KEGG HOME

WPROWADZENIE

PRZEGLĽD

STATYSTYKA

KEGG IDENTIFIERS

KEGG FTP

KEGG TOOLS

Kaas- zapewnia adnotacjiefunkcjonalnych genów przez BLAST porównań z ręcznie kurator KEGG Genua bazy danych. Wynik zawiera KO (KEGG Orthology) zadania i automatycznie wygenerowane KEGG ścieżek.

Complete or Draft Genome- Kaas funkcjonuje najlepiej, gdy jest kompletny zestaw genów w genomu jest znana. Przygotowanie zapytania sekwencji aminokwasów i używać BBH (dwukierunkowe najlepsze trafienie) metoda przypisać orthologs.

Partial Genome- Kaas może być również wykorzystywany do ograniczonej liczby genów. Przygotowanie zapytania sekwencji aminokwasów i używać SBH (jedno-kierunkowy najlepsze trafienie)

ESTS- Kiedy interesy są wystarczająco wszechstronne, zestaw konsensusu contigs mogą być generowane przez EGassembler serwerze i wykorzystywane jako zestaw genów dla Kaas z BBH

Reference- Nr referencyjny

Autorzy:

Zbigniew Jakub Bidas,Karolina Osowiecka,Jarosław Piotrowski,Paweł Podliński,Piotr Tyszer