Wraz z powołaniem Wydziału Ochrony Wód i Rybactwa Śródlądowego (1970 r.) tradycję Katedry Limnologii kontynuował Zakład Chemii i Technologii Wody i Ścieków powstały w ramach Instytutu Hydrobiologii i Ochrony Wód. W 1972 r., po śmierci prof. dr Przemysława Olszewskiego, kierownictwo Zakładu przejął prof. dr hab. Tadeusz Januszkiewicz.

Po kolejnej restrukturyzacji Wydziału i przekształceniu Zakładu w Katedrę Chemii i Technologii Wody i Ścieków, w 1983 r., kierownictwo objął prof. dr hab. Konstanty Lossow. W 1988 r., na skutek różnicowania się specjalizacji dydaktycznej i problematyki badawczej w Katedrze, została ona podzielona na dwa Zakłady:

 - Limnologii Fizycznej pod kierownictwem dr hab. Czesława Mientkiego, prof. UWM

 - Technologii Wody i Ścieków, którego kierownikiem został prof. dr hab. Konstanty Lossow

W dniu 31 stycznia 1997 r. Wydział zmienił nazwę na Wydział Ochrony Środowiska i Rybactwa. Równocześnie Katedra Chemii i Technologii Wody i Ścieków została przekształcona w Katedrę Inżynierii Ochrony Środowiska, pod kierownictwem profesora Konstantego Lossowa. W ramach Katedry powstały dwa zakłady:

 - Zakład Inżynierii Ekologicznej kierowany przez prof. dr hab. inż. Mirosława Krzemieniewskiego oraz

 - Zakład Ochrony i Rekultywacji Wód, którego kierownikiem był dr hab. Czesław Mientki, prof. UWM, a od 2003 r. prof. dr hab. Helena Gawrońska.

Struktura zakładowa została zlikwidowana w 2005 r. Kierownikiem Katedry Inżynierii Ochrony Środowiska, łączącej oba zakłady, została wówczas prof. dr hab. Helena Gawrońska. W listopadzie 2010 r. kierownikiem Katedry Inżynierii Ochrony Środowiska została dr hab. inż. Julita Dunalska, prof. UWM. W roku 2012 doszło do podziału jednostki na dwie samodzielne katedry: Katedrę Inżynierii Ochrony Wód  oraz Katedrę Inżynierii Środowiska.

Od roku 2019 kierownikiem katedry jest dr hab. inż. Jolanta Grochowska, prof UWM. W tym samym roku, wskutek fuzji dwóch katedr przekształcilismy się w Katedrę Inżynierii Ochrony Wód i Mikrobiologii Środowiskowej.