbą reszty zaznaczonego atomu, nawet jeżeli znajduje się w odmiennym łańcuchu.  W momencie użycia komendy 'set picking chain', zaznaczenie dowolnego atomu spowoduje wybóe wszystkich atomów zgodnych z identyfikatorem łańcucha wybranego atomu.

Set Play (ustaw odtwórz)

Składnia: set play.fps {}

Polecenie RasMol " ustaw play.fps" podaję liczbę klatek na sekundę do odtworzenia przez plecenie "play" ("odtwórz")'play', (domyślnie 24 klatek na sekundę)
W obecnym wydaniu RasMol , czas odtwarzania nie jest kontrolowany przez ten parametr.


Set Radius (ustaw promień )

Składnia: set radius {}

Polecenie RasMol "set radius" służy do zmiany zachowania polecenia "dots" (kropki)dots' w zależności od wartości parametru " solvent". Kiedy polecenie 'solvent' jest 'true', parametr kontrolny 'radius' na powierzchni Van der Wallsa jest generowany przez polecenie 'dots'. Jeśli wartość 'radius' inna niż zero, wtedy wartość odpowiada promieniowi każdego atomu wliczając w to wartości poprawne dla powierzchni Van der Wallsa. Kiedy wartość 'solvent' jest 'true', to parametr 'probe sphere' (solvent) określa promień. Parametr może być wyrażany jako całość w jednostkach programu RasMol lub może być wyrażony jako liczba dziesiętna w Angstremach. Wartość jednostki parametru jest określona przez wartość 'solvent' i zmienny parametr 'solvent' wyłączający komendę 'radius' jest nową wartością jednostki.

Set Record (ustaw rekord)

Składnia set record.aps {} 
Set record.fps {}
Składnia set record.dwell {}

RasMol "zestaw record set record.aps daję maaksymalną prędkość na ekranie, angstremów na sekundę w animacji tłumaczenia, obroty i powiększenia ( domyślnie 10/ sekundę). 
Polecenie RasMol "set record.aps" daję liczbę klatek na sekundę do nagrywania przez polecenie rekord 'record'( domyślnie 24 klatek na sekundę)
"set record.dwell" polecenie ustawia czas w sekundach aby zatrzymać się na zmianach w wyglądzie (domyślnie 0,5 sekundy).

Set ShadePower (ustaw  intensywność cienia)

Składnia: set shadepower{}

Parametr "Shadepower"  (na podstawie RasTop) określa podział cienia (kontrast), stosowane w renderingu obiekty stałe. Ta wartość od 0 do 100 dostosowuje cieniowanie powierzchni obiektu wzdłuż kierunku do źródła światła. Zmiana parametrów shadepower nie zmienia maksymalnej lub minimalnej wartości tego cieniowania, podobnie jak zmiany "otoczenia" parametru 'ambient'. Wartość 100 koncentruje światło na górze sfer, dając bardzo lustrzany szklisty rendering (patrz "specpower" parametrów)'specpower'. Wartość 0 rozprowadza światło na cały obiekt.
Ta implementacja shadepower różni się od w RasTop tylko w wyborze zakresiu (0 do 100 w porównaniu z -20 do 20 w RasTop).

Set Shadow (ustaw cien)

Składnia set shadow (boolean logiczna zmienna)

Polecenie 'set shadow' w programie RasMol włącza i wyłącza na bieżąco śledzenie promieni renderowanego obrazu. Obecnie tylko reprezentacja sferycznych modeli czaszowych (trójwymiarowych cząsteczek) jest zacieniona lub może rzucać cienie. Automatyczne wyłączenie opcji cieniowania dla płaszczyzny osi Z jest możliwe przy użyciu komendy 'slab off'. Dla białek o średnich rozmiarach śledzenie promieni trwa zwykle kilka sekund. Aby zapewnić większy efekt głębi zaleca się, wyłączenie opcji cieniowania, podczas przekształcania i manipulowania cząsteczką, i kiedy jest wybrany odpowiedni punkt widzenia. 

Set SlabMode (ustaw slabmode)

Składnia set slabmode

Parametr 'slabmode' w programie RasMol kontroluje wycinanie obiektów metodami renderowymi przy pomocy powierzchni osi Z. Ważnymi parametrami slabmode są: "reject", "half", "hollow", "solid", "section".

Set Solvent (ustaw rozpuszczalnik )

Składnia set solvent 

Polecenie 'set solvent' programu RasMol jest używane do kontrolowania polecenia 'dots' w programie RasMol. W zależności od wartości parametru 'solvent', polecenie 'dots' może albo generować powierzchnie van der Waalsa albo dostępny rozpuszczalnik powierzchni wokół aktualnie wybranych atomów. Zmiana tego parametru ponownie ustawia wartość parametru 'radius' w programie RasMol. Komenda 'set solvent false', wartość domyślna, oznacza, że powierzchnia van der Waalsa powinna być generowana i ustawia dla parametru 'radius' wartość 0. Polecenie 'set solvent true' oznacza, że dostępny rozpuszczalnik 'Connolly' lub 'Richards' powierzchni powinien być wykreślony i powinien być ustawiony parametr 'radius', a promień rozpuszczalnika wynosi 1.2 Angstremy (lub 300 jednostek RasMol). 

Set Specular (ustaw lustrzany)

Składnia: set specular 

Polecenie 'set specular' programu RasMol włącza lub wyłącza ekran rozświetlonych odbić lustrzanych na stałych obiektach w programie RasMol. Rozświetlone odbicia lustrzane wyglądają jak białe odbicia źródła światła na powierzchni obiektu. Aktualna implementacja programu RasMol używa funkcji zbliżenia do generowania odbicia lustrzanego.

Rozświetlone odbicia lustrzane na powierzchni stałych obiektów można zmieniać przy użyciu współczynnika odbicia lustrzanego, który jest zmieniany przy pomocy komendy 'set specpower''set specpower'.

Set SpecPower ( ustaw moc przestrzeni)

Składnia: set spacepower{}

Parametr "Specpower"  określa połysk ciał stałych wyświetlanych przez RasMol. Ta wartość od 0 do 100 dostosowuje współczynnik rozswietlonego odbicia lustrzanego. Przy pomocy komendy 'set specular' programu RasMol możliwe jest właczenie lub wyłączenie rozswietlenia odbicia lustrzanego. Wartości około 20 lub 30 tworzą sztuczną powierzchnie.  Wysokie wartości reprezentują bardziej lśniące powierzchnie taki jak metale, a niższe wartości tworzą bardziej rozproszone / matowe powierzchnie

Set SSBonds (ustaw ssbonds )

Składnia set ssbonds backbone 
         set ssbonds sidechain                                                                                                                                                               

Parametr RasMol "ss bonds" określa czy mostki dwusiarczkowe są nakreślone pomiędzy atomami siarki w łańcuchu bocznym lub miedzy atomami węgla alfa w szkielecie reszt cysteiny. Obraz rzeczywisty mostków dwusiarczkowych jest kontrolowany przez polecenie 'ssbonds 'ssbonds'. Przedstawione modele mostków dwusiarczkowych między węglami alfa są pomocne, gdy reszta białka znajduje się w odpowiedniej odległości. Modele takie jak 'backbone',, "'ribbons' lub 'strands'. Parametr ten jest podobny do parametru RasMol "hbonds"'hbonds'


Set Stereo (ustaw stereo)

Set stereo (ustaw stereo)
Składnia: :  set stereo  (wartość logiczna)
         set stereo [-]  (numer)

Parametr 'set stereo' programu RasMol kontroluje lewe i prawe części składowe obrazów. Włączanie lub wyłączanie funkcji stereo nie daje możliwości zmiany centrum cząsteczki. Widok cząsteczki w stereo może być włączany lub wyłączany przez wybór 'Stereo' z menu 'Options', albo poprzez stosowanie typowych komend 'stereo on' lub 'stereo off'. 
Podział kąta między dwa widoki może być wykonany przy użyciu komendy 'set stereo [-] ', w którym wartości dodatnie są widoczne, a negatywne wartości są niewidoczne. Obecnie, obraz stereo nie jest wspierany w plikach wyjściowych 'vector PostScript'. 

Set Strands ( ustaw pasma)

Skłądnia: set strands {}

Parametr RasMol "standts" kontroluję liczbe równoległych pasm które są wyświetlane na wstazce reprezentowanej przez białka. Dopuszczalne wartości tego parametru to 1, 2, 3, 4, 5 i 9. Wartość domyślna to 5. Liczba splotów jest stała dla wszystkich taśm, które są wyświetlane. Szerokość wstązki (odległość między wstazkami) moze być kontrolowana przez podstawowe reszty uzywając polecenia RasMol "ribbons"'ribbons'. 

Set Transparent (ustaw transparent-przejrzysty)

Składnia: set transparent  (wartość logiczna)

Parametr RasMol "transparent" parametr pisania przejrzystego GIF ustawiany przez komendę "write gif "'write gif <filename>'.Parametr może być kontrolowany przez dwa polecenia: "set transparent on" i "set transparent off".

Set UnitCell ( ustaw komórki elementarne, zasadnicze)

Składnia: set unitcell  ( wwartość logiczna)

Parametr RasMol "set unticell" kontroluje wyświetlanie krystalograficznych jednostek komórek na bieżącym ekranie. Komórki kryształu są aktywne tylko jeżeli są odpowiednie informacje o symetri krysztalu. Są one zawarte w dannych z pliku : PDB, CIF lub mmCIF. Polecenie RasMol "show symmetry" 'show symmetry'wyświetla szczegóły w krystalicznych przestrzeniach grup i osi komórki elementarnej.Polecenie "set unticell" jest podobne do polecen: "set axes( ustaw osie)"'set axes' i "set boundbox (ograniczonego pudła)" które wyświetlają prostopadłe osie współrzędnych i odpowiednio boundbox'set boundbox'.

Set VectPS ( ustaw Wektor PS)

Skłądnia: set vectps  (wartość logiczna)

Parametr RasMol "vectPS" jest używany do sterowania sposobem w jakim komenda RasMol "write" 'write'generuje wektory Postscript pliki wyjscia. Polecenie "set vectps on"  umożliwia użycie czarnych zarysów dookoła kuli i cylindra tworzącego wiązania 'cartoon-like' o wysokiej rozdzielczosci. Jakkolwiek aktualne wprowadzenie RasMol niepoprawnie rysuje kule, które są przecięte  więcej niż jedną inną kulą. Stąd modele "ball and stick" są wyświetlane poprawnie ale nie na dużych specyficznych modelach sfer. Cartoon kontury można wyłączyć, domyślnie, przez polecenie "swt vectps off '. 

Set Write (ustaw napisz)

Skłądnia set write  (wartość logiczna)

Parametr RasMol "write" kontroluje komendy "save"'save' i  "write" 'write' w skryptach, ale może być wykonane tylko z linii poleceń. Domyślną wartością ta jest "false", zakaz tworzenia plików w dowolnym skrypcie wykonywane po uruchomieniu (takich jak uruchomiony przez przeglądarkę). Jednakże, animatorzy mogą uruchomić RasMol interaktywnie: typu "set write on", a następnie wykonac skrypt do generowania każdej ramki za pomocą polecenia source. 

Atom Expressions Wyrażania atomów 
Wyrażenia atomów w RasMol: można jednoznacznie zindentyfikowac dowolna grupe atomow w czasteczce. Wyrazanie atomow składa się z prymitywnych wyrazen, predefiniowanych zestawów, operatorów porównania, "within" wyrażeń lub logicznych (boolean) kombinacji powyższych rodzajów ekspresji.Operatory logiczne pozwalaja aby złożone formuly mogą byc zbudowane z prostszych wyrazeń przy użyciu standardowych spójników logicznych "i", "lub" i "nie". Te mogą być skrócone przez symbole "&", "|" "!" I odpowiednio. Nawiasy (nawiasach) mogą być używane do zmiany pierwszeństwa operatorów. Dla wygody, przecinek może być również wykorzystywany jako alternatywe.
Wyrażenie atomu jest oszacowane dla kazdego atomu, w związku z tym "protein and backbone" wybiera atomy z szkieletu, natomiast nie wybiera atomów z szkieletu kwasu  nukleinowego białka!

Przykłady    backbone and not helix
             within( 8.0, ser70 )
             not (hydrogen or hetero)
             not *.FE and hetero
             8, 12, 16, 20-28
             arg, his, lys



Primitive Expressions Prymitywne wyrażenia
Predefined Sets Predefiniowane zestawy
Comparison Operators Operatory porównania
Within Expressions Wyrażenia "within"
Examples Przykłady


Przykłady wyrażen
Poniższa tabela zawiera przydatne przykłady wyrażeń RasMol atomu.

    Wyrażenia      Interpretacja

    *               All atoms
    cys             Atoms in cysteines
    hoh             Atoms in heterogeneous water molecules
    as?             Atoms in either asparagine or aspartic acid
    *120            Atoms at residue 120 of all chains
    *p              Atoms in chain P
    *.n?            Nitrogen atoms
    cys.sg          Sulphur atoms in cysteine residues
    ser70.c?        Carbon atoms in serine-70
    hem*p.fe        Iron atoms in the Heme groups of chain P
    *.*;A           All atoms in alternate conformation A
    */4             All atoms in model 4


Primitive Expressions Prymitywne wyrażenia

Prymitywne wyrażenia Rasmol są podstawowym budulcem wyrażen atomow. Pierwszy typ jest używany do identyfikacji danej liczby reszt lub zakresu numerów reszt. Pojedyncze reszty, sa identyfikowane poprzez numer (pozycja w sekwencji), a zakres jest określony przez dolną i górną granice oddzielonych myślnikiem. Na przykład "select 5,6,7,8' jest rowniez 'select 5-8' Należy pamiętać, że wybiera podane numery reszt wszystkich makrocząsteczek.



Drugi rodzaj prymitywnych wyrazen określa kolejność pól, który musi pasować do danego atomu. Pierwsza część określa reszty (lub grupy reszt) a druga określa atomy w tych resztach. Pierwsza część składa się z nazwy reszty, a ewentualnie do identyfikacji numeru reszty i / lub łańcucha.

Nazwy reszt składają się maksymalnie z 3 liter, i nie ma znczenia czy sa to duze litery czy male.Stad prymitywne wyrażenia SER i ser sa równoważne i określają wszystkie seryny  Nazwy, które zawierają reszty innych niż litery, takie jak grupy siarczanowe, mogą być rozdzielane w nawiasach kwadratowych, np. [SO4] ".
Numer reszty wskazuje na połozenie reszty w sekwencjach makrocząsteczek, ale błedna numeracja lub odwrotna numeracja sekwencji jest możliwa dzięki formatowi PDB. należy uwazac podczas określania zarówno nazwy jaki i numeru reszty. jeżeli pozycja grupy nie odpowaida połozeniu reszty wtedy nie zostają wybrane żadne atomy.Identyfikator łancucha może mieć numeryczny albo alfabetyczny charakter.
 Numeryczne identyfikatory łańcucha muszą zostać odróżnione lub są rozdzielone od numerów pozostałości przez charakter dwukropka. Na przykład, "SER70A" dla alfabetycznego identyfikatora łańcucha, ""lub "SER70:1" dla numerycznego identyfikatora łańcucha ", 1".
Druga czesc sklada się ze znakow kropek w nazwie atomow. Nazwa atomu może byc zlozona z\do 4 znakow, liter, lub cyfr. Srednik może zostac dodany jako identyfikator konformacji. za numerem atomu może być dodany ukosnik. 

Nazwa atomu może być do czterech liter alfabetu lub 4 cyfr. 
Gwiazdka może zostać używana jako znak uniwersalny dla pola całości i znaku zapytania jako pojedynczy znak zastępczy.

Comparison Operators Operatory porównania

Części cząsteczki mogą być również wyrazone za pomocą znaków równości, nierówności i inych operatorow wyrażających ich właściwości. Porównywalny format jest właściwą nazwą wynikającą ze znaku równości i występuje jako całość . 

Właściwości atomow, które mogą być używane w RasMol są wyrazane przez określenia "atomno" dla atomu numer seryjny "elemno" dla atomu liczby atomowej (element), "resno" w odniesieniu do liczby pozostałości, "Promień" w promieniu spacefill w RasMol jednostek ( lub zero jeżeli nie jest reprezentowany jako kula) i "temperatury" na izotropowe PDB wartości temperatury.


Operator równości jest oznaczony albo "=" lub "==". Operator nierówności albo jako "<>",! "=" Lub "/=". Inne operatory to: "<" mniej niż "<=" mniej niż lub równe ">" na większe i "> =" większy lub równy.


Przykłady:    resno < 23
             temperature >= 900
             atomno == 487


Within Expressions Wyrażenia within

Wyrażenia 'within' w programie RasMol pozwala atomom zostać wybranymi w bliskości do innego zestawu atomów. Wyrażenie 'within' przyjmuje dwa parametry oddzielone przecinkami i otoczone nawiasami. Pierwszy argument jest liczbą całkowitą, zwaną 'cut-off' (odległość w wyrażeniach 'within'), drugi argument jest dowolnym, poprawnym wyrażeniem atomu. Odległość 'cut-off' wyrażana jest w jednostkach RasMol lub w Angstremach. Atom jest zaznaczony jeśli jest w odległosci odciecia jednego z atomów określonego przez drugi argument. Pozwala to na konstruowanie bardziej złożonych wyrażen przy pomocy 'within'.   

Na przykład wyrażenie 'select within(3.2,backbone)' wybiera dowolny atom w promieniu 3,2 Angstrem każdego kręgosłupa białkowego lub kwasu nukleinowego. Wyrażenia 'within' są szczególnie przydatne przy wyborze atomów wokół miejsca aktywnego.

Predefined Sets Predefiniowane zestawy

Program RasMol posiada predefiniowane zestawy do wyrażania atomów. Te zestawy to pojedyncze słowa kluczowe, które stanowią części cząsteczek. Gotowe zestawy są często skrótami prymitywnych wyrażeń atomu. W niektórych przypadkach korzystanie z predefiniowanych zestawów pozwala na wybór obszarów cząsteczki, które nie mogłyby być wyodrębnione. Listę aktualnie predefiniowanych zestawów znajduje się poniżej. Oprócz zestawów na liście, RasMol traktuje również nazwy elementów (i ich liczba mnoga) jako predefiniowane zestawy zawierające wszystkie atomy tego typu element, czyli polecenia "select oxygen (wybierz tlenu)"'select oxygen' jest równoważne poleceniu "'select elemno=8 (wybierz elemno = 8)"'select elemno=8'..

    AT              Acidic          Acyclic
    Aliphatic       Alpha           Amino
    Aromatic        Backbone        Basic
    Bonded          Buried          CG
    Charged         Cyclic          Cystine
    Helix           Hetero          Hydrogen
    Hydrophobic     Ions            Large
    Ligand          Medium          Neutral
    Nucleic         Polar           Protein
    Purine          Pyrimidine      Selected
    Sheet           Sidechain       Small
    Solvent         Surface         Turn
    Water


AT Set Ustaw AT (Adeniana-tymina)

Ten zbiór zawiera atomy w uzupełniających nukleotydach adenozynie i tymidynie (A, T odpowiednio). Wszystkie nukleotydy są klasyfikowane jako zestaw "AT" lub zestaw "CG" Ten zestaw jest odpowiednikiem wyrażenia RasMol atom "a,t" i nucleic and not cg".
Acidic Set (Ustaw kwasne aminokwasy)

Zestaw kwaśnych aminokwasów. To rodzaj reszt Asp i Glu. Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako "kwaśne", "zasadowe"'basic' lub "" neutralne "'neutral'.. Ten zestaw jest odpowiednikiem wyrażenia Rasmol "asp, glu" i "amino and not (basic or neutral)"

Acyclic Set(ustaw acykliczne aminokwasy)

Zbiór atomow zawierających w aminokwasach pierścień acykliczny  Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako "cykliczne" lub "acykliczne". Ten zestaw jest równoznaczny z wyrażeniem RasMol atom " amino and not cyclic"'cyclic'.

Aliphatic Set (ustaw alifatyczne aminokwasy)

Ten zestaw zawiera alifatyczne aminokwasy. Są to aminokwasy Ala, Gly, Ile, Leu i Val. Ten zestaw jest równoznaczny z wyrażeniem RasMol "ala, gly, ile, leu, val".

Alpha Set (ustaw alfa) 

Zbiór atomów węgla w cząsteczce alfa białka. Ten zestaw jest w przybliżeniu równy wyrażeniu RasMol atom "*. CA". Polecenie to nie należy mylić z predefiniowanego zestawu " helix (spirala)"'helix', który zawiera atomy w aminokwasach helisy alfa białka.

Amino Set(ustaw amino) 

Ten zestaw zawiera wszystkie atomy zawarte w resztach aminokwasowych. Jest to użyteczne dla odróżnienia białka od kwasu nukleinowego i niejednorodnych atomów w bieżącej bazie danych cząsteczki.

Aromatic Set

Zbiór atomów w aminokwasach zawierających pierścienie aromatyczne. Są to aminokwasy His, Phe, Trp i Tyr. Ponieważ zawierają aromatyczne pierścienie wszyscy członkowie tego zbioru są członkami predefiniowanego wyrażenia "set cyclic". Ten zestaw jest równoznaczny z wyrażeniem RasMol atomu "his, phe, trp, tyr" i "cyclic 'cyclic'. and not pro".

Backbone Set  (ustaw kregosłub białkowy)

Ten zestaw zawiera cztery atomy każdego aminokwasu (N-C-C-O) które stanowią podstawe polipeptydowych białek, oraz atomy kręgosłupa fosforanu i cukru kwasu nukleinowego. Użycie wcześniej komendy sets 'protein' and 'nucleic' pozwala odróżnic te dwie formy kręgosłupa. Atomy w kwasie nukleinowym lub w białku są albo 'backbone' lub 'sidechain''sidechain'. Ten zestaw jest równoznaczny z wyrażeniem "(protein or nucleic) and not sidechain".  

Predefiniowany zestaw 'mainchain' jest synonimem zestawu 'backbone'

Basic Set (ustaw zasady)

Zestaw zasadowych aminokwasów. To rodzaj reszt Arg, His i Lys. Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako "kwaśne" 'acidic', "zasadowe" lub "neutralne 'neutral'.. Ten zestaw jest odpowiednikiem wyrażenia RasMol atom "arg, his, lys" and "amino and not (acidic or neutral)".

Bonded Set

Ten zestaw zawiera wszystkie atomy w bieżącej bazie danych cząsteczki są łączone z co najmniej jednym innym atomem.

Buried Set (ustaw ukryte)

Ten zestaw zawiera atomy w tych aminokwasach, które mają tędencje do "ukrywania się" wewnątrz białka z dala od cząsteczek rozpuszczalnika.Zestaw ten odnosi się do preferencji aminokwasów a nie dostępności białka do rozpuszczalnika.Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako 'surface' lub 'buried'. Ten zestaw jest równoznaczny z wyrażeniem "amino and not surface".   

CG Set

Ten zestaw zawiera atomy w uzupełniających nukleotydach cytozyny i guanozyny (C i G, odpowiednio). Wszystkie nukleotydy są klasyfikowane jako set 'at''at' or the set 'cg Ten zestaw jest odpowiednikiem wyrażenia RasMol atom "c,g" i "nucleic and not at".

Charged Set

Ten zestaw zawiera naładowane aminokwasy. Są to aminokwasy, które są albo "kwaśny"'acidic' lub "zasadowe"'basic'.. Aminokwasy są klasyfikowane jako albo 'charged' lub 'neutral 'neutral'. Ten zestaw jest odpowiednikiem wyrażenia RasMol atom basic" i "amino and not neutral".

Cyclic Set (Ustaw cykliczne)

Zbiór atomow zawierających w aminokwasach pierścień acykliczny  Wszystkie aminokwasy są klasyfikowane jako "cykliczne" lub "acykliczne" 'acyclic'.  Zestaw ten składa się z aminokwasów His, Phe, Pro, Trp i Tyr. Członkowie predefiniowanchy zestawow "aromatycznych" 'aromatic' należą do tego zbioru. Tylko cykliczne ale niearomatycznych aminokwasu proliny. Ten zestaw jest odpowiednikiem wyrażenia RasMol atom "his, phe, pro, trp, tyr" i "aromatic or pro" i "amino and not acyclic".

Cystine Set(Ustaw cystynę)

To ustawienie zawiera atomy reszty cysteinowej, które tworzą część mostka dwusiarczkowego, na przykład  pół cysteiny. RasMol automatycznie określa mostek dwusiarczkowy, jeżeli nie została użyta predefiniowana komenda ustaw 'cystine' lub komenda RasMol 'ssbonds''ssbonds' od momentu wczytania molekuły. Ustawienie wolnych cystein może być określone poprzez użycie wyrażenia RasMol "cys and not cystine". 

Helix Set(Ustaw helisy)

To ustawienie zawiera wszystkie atomy, które tworzą część alfa helisy białka jak zostało to określone poprzez autorski plik PDB lub DSSP algorytm Kabsch'a i Sander'a. Domyślnie, RasMol używa określenia drugiej struktury podanego w pliku PDB o ile takie zostało utworzone. W innym wypadku używa algorytmu DSSP w ten sam sposób w jaki zostało ono użyte poprzez komendę RasMol 'structure''structure'.
To predefiniowane ustawienie nie powinno być mylone z predefiniowanym ustawieniem 'alpha''alpha', które zawiera węgiel alfa atomów białka. 

Hetero Set (Ustaw hetero)

To ustawienie zawiera heterogoniczne atomy molekuły. Są to atomy określone poprzez wpisy HETATM w pliku PDB. Zawierają one zwyczajowo wodory, kofaktory i inne rozpuszczalniki i ligandy. Wszystkie atomy 'hetero' są sklasyfikowane jako ligand''ligand' (ligdandy) lub 'solvent''solvent' (atomy rozpuszczalniki). Te heterogoniczne 'solvent''solvent' atomy rozpuszczalniki są następnie klasyfikowane jako 'water' (wodory)'water' lub 'ions' (jony)'ions'..

Hydrogen Set (Ustaw hydrogenu)

To predefiniowane ustawienie zawiera wszystkie atomy hydrogen, deuter i tryt obecnej molekuły.
To predefiniowane ustawienie jest ekwiwalentne z wyrażeniem atomu RasMol "elemno=1".

Hydrophobic Set (Ustaw hydrofobowe)

To ustawienie zawiera wszystkie aminokwasy hydrofobowe. Są to aminokwasy Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met i Trp. Wszystkie aminokwasy są sklasyfikowane jako 'hydrophobic' (hydrofobowe) lub 'polar''polar'. (biegunowe). To ustawienie jest ekwiwalentne z wyrażeniem atomowym RasMol "ala, leu, val, ile, pro, phe, met, trp" i "amino and not polar" (amino i nie biegunowe). 

Ions Set (Ustaw jony)

To ustawienie zawiera wszystkie heterogoniczne jony fosforanu i siarczanu w obecnym pliku danych molekuły. Wysokie wartości jonów są powiązane z strukturami białek i kwasów nukleinowych określanych poprzez krystalografie rentgenowską. Te atomy przyczyniają się do zatłoczenia wyświetlanych elementów w obrazie. Wszystkie atomy 'hetero''hetero' są sklasyfikowane jako 'ligand' 'ligand'(ligandy) lub 'solvent''solvent' (atomy rozpuszczalniki). Wszystkie 'solvent''solvent' atomy rozpuszczalniki są sklasyfikowane jako 'water' wodory'water' lub 'ions' jony.

Large Set (Ustaw duże)

Wszystkie aminokwast są sklasyfikowane jako 'small' (małe)'small',, 'medium' (średnie)'medium' lub 'large' (duże). To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol "amino and not (small or medium)". 

Ligand Set (Ustaw Ligand)

To ustawienie zawiera wszystkie heterogoniczne kofaktory i moiety ligand, które zawarte są w obecnym pliku danych molekuły. To ustawienie dotyczy wszystkich 'hetero''hetero' atomów, które nie są 'solvent''solvent' atomami rozpuszczalnikami. Dlatego też to ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol "hetero and not solvent". (hetero nie rozpuszczalnik). 

Medium Set (Ustaw średnie)

Wszystkie aminokwasy są sklasyfikowane jako 'small' (małe)'small',, 'medium' (średnie) lub 'large' (duże)'large'.. To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol  "amino and not (large or small)" (amino i nie duże lub małe). 

Neutral Set(Ustaw obojętne)

Ustawienie obojętne aminokwasy. Wszystkie aminokwasy są sklasyfikowane jako 'acidic' (kwasowe)'acidic',, 'basic' (zasadowe)'basic' lub 'neutral' (obojętne). To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol "amino and not (acidic or basic)" (amino i nie kwasowy lub zasadowy).

Nucleic Set (Ustaw nukleinowy)

Ustawienie atomów jako kwasy nukleinowe, które zawierają cztery podstawy nukleotydowe adenozynę,  cytydyne,  guanozyne i tymidyne (A, C, G i T, odpowiednio). Wszystkie nukleotydy są sklasyfikowane jako 'purine' (puryna) lub 'pyrimidine' (pirymidyna). To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol "a,c,g,t" i "purine 'purine' or pyrimidine"'pyrimidine'. Symbole nukleotydów RNA (U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU, and PSU) są również uznawane jako elementy tego ustawienia.

Polar Set (Ustaw biegunowy)

To ustawienie dotyczy aminokwasów biegunowych. Wszystkie aminokwasy są sklasyfikowane jako 'hydrophobic' (hydrofobowe)'hydrophobic' lub 'polar' (biegunowe). To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol "amino and not hydrophobic" (amino i nie hydrofobowy). 

Protein Set(Ustaw białko) 

Ustawienie wszystkich atomów jako białka. Zawiera ono predefiniowane ustawienie RasMol 'amino''amino'	 i wspólne po translacyjne modyfikacje.

Purine Set (Ustaw puryne)

Ustawienie nukleotydów puryny. Są to podstawy adenozyny i guanozyny (odpowiednio, A i G). Wszystkie nukleotydy to 'purines' (puryny) lub 'pyrimidines' (pirymidyny)'pyrimidines'. To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol "a,g" i "nucleic and not pyrimidine".

Pyrimidine Set (Ustaw pirymidyny)

Ustawienie nukleotydów pirymidyny. Są to podstawy cytydyny i tymidyny (odpowiednio, C i T). Wszystkie nukleotydy to 'purines' (puryny) lub 'pyrimidines' (pirymidyny)'purines'. To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol "c,t" i " nucleic and not purine "(nukleiny i nie puryny).

Selected Set (Ustaw zaznaczone)

Ustawienie dotyczy zbioru atomów w obecnie zaznaczonym regionie. Obecnie zaznaczony region jest definiowany za pomocą poprzedzenia wyrażenia komendą 'select' (zaznacz) lub 'restrict' (ogranicz)'restrict', a nie poprzez wyrażenie atomowe zawierające słowo kluczowe 'selected' (zaznaczone)'select'.

Sheet Set (Ustaw strukturę beta)

Ustawienie dotyczy wszystkich atomów, które tworzą część struktury beta białka jak zostało to określone w autorskim pliku PDB lub algorytmie DSSP Kabsch'a i Sander'a. Domyślnie, RasMol używa określenia drugiej struktury podanej w pliku PDB o ile zostało ono wcześniej utworzone. W innym przypadku, RasMol używa algorytmu DSSP w ten sam sposób, w którym została zastosowana komenda RasMol 'structure' (struktura)'structure'.

Sidechain Set (Ustaw boczny łańcuch)

Ustawienie dotyczy bocznego łańcucha funkcjonalnego każdego z aminokwasów i podstawy każdego z nukleotydów. Są to atomy niebędące częścią polipeptydu N-C-C-O szkieletu białka lub szkieletu fosforanu glukozowego kwasu nukleinowego. Należy użyć predefiniowanych ustawień RasMol 'protein' (białkowego) and 'nucleic' (nukleinowego) w celu rozróżnienia pomiędzy dwiema formami bocznego łańcucha. Atomy kwasów nukleinowych i białek są 'backbone' (szkieletami)'backbone' lub 'sidechain'(bocznymi łańcuchami). To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia RasMol "(protein or nucleic) and not backbone".  (białkowy lub nukleinowy i nie szkieletowy) 

Small Set(Ustaw małe)

Wszystkie aminokwasy są sklasyfikowane jako 'small' (małe), 'medium' (średnie)'medium' lub 'large' (duże)'large'. To ustawienie jest ekwiwalentne z wyrażeniem atomowym RasMol "amino and not (medium or large)" (amino i nie średnie lub duże). 

Solvent Set (Ustaw rozpuszczalnik)

Ustawienie dotyczy atomów rozpuszczalników w pliku koordynującym molekułę. Są to heterogoniczne jony wodoru, molekuł, fosforanu i siarczanu. Wszystkie atomy 'hetero''hetero' są sklasyfikowane  jako atomy ligandy'ligand' lub rozpuszczalniki. Wszystkie atomy rozpuszczalniki są sklasyfikowane jako wodory lub jony. To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol "hetero and not ligand" (hetero i nie ligandy) i "water 'water' or ions'ions'" (wodory lub jony).

Surface Set (Ustaw powierzchnie)

Ustawienie dotyczy atomów w tych aminokwasach, które preferują ulokowanie na powierzchni białek, w kontakcie z molekułami rozpuszczalnikami. Ustawienie odnosi się do preferencji aminokwasów, a nie rzeczywistej dostępności rozpuszczalnika dla obecnego białka. Wszystkie aminokwasy są sklasyfikowane jako 'surface' (na powierzchni) lub 'buried' 'buried'.(pod powierzchnią). To ustawienie jest ekwiwalentne do wyrażenia atomowego RasMol "amino and not buried" (amino i nie pod powierzchnią).

Turn Set(Ustaw skręt)

Ustawienie dotyczy wszystkich atomów, które tworzą część skrętów białka jak zostało to określone w autorskim pliku PDB lub algorytmie DSSP Kabsch'a i Sander'a. Domyślnie, RasMol używa określenia drugiej struktury podanej w pliku PDB o ile zostało ono wcześniej utworzone. W innym przypadku, RasMol używa algorytmu DSSP w ten sam sposób, w którym została zastosowana komenda RasMol 'structure' (struktura)'structure'.

Water Set (Ustaw wodór)

Ustawienie dotyczy wszystkich heterogonicznych molekuł wodoru w obecnej bazie danych. Duże wartości molekuł wodoru są czasami powiązane z strukturami białka i kwasów nukleinowych określonych poprzez krystalografię rentgenowską. Te atomy przyczyniają się do zatłoczenia wyświetlanych elementów w obrazie. Wszystkie atomy 'hetero' są sklasyfikowane jako 'ligand''ligand' (ligandy) lub 'solvent' 'solvent'(atomy rozpuszczalniki). Wszystkie 'solvent''solvent' atomy rozpuszczalniki są sklasyfikowane jako 'water' wodory lub 'ions'ions'' jony.

Set Summary (Ustaw sumarycznie)

W tabeli poniżej przedstawiono klasyfikację RasMol na wspólnej aminokwasów.



Residues:
ala
arg
asn
asp
cys
glu
gln
gly
his
ile
leu
lys
met
phe
pro
ser
thr
trp
tyr
val
A
R
N
D
C
E
Q
G
H
I
L
K
M
F
P
S
T
W
Y
V
Predefined Set

           
A
R
N
D
C
E
Q
G
H
I
L
K
M
F
P
S
T
W
Y
V
acidic     
 
 

*
 
*

 
 
 

 
 
 

 
 
 


acyclic    
*
*
*
*
*
*
*
*
 
*
*
*
*
 

*
*
 

*
aliphatic  
*
 

 
 
 

*
 
*
*
 
 
 

 
 
 

*
aromatic   
 
 

 
 
 

 
*
 

 
 
*

 
 
*
*

basic      
 
*

 
 
 

 
*
 

*
 
 

 
 
 


buried     
*
 

 
*
 

 
 
*
*
 
*
*

 
 
*

*
charged    
 
*

*
 
*

 
*
 

*
 
 

 
 
 


cyclic     
 
 

 
 
 

 
*
 

 
 
*
*
 
 
*
*

hydrophobic
*
 

 
 
 

*
 
*
*
 
*
*
*
 
 
*
*
*
large      
 
*

 
 
*
*
 
*
*
*
*
*
*

 
 
*
*

medium     
 
 
*
*
*
 

 
 
 

 
 
 
*
 
*
 

*
negative   
 
 

*
 
*

 
 
 

 
 
 

 
 
 


neutral    
*
 
*
 
*
 
*
*
*
*
*
 
*
*
*
*
*
*
*
*
polar      
 
*
*
*
*
*
*
 
*
 

*
 
 

*
*
 


positive   
 
*

 
 
 

 
*
 

*
 
 

 
 
 


small      
*
 

 
 
 

*
 
 

 
 
 

*
 
 


surface    
 
*
*
*
 
*
*
*
*
 

*
 
 
*
*
*
 
*



Colour Schemes (Schematy kolorów)
Polecenie kolor w RasMol pozwala na pokolorowanie różnych struktur (takich jak 
atomy, szkielet węgli alfa oraz struktury taśmowate) w określonym kolorze. 
Zazwyczaj kolor ten jest predefiniowany przez program RasMol jako trójkowy kod RGB.
Dodatkowo program RasMol obsługuje takie polecenia jak: 'alt' 
(alternatywny kolor), 'amino' (aminokwasy')  'chain' (łańcuch) 'charge'(ładunek) 
'cpk' (kolorują każdy pierwiastek na inny kolor), 'group' (grupa), 'model' 
(model)', 'shapely'  (kształt) ,structure' (struktura), ' temperature'  (temperatura), 
' user' (predyfiniowany przez użytkownika), "hbond type' (typ wiązań wodorowych) 
oraz 'electrostatic potential' (potencjał elektrostatyczny).



Predefined colour
Sample
RGB Values
Hexadecimal


Black
 
[  0,  0,  0]
000000


Blue
 
[  0,  0,255]
0000FF


BlueTint
 
[175,214,255]
AFD7FF


Brown
 
[175,117,89]
AF7559


Cyan
 
[  0,255,255]
00FFFF


Gold
 
[255,156,  0]
FC9C00


Grey
 
[125,125,125]
7D7D7D


Green
 
[  0,255,  0]
00FF00


GreenBlue
 
[ 46,139,87]
2E8B57


GreenTint
 
[152,255,179]
98FFB3


HotPink
 
[255,  0,101]
FF0065


Magenta
 
[0,255,0]
FF00FF


Orange
 
[255,165,  0]
FFA500


Pink
 
[255,101,117]
FF6575


PinkTint
 
[255,171,187]
FFABBB


Purple
 
[160, 32,240]
A020F0


Red
 
[255,  0,  0]
FF0000


RedOrange
 
[255, 69,  0]
FF4500


SeaGreen
 
[  0,250,109]
00FA6D


SkyBlue
 
[ 58,144,255]
3A90FF


Violet
 
[238,130,238]
EE82EE


White
 
[255,255,255]
FFFFFF


Yellow
 
[255,255,  0]
FFFF00


YellowTint
 
[246,246,117]
F6F675



Należy pamiętać, ze szestnastkowy odpowiednik kolorów ukazany w tym programie 
zależeć będzie od wielu czynników. Ale tylko w przybliżeniu kiedy RasMol
przetłumaczy kod kolorów RGB. Jeśli chcesz używać polecenia predyfiniowanych kolorów
 nie można napisać skryptu w jednym wierszu. Na przykład jeśli kompilujesz plik 
 'grey.col' zawierający wiersz 'colour [180,180,180] #grey' 'colour [180,180,180] #grey', ('kolor [180,180,180] # szary) a następnie wpiszesz komendę 'script grey.col' 'script grey.col' kolor aktualnie wybranych atomow zostanie szary.


Alt Colours (Alternatywny kolor)

Polecenie 'alt" (alternatywny kolor) programu RasMol bazuje na schematach 
jednego koloru i dotyczy ograniczonej liczby kolorów dla każdej alternatywnej 
konformacji. Program RasMol używa 8 bitowego systemu kolorów, gdzie 4 kolory są
przeznaczone dla alternatywnych kolorów, w przeciwnym razie używanych jest 8 kolorów.

Amino Colours (Kolor aminokwasów)

RasMol koloruje aminokwasy ('amino') według tradycyjnych właściwości aminokwasów.
Celem barwienia jest identyfikacja aminokwasów w środowisku  "zaskakującym". 
Zewnętrzna część białka, która jest polarna pomalowana jest na jaśniejszy kolor, 
natomiast część niepolarna na ciemniejszy. Do kolorowania aminokwasów używa się
tradycyjnych kolorów. Schemat kolorowania jest podobny do schematu
'shapely' kształu 'shapely'




Amino Acids
colour Name
Sample
RGB Values
Hexadecimal



ASP, GLU
Bright Red
 
[230,230, 10]
E60A0A


CYS, MET
Yellow
 
[230,230,  0]
E6E600


LYS, ARG
Blue
 
[ 20, 90,255]
145AFF


SER, THR
Orange
 
[250,150,  0]
FA9600


PHE, TYR
Mid Blue
 
[ 50, 50,170]
3232AA


ASN, GLN
Cyan
 
[  0,220,220]
00DCDC


GLY
Light Grey
 
[235,235,235]
EBEBEB


LEU, VAL, ILE
Green
 
[ 15,130, 15]
0F820F


ALA
Dark Grey
 
[200,200,200]
C8C8C8


TRP
Purple
 
[180, 90,180]
B45AB4


HIS
Pale Blue
 
[130,130,210]
8282D2


PRO
Flesh
 
[220,150,130]
DC9682


Others
Tan
 
[190,160,110]
BEA06E




Chain Colours (Kolor łańcucha)

W schemacie kolorowania łańcuchów każdy wielkocząsteczkowy łańcuch ma unikatowy 
kolor. Schemat kolorowania jest szczególnie przydatny w celu odróżnienia części
multimetrycznej struktury z łańcucha DNA. Polecenie łańcuch można wybrać z menu 
kolor programu RasMol. 

Charge Colours (Kolor ładunków)

Kolor schematów w poleceniu 'charge' (ładunek) dla poszczególnych atomów jest 
uzależniony od wartości przechowywanej w pliku wejściowym (lub współczynnik beta
plików PDB). Wysokie wartości ładunków są barwione na niebiesko (pozytywnie), 
natomiast niższe wartości na czerwono (negatywnie). Zamiast używać ustalonej
skali program ten określa maksymalne i minimalne wartości ładunku/ pola 
temperatury i odpowiednio interpoluje kolor z czerwonego na niebieski.
W związku z tym, nie można przyjąć koloru zielonego. 

Różnica pomiędzy przejściem kolorów w opcji ładunek 'charge'a temperature wygląda następująco: wzrost wartości temperatury widoczne jest jako przejście z niebieskiego na czerwone natomiast zmiana wartości ładunku od czerwonego do niebieskiego.

Jeśli wartość ładunku/pola temperatury jest odpowiednia, możliwe jest 
użycie polecenia 'colour dots potential' 
'colour dots potential', 
aby kolor kropkowanej powierzchni (generowane przez polecenie 
'dots' 'dots') określony był przez potencjał elektrostatyczny.

CPK Colours (Kolor CPK)

Kolor schematów 'cpk' opiera na się na popularnych kolorach modeli plastycznych, 
które zostały opracowane przez Corey, Pauling i później poprawione przez Kultuna. 
Schematów kolorów 'atoms' koloruje atomy według typu atomów (elementów). 
Jest to system zwykle stosowany przez chemików. Przypisanie koloru do 
poszczególnych elementów podane jest poniżej.



Element
Colour Name
Sample
RGB Values
Hexadecimal


Carbon
light grey
 
[200,200,200]
C8C8C8


Oxygen
red
 
[240,0,0]
F00000


Hydrogen
white
 
[255,255,255]
FFFFFF


Nitrogen
sky blue
 
[143,143,255]
8F8FFF


Sulfur
yellow
 
[255,200,50]
FFC832


Phosphorus
orange
 
[255,165,0]
FFA500


Chlorine
green
 
[0,255,0]
00FF00


Bromine, Zinc
brown
 
[165,42,42]
A52A2A


Sodium
blue
 
[0,0,255]
0000FF


Iron
orange
 
[255,165,0]
FFA500



Magnesium
forest green
 
[34,139,34]
228B22


Calcium
dark grey
 
[128,128,144]
808090


Unknown
deep pink
 
[255,20,147]
FF1493




Należy pamiętać, że kolor zielony, biały, niebieski i pomarańczowy nie są 
określane jako predefiniowane kolory w programie RasMol, w ten sposób mogą być podane 
w lini poleceń jako trójkowy kod RGB.


W systemie barwienia CPK program RasMol będzie próbował przypisać kolor z listy
16 kolorów do każdego z elementów z tablicy Mendelejewa (przypisane kody 
kolorom mają pomóc w zrozumieniu mapy i nie są używane przez program RasMol:




Code
colour Name
Sample
RGB Values
Hexadecimal



LG
Light Grey
 
[200,200,200]
C8C8C8



SB
Sky Blue
 
[143,143,255]
8F8FFF



R
Red
 
[240,  0,  0]
F00000



Y
Yellow
 
[255,200, 50]
FFC832



W
White
 
[255,255,255]
FFFFFF



Pk
Pink
 
[255,192,203]
FFC0CB




Go
Golden Rod
 
[218,165, 32]
DAA520



Bl
Blue
 
[  0,  0,255]
0000FF



Or
Orange
 
[255,165,  0]
FFA500



DG
Dark Grey
 
[128,128,144]
808090



Br
Brown
 
[165, 42, 42]
A52A2A



P
Purple
 
[160, 32,240]
A020F0



DP
Deep Pink
 
[255, 20,147]
FF1493



G
Green
 
[  0,255,  0]
00FF00



FB
Fire Brick
 
[178, 34, 34]
B22222



FG
Forest Green
 
[ 34,139, 34]
228B22



Program RasMol w nowym schemacie CPK używa jaśniejszych kolorów:





Code
colour Name
Sample
RGB Values
Hexadecimal



LG
Light Grey
 
[211,211,211]
D3D3D3



SB
Sky Blue
 
[135,206,235]
87CEE6



R
Red
 
[255,  0,  0]
FF0000



Y
Yellow
 
[255,255,  0]
FFFF00



W
White
 
[255,255,255]
FFFFFF



Pk
Pink
 
[255,192,203]
FFC0CB




Go
Golden Rod
 
[218,165, 32]
DAA520



Bl
Blue
 
[  0,  0,255]
0000FF



Or
Orange
 
[255,170,  0]
FFAA00



DG
Dark Grey
 
[105,105,105]
696969



Br
Brown
 
[128, 40, 40]
802828



P
Purple
 
[160, 32,240]
A020F0



DP
Deep Pink
 
[250, 22,145]
FA1691



G
Green
 
[  0,255,  0]
00FF00



FB
Fire Brick
 
[178, 33, 33]
B22121



FG
Forest Green
 
[ 34,139, 34]
228B22








 
1a
2a
3b
4b
5b
6b
7b
 
8
 
1b
2b
3a
4a
5a
6a
7a
 
0



 
H
1 W
 

 
He
2 Pk



 
Li
3 FB
 
Be
4 DP
 

 
B
5 G
 
C
6 LG
 
N
7 SB
 
O
8 R
 
F
9 Go
 
Ne
10 DP



 
Na
11 Bl
 
Mg
12 FG
 

 
Al
13 DG
 
Si
14 Go
 
P
15 Or
 
S
16 Y
 
Cl
17 G
 
Ar
18 DP



 
K
19 DP
 
Ca
20 DG
 
Sc
21 DP
 
Ti
22 DG
 
V
23 DP
 
Cr
24 DG
 
Mn
25 DG
 
Fe
26 Or
 
Co
27 DP
 
Ni
28 Br
 
Cu
29 Br
 
Zn
30 Br
 
Ga
31 DP
 
Ge
32 DP
 
As
33 DP
 
Se
34 DP
 
Br
35 Br
 
Kr
36 DP



 
Rb
37 DP
 
Sr
38 DP
 
Y
39 DP
 
Zr
40 DP
 
Nb
41 DP
 
Mo
42 DP
 
Tc
43 DP
 
Ru
44 DP
 
Rh
45 DP
 
Pd
46 DP
 
Ag
47 DG
 
Cd
48 DP
 
In
49 DP
 
Sn
50 DP
 
Sb
51 DP
 
Te
52 DP
 
I
53 P
 
Xe
54 DP



 
Cs
55 DP
 
Ba
56 Or
 
La
57 DP
 
Hf
72 DP
 
Ta
73 DP
 
W
74 DP
 
Re
75 DP
 
Os
76 DP
 
Ir
77 DP
 
Pt
78 DP
 
Au
79 Go
 
Hg
80 DP
 
Tl
81 DP
 
Pb
82 DP
 
Bi
83 DP
 
Po
84 DP
 
At
85 DP
 
Rn
86 DP



 
Fr
87 DP
 
Ra
88 DP
 
Ac
89 DP
 







 
Lanthinide
Series
 
Ce
58 DP
 
Pr
59 DP
 
Nd
60 DP
 
Pm
61 DP
 
Sm
62 DP
 
Eu
63 DP
 
Gd
64 DP
 
Tb
65 DP
 
Dy
66 DP
 
Ho
67 DP
 
Er
68 DP
 
Tm
69 DP
 
Yb
70 DP
 
Lu
71 DP
 




 
Actinide
Series
 
Th
90 DP
 
Pa
91 DP
 
U
92 DP
 
Np
93 DP
 
Pu
94 DP
 
Am
95 DP
 
Cm
96 DP
 
Bk
97 DP
 
Cf
98 DP
 
Es
99 DP
 
Fm
100 DP
 
Md
101 DP
 
No
102 DP
 
Lr
103 DP
 






select all zaznacz wszystkie 

Po potraktowaniu promieniowaniem rentgenowskim krystalograficznych modeli 
białek i kwasów nukleinowych (tj. bez wodoru) na wyświetlaczu można uzyskać 
"rozjaśnione" atomy O,C i N poprzez przekształcenie domyślnych kolorów cpk 
(prawdziwe czerwone, białe, niebieskie) za pomocą opcji programu RasMol 
predefiniowanych kolorów. Spróbuj użyć następującej sekwencji poleceń:

     select all
     select oxygen
     colour red
     select carbon
     colour white
     select nitrogen
     colour blue
     select all


Rozszerzenie tej idei na inne atomy i  schematy jest bardzo prosta.


Group Colours (Kolor grupy funkcyjnej)

Polecenie 'group' (grupa) koloruję reszty w pozycji wielkocząsteczkowych 
łańcuchów.Każdy łańcuch jest kolorowany stopniowo od niebieskiego poprzez 
zielony, żółty i pomarańczowy aż do czerwonego. N-koniec polipeptydów i 
5'-koniec kwasów nukleinowych jest czerwony.C-koniec polipeptydów i 
3' koniec kwasów nukleinowych jest niebieski.

Jeśli łańcuch posiada wiele różnorodnych heterogennych molekuł związanych z nim,
to makrocząsteczki te nie mogą być sporządzone w pełnym zakresie jego widma.  
Wybierz funkcje group z menu kolor programu RasMol. 

Kiedy w programie RasMol następuje barwienie grup o zakresie kolorów  reszt 
decyduje numeraracja w bazie PDB. Stąd najmniejsza ilość reszt jest wyświetlana
 na kolor niebieski a największa ilość na kolor czerwony. Niestety jeśli plik 
PDB zawiera duża liczbę heteroatomów takich jak cząsteczka wody, które zajmują 
dużą liczbę reszt w białku jest wyświetlane w kolorze niebiesko-zielonym w 
zakresie spektrum koncowego. Pogarsza to fakt, że jest o wiele więcej 
cząsteczek wody niż reszt aminokwasowych, które występują w kolorze 
pomarańczowo-czerwonym w zakresie spektrum koncowego. 
Rozwiązaniem tego problemu jest użycie komendy 
set hetero off 'set hetero off'przed 
zastosowaniem schematu kolorów grupy. Może to zostać osiągnięte poprzez 
przełączenie heteroatomow w menu opcje przed wyborem funkcji grupa w menu kolor.
Polecenie to nakazuje jedynie korzystać bez reszt hetero w skali grupy kolorów.

NMR Model Colours ( Model koloru NMR)

Opcja 'model' koloruję modele NMR w każdym innym kolorze. Numer modelu NMR jest 
traktowany jako wartość liczbowa. Wysokie wartości są w kolorze niebieskim a 
niższe wartości w kolorze czerwonym. Zamiast używać ustalonej skali program 
określa maksymalną wartość liczby NMR modeli i interpoluje odpowiednio  kolor z 
czerwonego na niebieski.

Shapely Colours (Kolor kształtów)

Opcja 'shapely' pozwala na kolorowanie reszt aminokwasów. Schemat ten bazuje na
kształcie modelu Boba Fletterick's. Każdy aminokwas i nukleotyd ma inną barwę. 
Schemat kolorów 'shapely' jest używany przez program Davida Bacona Raster 3D. 
Schemat kolorów jest podobny do schematu 
'amino' 'amino'.




Residues
Colour Name
Sample
RGB Values
Hexadecimal



ALA
Medium Green
 
[140,255,140]
8CFF8C




GLY
White
 
[255,255,255]
FFFFFF




LEU
Olive Green
 
[ 69, 94, 69]
455E45




SER
Medium Orange
 
[255,112, 66]
FF7042




VAL
Light Purple
 
[255,140,255]
FF8CFF




THR
Dark Orange
 
[184, 76, 0]
B84C00




LYS
Royal Blue
 
[ 71, 71,184]
4747B8




ASP
Dark Rose
 
[160,0,66]
A00042




ILE
Dark Green
 
[  0, 76,  0]
004C00




ASN
Light Salmon
 
[255,124,112]
FF7C70




GLU
Dark Brown
 
[102,  0,  0]
660000




PRO
Dark Grey
 
[ 82, 82, 82]
525252




ARG
Dark Blue
 
[  0,  0,124]
00007C




PHE
Olive Grey
 
[ 83, 76, 66]
534C42




GLN
Dark Salmon
 
[255, 76, 76]
FF4C4C




TYR
Medium Brown
 
[140,112,76]
8C704C




HIS
Medium Blue
 
[112,112,255]
7070FF




CYS
Medium Yellow
 
[255,255,112]
FFFF70




MET
Light Brown
 
[184,160, 66]
B8A042




TRP
Olive Brown
 
[ 79, 70,  0]
4F4600




ASX,GLX,PCA,HYP
Medium Purple
 
[255,  0,255]
FF00FF




A
Light Blue
 
[160,160,255]
A0A0FF




C
Light Orange
 
[255,140,75]
FF8C4B




G
Medium Salmon
 
[255,112,112]
FF7070




T
Light Green
 
[160,255,160]
A0FFA0




Backbone
Light Grey
 
[184,184,184]
B8B8B8




Special
Dark Purple
 
[ 94,  0, 94]
5E005E




Default
Medium Purple
 
[255,  0,255]
FF00FF





Structure Colours (Kolor struktur)

Barwa odpowiada strukturze drugorzędowej białka. Alfa helisy są purpurowe,
[240,0,128],beta wstęgi żółte,[255,255,0], zwroty jasno niebieskie[96,128,255], 
a pozostałe pozycje białe. Struktura drugorzędowa białka jest odczytana 
z pliku PDB ( ELIX, SHEET and TURN dokument), jeśli są one dostępne albo określone 
przez algorytm Kabscha i Sanders'a. Polecenie 'structure' programu RasMol może 
być użyta do przepisania DSSP's struktury 'structure'.

Temperature Colours (Kolor temperatury)

Opcja temperatura przypisuje kolor każdemu atomowi według temperatury 
anizotropowej zapisanej w pliki PDP. Określa zakres swobodny drgań poszczególnych
atomów. Im większa możliwość oscylacji tym kolor cieplejszy (czerwony), niższa 
wartość oscylacji tym kolor zimniejszy (niebieski). Funkcja ta jest często używana 
do powiązania skali wartości [np. zmienność aminokwasów u zmutowanych wirusów] 
gdzie każdy atom i cząsteczka ma przypisany odpowiednio kolor z pliku PDB.

Różnica  w schematach kolorów pomiędzy opcją temperatura i ładunek
 'charge'jest taka, że wzrost 
temperatury widoczne jest jako przejście z koloru niebieskiego na czerwony. 
Natomiast wzrost wartości ładunku z czerwonego na niebieski.

User Colours (Kolor definiowany przez użytkownika)

Opcja user programu RasMol pozwala używać schematów kolorów przechowywanych 
w plikach PDB. Kolory dla każdego atomu są przechowywane w rekordach COLO 
umieszczone w bazie danych PDB. Konwencja ta została wprowadzona przez program 
Raster3D Davida Bacona.

HBond Type Colours (Kolor wiązan wodorowych)

Polecenie 'type' programu RasMol stosuje schemat kolorów wyłacznie do wiązań 
wodorowych i jest używana z polecenia 'colour hbonds type'. Schemat kolorowania 
poszczególnych wiązań zależy od odległości między dawcą a akceptorem wodoru 
wzdłuż łańcucha białkowego. Schemat ten został wprowadzony przez Belhadj-Mostefa
i Milner-White. Prezentacja ta umożliwia wgląd w strukturę drugorzędową białek 
(alfa helisy tworzą czerwony kręgosłup z atomami wodoru ('hbonds' )), 
Reprezentacja pozwala na dobry wgląd w strukturę drugorzędową białek (alfa helisy 
tworzą wiązania wodorowe które są wyświetlane na czerwono, natomiast arkusze pojawiają się  
na żółto).

      Offset    Colour    Triple
        +2      white     [255,255,255]
        +3      magenta   [255,0,255]
        +4      red       [255,0,0]
        +5      orange    [255,165,0]
        -3      cyan      [0,255,255]
        -4      green     [0,255,0]
      default   yellow    [255,255,0]


Potential Colours (Kolor potencjalny)

Schemat 'potential' koloru (schemat potencjalnego koloru) w 
programie RasMol stosuje się tylko do kropkowanych powierzchni, dlatego określa
się go przy użyciu polecenia 'colour dots potential'. Schemat kolorów pozwala 
na bieżące wyświetlanie każdej kropki jako punktu w przestrzeni przy użyciu 
potencjału elektrostatycznego. Potencjał jest obliczany przy użyciu prawa 
Coulomba dla temperatury/pola ładunku pliku wejściowego, w którym ładunek jest 
związany z atomem. Podobny efekt można uzyskać przy użyciu polecenia 
'colour charge'. Podobnie jest dla 'charge' schematu koloru, w którym niskie 
wartości są niebiesko - białe, a wysokie wartości są czerwone. Poniższa tabela 
przedstawia zakres kolorów określony za pomocą wartości dziesiętnych stałej 
dielektrycznej. 

     25 < V          red       [255,0,0]
     10 < V <  25    orange    [255,165,0]
      3 < V <  10    yellow    [255,255,0]
      0 < V <   3    green     [0,255,0]
     -3 < V <   0    cyan      [0,255,255]
    -10 < V <   3    blue      [0,0,255]
    -25 < V < -10    purple    [160,32,240]
          V < -25    white     [255,255,255]


Amino Acid Codes (Kod aminokwasów)

Poniższa tabela zawiera nazwy, litery i trzyliterowe kody aminokwasów


Alanine         
A  
ALA         
Arginine        
R  
ARG
Asparagine      
N  
ASN         
Aspartic acid   
D  
ASP
Cysteine        
C  
CYS         
Glutamic acid   
E  
GLU
Glutamine       
Q  
GLN         
Glycine         
G  
GLY
Histidine       
H  
HIS         
Isoleucine      
I  
ILE
Leucine         
L  
LEU         
Lysine          
K  
LYS
Methionine      
M  
MET         
Phenylalanine   
F  
PHE
Proline         
P  
PRO         
Serine          
S  
SER
Threonine       
T  
THR         
Tryptophan      
W  
TRP
Tyrosine        
Y  
TYR         
Valine          
V  
VAL


Booleans (Logiczna zmienna )

Logiczna zmienna jest wartością prawdy. Prawidłowe wartości logiczne 
są prawdziwe 'true' i fałszywe 'false' oraz ich synonimy 'on' włączyć  i 'off' wyłączyć. 
Logiczna zmienna jest często używana przez program RasMol aby włączyć lub 
wyłączyć opcję reprezentacji.

File Formats (Format pliku) 

Protein Data Bank Files

Jeśli nie posiadasz dokumentacji bazy PDB, następujące zestawienie można znaleźć w 
przydatnym formacie pliku PDB. Bank Danych  Białek jest komputerową archiwalna 
bazą danych wielkocząsteczkowych struktur. Baza ta została założona w 1971 przez
multidyscyplinarne laboratorium naukowe w Upton w Nowym Jorku jako domena 
publiczna wyjaśnionych krystalograficznie struktur. Bank ten stosuje jednolity 
wzór do przechowywania współrzędnych atomowych i częściowych wiązań chemicznych 
pochodzących z badań krystalograficznych. W 1999 Bank Danych Białek przeniósł 
się do Research Collaboratory for Structural Biology.

Analogicznie korzystając z karty perforowanej, kolumny od 1do 6 zawierają zapis
typu identyfikatora, kolumny od 7 do 70 zawierają dane. Dalsze pozycje od 
kolumny 71 do 80 są zazwyczaj puste ale mogą zawierać informacje o sekwencji 
dodanej przez programy zarządzane przez bibliotekę. W nowych wpisach zgodnie z 
formatem PDB z roku 1996 w tych kolumnach nie ma żadnych informacji. Pierwsze 4 
znaki identyfikacyjne sa wystarczające do określenia jednoznacznego zapisu i  
każdego składniowego rekordu, który jest niezależny od kolejności zapisu każdej 
pozycji dla danej makrocząsteczki.

Tylko typy rekordów ATOM i HETATM, które mają szczególne znaczenie dla programu 
RasMol bowiem opisują one położenie każdego atomu. Zapis ATOM/HETATM zawiera 
standardowe nazwy atomów i pozostałe skróty, wraz z identyfikacjami sekwencji,
skoordynowanymi w jednostkach Angstrom i z termicznym ruchem. Dokładne 
szczegóły są podane poniżej jako instrukcja w formacie FORTRAN. 
Kolumna 'fmt' wskazuje na korzystanie z pola we wszystkich formatach PDB z roku 
1992 i wcześniejszych lub w 1996 i pózniejszych.
FORMAT(6A1,I5,1X,A4,A1,A3,1X,A1,I4,A1,3X,3F8.3,2F6.2,1X,I3,2X,A4,2A2)



Column
Content
fmt
1-6
'ATOM' or 'HETATM'
all
7-11
Atom serial number (may have gaps)
all
13-16
Atom name, in IUPAC standard format
all
17
Alternate location indicator indicated by A, B or C
all
18-20
Residue name, in IUPAC standard format
all
23-26
Residue sequence number
all
27
Code for insertions of residues (i.e. 66A & 66B)
all
31-38
X coordinate
all
39-46
Y coordinate
all
47-54
Z coordinate
all
55-60
Occupancy
all
61-66
Temperature factor
all
68-70
Footnote number
92
73-76
Segment Identifier (left-justified)
96
77-78
Element Symbol (right-justified)
96
79-80
Charge on the Atom
96


Reszta występuje w kolejności od N-konca bialka i konica5' kwasów nukleinowych. 
Jeśli sekwencje reszt są znane, pewien numer seryjny atomu może być ominięty by 
umożliwić w przyszłości dodanie brakujących atomów. W każdej reszcie atomy są 
sortowane w standardowy  sposób zaczynając od szkieletu (N-C-C-O białka), a 
następnie rosnącą od węgla alfa, wzdłuż łańcucha bocznego.

Zapis HETATM pozwala na określenie modyfikacji potranslacyjnej białka oraz 
kofaktorów związanych z głównymi cząsteczkami. Zapis TER interpretuje przerwy w 
szkielecie cząsteczki.

Jeśli występuje, RasMol także kontroluje HEADER, COMPND, HELIX, arkusze, 
CONECT, CRYST1, SCALE, model, ENDMDL, EXPDTA i zapisy END. Informacje takie 
jak imię i nazwisko, kod bazy danych, data przeglądu i klasyfikacji cząsteczki 
są  pobierane z rekordów  HEADEAR i COMPND. Wstępne wtórne struktury zadań 
pochodzą z zapisów HELIX, SHEET i TURNS, a na zakończenie plik może być
zintensyfikowany przez rekord END.

RasMol Interpretation of PDB fields\
(Interpretacja pliku PDB przez program RasMol)

Atomy znajdujące się na pozycji 9999.000, 9999.000, 9999.000 są ignorowane przez 
program RasMol, gdyż uznawane są za pseudoatomy.  Zakłada się również, że atom 
początkowy o nazwie'Q' jest pseudo atomem lub znacznikiem pozycji.

Jeśli plik danych zawiera structurę NMR, wiele konformacji może być
umieszczanych w jednym pliku PDB ograniczone tylko  przez parę zapisów MODEL i 
ENDMDL. RasMol wyświetla wszystkie wzory NMR zawarte w pliku.

Reszty nazw "CSH", "CYH" i "CSM" są uznawane za pseudonimy cysteiny "CYS".
 Reszty nazw "WAT", "H20", "SOL" i "TIP" uznawane sa za pseudonimy wody "HOH". 
 Reszty nazw "D20" uznane sa za cięzką wodę "DOD". Reszta "SUL" jest odpowiednikami 
 siarczanów "SO4". Reszta "CPR" jest uważana za cis-proline i jest tłumaczona
 jako "PRO". Reszta "TRY" uważana jest za odpowiednik tryptofanu "TRP".

 Program RasMol używa pola HETATM do określenia hetero zestawów, wody, 
 rozpuszczalników i ligandów. Każda grupa o nazwie "HOH", "DOD", "SO4" lub "PO4"
(lub aliasem jedną z tych nazw przez powyższe zasady) jest uważana za
rozpuszczalnik i określana przez pole HETATM.

Program RasMol akceptuje tylko zapisy połączeń CONECT w pliku PDB 
zawierających mniej niż 256 atomów. Jest to szczegółowo opisane w części
dotyczącej połączenia cząsteczki(mniej niż 256 atomów). Zapis CONECT, 
który określa wiązania między cząsteczkami określa rzędowość atomów tj. 
wiązanie podwójne, wiązanie potrójne lub więcej. Nie jest to standardowa 
funkcja pliku PDB.

PDB Colour Scheme Specification 
(Specyficzny kolor schematu pdp )

RasMol akceptuje równiez dodatkowy typ zapisu COLO w pliku PDB. 
Format tego zapisu został użyty w programie  Raster3D Dawida Bacona służący 
do określenia kolorow w czasie renderowania czasteczki. To rozszerzenie nie jest
aktualnie obsługiwany przez PDB. Zapis COLO posiada te same typy zapisu ATOM i
HETATM opisane powyżej.

Kolory są przypisane do atomów na zasadzie porównania. Pole maska jest używane do
procesów porównania w następujący sposób. Po pierwsze program RasMol w celu 
wejścia odczytuje i zapamiętuje wszystkie zapisy ATOM, HETATM i COLO.

Gdy zdefiniowane przez użytkownika ("Użytkownik") jest wybrany schemat kolorów, RasMol przechodzi przez każdy pamięta / ATOM rekord HETATM z kolei, a szuka rekord COLO, że mecze we wszystkich kolumn od 7 do 30. Pierwszy taki zapis COLO można znaleźć określa kolor i promień atomu.



Column
Content
1-6
'COLOR' or 'COLOUR'
7-30
Mask (described below)
31-38
Red component
39-46
Green component
47-54
Blue component
55-60
Sphere radius in Ångstroms
61-70
Comments


Należy pamiętać, że czerwone, zielone i niebieskie elementy są umieszczone 
w tym samym położeniu co elementy  X, Y i Z pliku ATOM lub HETA, a promień van 
der Waalsa biegnie w miejscu zajętości. 

Przy użyciu znaku haszującego "#" (znak numeryczny lub krzyżowy) można określić 
specyficzny kolor i promień dla więcej niż jednego atomu (np. w oparciu o reszty,
rodzaj atomu, lub na podstawie innych kryteriów, w których etykiety mogą być 
zamieszczone w 7 - 30 kolumnach). Odszukany znak rekordu COLO odpowiada 
rekordu ATOM/HETATM w kolumnie. Wszystkie inne znaki muszą pasować do identycznej 
ilości znaków. Każdy atom nie odpowiadający znakowi rekordu COLO jest wyświetlany 
w kolorze białym, jako rozszerzenie tego opisu. 

Multiple NMR Models (Wiele modeli NMR)

Program RasMol ładuje wszystkie modele NMR z pliku PDB bez względu na używane 
polecenie: 'load pdb  
'load pdb <filename>' ' or 'load nmrpdb ' 'load nmrpdb <filename>'.

Po wielokrotnych konformacjach NMR mogą być zmieniane z atomem rozszerzenia,
 który został opisany w ' Primitive Expressions'.
W szczególności polecenie 'restrict */1 ' będzie się ograniczać do wyświetlania pierwszego modelu. 

CIF and mmCIF Format Files

CIF w IUCr jest standardową prezentacją małych cząsteczek a mmCIF służy jako 
zamiennik w stałym polu PDP jako format prezentacji wielkocząsteczkowych struktur.
Program RasMol może przyjąć zestaw danych w formacie.

Jest wiele użytecznych stron w Worl Wide Web gdzie można znaleźć narzędzia informacyjne i oprogramowanie związane z CIF, mmCIF i PDB. Oto dobry punkt wyjścia do poszukiwań:

Międzynarodowa Unia Krystalografii (IUCr) zapewnia dostęp do opragromowania, 
słownika, deklaracji i dokumentacji związanej z CIF i mmCIF na: IUCR, Chester, Anglia (www.iucr.org/iucr-top/cif/) z wielu serwerów lustrzanych.

Wyświetlana baza danych kwasów nukleinowych daje dostęp do jej wpisów, 
opragromowania i dokumentacji, ze strony mmCIF umożliwiając dostęp do słownika
i opragromowania mmCIF na uniwersytecie Rutgers w New Jersey, USA 
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) z wielu serwerów lustrzanych. 

Ta wersja RasMol ogranicza wartość znacznika CIF i mmCIF do tej samej 
konwencji jaka jest wykorzystywana w stałym formacie pola PDB.
Tak więc łańcuch i zastępczy identyfikator budowy ogranicza się do pojedynczego
 znaku, nazwy atomów są ograniczone do 4 znaków itp.RasMol interpretuje 
 następujące mmCIF i CIF znaczniki.



mmCIF tag
CIF tag
Used for
 
 
 
_struct_biol.details
 
Info.classification
_database_2.database_code
 
Info.identcode
_entry.id 
 
 
_struct_biol.id
 
 
_struct.title
 Info.moleculename
_chemical_name_common 
 
 
_chemical_name_systematic
 
 
_chemical_name_mineral
 
 
  
 
 
_symmetry.space_group_name_H-M
_symmetry_space_group_name_H-M
 Info.spacegroup
_cell.length_a
_cell_length_a
Info.cell
_cell.length_b
_cell_length_b
 
_cell.length_c
_cell_length_c
 
_cell.angle_alpha
_cell_angle_alpha
 
_cell.angle_alpha
_cell_angle_alpha
 
_cell.angle_beta
_cell_angle_beta
 
_cell.angle_gamma
_cell_angle_gamma
 
 
 
 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]
 _atom_sites_fract_tran_matrix_11
Used to compute orthogonal coords
...
...
 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]
 _atom_sites_fract_tran_vector_1
 
...
...
 
_atom_sites.cartn_transf_matrix[1][1]
_atom_sites_cartn_tran_matrix_11
 Alternative to compute orth. coords
...
...
 
_atom_sites.cartn_transf_vector[1]
 _atom_sites_cartn_tran_vector_1
 
...
...
 
_atom_site.cartn_x
_atom_site_cartn_x
atomic coordinates
...
...
 
or
 
 
_atom_site.fract_x
_atom_site_fract_x
 
...
...
 
 
 
 
_struct_conn.id
 
bonds
...
 
 
_geom_bond.atom_site_id_1
_geom_bond_atom_site_label_1
 
...
...
 
 
 
 
_struct_conf.id
 
helices, sheets, turns
_struct_sheet_range.id
 
 
...
 
 


Wyszukiwanie odbywa sie poprzez wiele bloków danych w wybranych znacznikach, wiec jeden zestaw danych może składać się z kilku blokow danych, ale wiele zestawow danych nie może być ułożone w tym samym pliku.

Machine-Specific Support

W dalszej czesci jest opisana obsluga dla Monochrome X-Windows', 'Tcl/Tk IPC', 'UNIX sockets based IPC', 'Compiling RasWin with Borland and MetroWerks.'
'Monochrome X-Windows',
'Tcl/Tk IPC',
'UNIX sockets based IPC',
'Compiling RasWin with Borland and MetroWerks

Monochrome X-Windows Support (Obsługa monochromatyczna X-Windows )

RasMol wspiera wiele monochromatycznych roboczych stacji UNIX, 
zwykle znajdujących się w środowisku akademickim takich jak niższej 
klasy stacji roboczych SUN i NCD terminala X. Obecnie wersja RasMol X11 dla 
X - Windows ( opracowana w trybie 8 bitowym) wykrywa  czarno - białe wyświetlacze
i pozwala na symulowanie kolorami (metoda umieszczenia w pobliżu siebie wzorców 
kolorowych plamek, aby stwarzały wrażenie jednolitej barwy). Gdy w trybie 
monochromatycznym podczas rozprzestrzeniania się symulacji kolorów pojawi się błąd wykonania, to znaczy że wszystkie tryby wyświetlacza programu RasMol są dostępne. Aby uzyskać lepsze rezultaty, użytkownicy powinni skorzystać z polecenia zbioru otaczającego zapewniając maksymalny kontrast wyświetlanych obrazów.
Tcl/Tk IPC support

Zmiana protokolu 4 wersji biblioteki graficznej Tk wykorzystana jest w celu komunikacji pomiędzy aplikacjami Tk. Wersja 2.6 RasMol została zmodyfikowana ta, że może komunikować się z nowego protokołu a także protokołu wersji 3 obsługiwanej przez RasMol v.2.5. Mimo, że aplikacja Tcl/Tk 3.x może się tylko komunikować z innymi 3.x i Tcl / Tk 4.x i 4.x aplikacjami, zmiany te pozwalają programowi RasMol do komunikacji pomiędzy procesami z obu protokołów (potencjalnie jednocześnie). 
Gniazdo UNIX w oparciu o IPC 

Wdrożenie systemu unix RasMol  umożliwia obslugę gniazd BSD w celu komunikacji. Identyczny mechanizm gniazd rozwijany jest dla VMS, Apple Macintosh i system Microsoft Windows. Powinno to umożliwic programowi RasMol  interaktywne wyświetlenie wynikow obliczen przez zdalny host.  Obecnie działa jako protokol  serweru TCP/ IP  na port 21069, który jest wykonywany na lini polecen albo poprzez wpisanie polecen "wyjście" lub "zakończ". Polecenie wyjscia z serwera RasMol poprzez polecenie "wyjscie" konczy bieżaco sesje i konczy prace programu RasMol. Funkcja ta może być testowana za pomoca polecenia systemu UNIX ' (protokół) telnet 21069'.

Compiling RasWin with Borland and MetroWerks (Kompilacja RasWin z Borland I MetroWerks)

Szereg zmian wprowadzono w kodzie źródłowym w celu przejścia z wersji 2.5 do 2.6 programu RasMol w wersji Microsoft Windows przez  Borland C/C++ kompilator. Poprawki te polegają na zmianie nazwy biblioteki standardowej i użycie specjalnego kodu by uniknąc błedów w _fmemset.  Dodatkowe zmiany zostały wprowadzone przy przejściu od 2.6 do 2.7aby umożliwic kompilacje przez kompilator MetroWerks.

Autorzy tłumaczenia:

Agnieszka Anczykowska

Bartosz Fotschki

Monika Kierzkowska

Joanna Klekotka

Karolina Świerad

Robert Skorupka

Bibliography

Molecular Graphics

[1] Nelson Max, "Computer Representation of Molecular Surfaces", IEEE
Computer Graphics and Applications, pp.21-29, August 1983.

[2] Arthur M. Lesk, "Protein Architecture: A Practical Approach", IRL
Press Publishers, 1991.

Molecular Graphics Programs

[3] Per J. Kraulis, "MOLSCRIPT: A Program to Produce both Detailed and
Schematic Plots of Protein Structures", Journal of Applied
Crystallography, Vol.24, pp.946-950, 1991.

[4] David Bacon and Wayne F. Anderson, "A Fast Algorithm for Rendering
Space-Filling Molecule Pictures", Journal of Molecular Graphics, Vol.6,
No.4, pp.219-220, December 1988.

[5] David C. Richardson and Jane S. Richardson, "The Kinemage: A tool
for Scientific Communication", Protein Science, Vol.1, No.1,pp.3-9,
January 1992.

[6] Mike Carson, "RIBBONS 2.0", Journal of Applied Crystallography,
Vol.24, pp.958-961, 1991.

[7] Conrad C. Huang, Eric F. Pettersen, Teri E. Klein, Thomas E.
Ferrin and Robert Langridge, "Conic: A Fast Renderer for
Space-Filling Molecules with Shadows", Journal of Molecular Graphics,
Vol.9, No.4, pp.230-236, December 1991.

Molecular Biology Algorithms

[8] Wolfgang Kabsch and Christian Sander, "Dictionary of Protein
Secondary Structure: Pattern Recognition of Hydrogen-Bonded and
Geometrical Features", Biopolymers, Vol.22, pp.2577-2637, 1983.

[9] Michael L. Connolly, "Solvent-Accessible Surfaces of Proteins and Nucleic
Acids", Science, Vol.221, No.4612, pp.709-713, August 1983.

[10] Khaled Belhadj-Mostefa, Ron Poet and E. James Milner-White,
"Displaying Inter-Main Chain Hydrogen Bond Patterns in Proteins",
Journal of Molecular Graphics, Vol.9, No.3, pp.194-197, September 1991.

[11] Mike Carson, "Ribbon Models of Macromolecules", Journal of
Molecular Graphics, Vol.5, No.2, pp.103-106, June 1987.

[12] Mike Carson and Charles E. Bugg, "Algorithm for Ribbon Models of
Proteins", Journal of Molecular Graphics, Vol.4, No.2, pp.121-122, June
1986.

[13] H. Iijima, J. B. Dunbar Jr. and G. Marshall, "Calibration of
Effective van der Waals Atomic Contact Radii for Proteins and
Peptides", Proteins: Structure, Functions and Genetics, Vol.2,
pp.330-339,1987.

Graphics Algorithms

[14] J. Foley, A. van Dam, S. Feiner and J. Hughes, "Computer Graphics:
Principles and Practice", 2nd Edition, Addison Wesley Publishers, 1990.

[15] J. Cleary and G. Wyvill, "Analysis of an Algorithm for Fast Ray
Tracing using Uniform Space Subdivision", The Visual Computer, Vol.4,
pp.65-83, 1988.

[16] Thomas Porter,"Spherical Shading", Computer Graphics Vol.12, ACM
SIGGRAPH, pp.282-285, 1978.

[17] Jean-Michel Cense, "Exact Visibility Calculation for Space-Filling
Molecular Models", Journal of Molecular Graphics, Vol.9, No.3,
pp.191-193, September 1991.

[18] Chris Schafmeister, "Fast Algorithm for Generating CPK Images on
Graphics Workstations", Journal of Molecular Graphics, Vol.8, No.4,
pp.201-206, December 1990.

[19] Bruce A. Johnson, "MSURF: A Rapid and General Program for the
Representation of Molecular Surfaces", Journal of Molecular Graphics,
Vol.5, No.3, pp.167-169, September 1987.

File Formats

[20] Frances C. Bernstein et al., "The Protein Data Bank: A
Computer-Based Archival File for Macromolecular Structures", Journal of
Molecular Biology, Vol.112, pp.535-542, 1977.

[21] Arthur Dalby, James G. Nourse, W. Douglas Hounshell, Ann K. I.
Gushurst, David L. Grier, Burton A. Leland and John Laufer, "Description
of Several Chemical File Formats Used by Computer Programs Developed at
Molecular Design Limited", Journal of Chemical Information and Computer
Sciences, Vol.32, No.3, pp.244-255, 1992.

[22] Adobe Systems Inc., "PostScript Language Reference Manual",
Addison-Wesley Publishers, Reading, Mass., 1985.

[23] Philip E. Bourne et al., "The Macromolecular Crystallographic
Information File (mmCIF)", Meth. Enzymol. (1997) 277, 571-590.

[24] Sydney R. Hall, "The STAR File: a New Format for Electronic Data
Transfer and Archiving", Journal of Chemical Information and Computer
Sciences, Vol. 31, 326-333, 1991.



| OpenRasMol |
Copying and Distribution |
Contents |
Installation Instructions |

| Changes |
Things To Do |
Introduction |
Source Code and Binaries |

| RasMol Manual |
Spanish Translation of RasMol Manual |
Italian Translation of RasMol Help File |

| Donate to Support RasMol |
Release README |
Register your RasMol |




Updated 21 July 2009.

Herbert J. Bernstein

Bernstein + Sons, 5 Brewster Lane, Bellport, NY 11713-2803, USA

yaya@bernstein-plus-sons.com