Online Lectures on Bioinformatics
Skrypt do Bioinformatyki
- Analysis pojedyńczych sekwencji
- Pairwise sequence comparison
- Algorithms for the comparison of two sequences (brak tłumaczenia całego rozdziału)
- Introduction: Type I and type II alignments
- Type I alignment
- Type II alignment
- General gap functions for type II alignments
- Minimum distance alignments
- Minimum distance alignment score as a metric on sequences
- Suboptymalny alignment
- wprowadzenie
- Suboptymalne punkty
- Suboptymalny alignment (brak tłumaczenia)
- Stability (brak tłumaczenia)
- Application (brak tłumaczenia)
- Wprowadzenie
- Przerwy z wolnymi końcami
- Lokalny alignment
- Suboptymalny alignment
- Podobieństwa i odległości
- Parametryczny alignment
- Liniowość w przestrzeni
- Practical Sections on Pairwise Alignments
- Multiple sequence alignment
- Algorithms for SP-optimal multiple alignments
- Definicja
- Argumentacja
- Ocena funkcji
- Problem
- Dokładne rozwiązanie
- Oszcędność miejsca
- Afiniczne luki- koszty
- Redukcja obszarów poszukiwań
- Divide-and-Conquer Alignment
- Drzewa filogenetyczne i Multiple Alignment
- Ewolucja
- Drzewa ultrametryczne
- Iteracyjne dostosowanie strategi
- Drzewa addytywne
- Rekonstrukcja drzew addytywnych
- Charakterystyka metod opartych na konstrukcji filogenezy
- Heuristics (brak tłumaczenia)
- Parsimony (brak tłumaczenia)
- Protein Structure (brak tłumaczenia całego rozdziału)
- Introduction
- Different Levels of Protein Structure
- Prediction Methods
- Secondary Structure Prediction
- Comparative Modelling
- Linki
Comments are very welcome.
luz@molgen.mpg.de