Strona Główna KEGG

Przeglad

KEGG HOME

WPROWADZENIE

PRZEGLĽD

KONTAKT
Kontakt

Przegląd

Baza danych	Zawartość	Źródło informacji
PATHWAY	Oddziaływania molekularne i szlaki metaboliczne, różne procesy wewnątrzkomórkowe, choroby człowieka.	Ręcznie wprowadzane na podstawie opublikowanych źródeł.
BRITE	Dane uporządkowane w sposób hierarchiczny, odzwierciadlają stan naszej wiedzy nt. systemów biologicznych	Ręcznie wprowadzane na podstawie opublikowanych źródeł.
GENES	Katalogi genów pochodzących z sekwencji kompletnych genomów wraz z wprowadzanymi ręcznie adnotacjami.	Generowane z RefSeq i innych źródeł z dodatkowymi adnotacjami serwisu KEGG.
LIGAND	Związki chemiczne (w tym leki), reakcje chemiczne	Ręcznie wprowadzane na podstawie opublikowanych źródeł.

Obiekty KEGG:

Jest to komputerowa prezentacja systemów biologicznych. Graficznie składa się ona z obiektów KEGG (tzw. węzłów - rekordów z poszczególnych baz danych) oraz połączeń biologicznych między nimi. Prezentacja taka umożliwia manipulację takimi obiektami zarówno na poziomie molekularnym, jak i na wyższych poziomach. Obiekty KEGG pochodzą i są powiązane z najważniejszymi bazami danych i jako część sieci WWW mogą być wyszukiwane za pomocą np. przeglądarek internetowych.

Hierarchia sieci:

Najbardziej unikalną w serwisie KEGG jest sieć oddziaływań i reakcji cząsteczkowych - sporządzona jest ona w formie graficznych diagramów - map szlaków metabolicznych (dostępna w bazie PATHWAY). W KEGG PATHWAY dane są zhierarchizowane - wyróżniamy dwa poziomy:

Kategorie główne	Kategorie drugorzędowe
Metabolizm	Metabolizm węglowodanów Energia metabolizmu Metabolizm lipidów Metabolizm nukleotydów Metabolizm aminokwasów Metabolizm innych aminokwasów Biosynteza i metabolizm glikanów Biosynteza polipeptydów i peptydów nierybosomalnych Metabolizm kofaktorów i witamin Biosynteza metabolitów wtórnych Biodegradacja i metabolizm ksenobiotyków
Przetwarzanie informacji genetycznej	Transkrypcja Translacja Sortowanie i degradacja Replikacja i naprawa
Przetwarzanie informacji ze środowiska	Transport membranowy Transdukcja sygnału Cząsteczki sygnałowe i interakcje
Procesy komórkowe	Ruchliwość komórek Wzrost i śmierć komórki Komunikacja międzykomórkowa Układ endokrynny Układ immunologiczny Układ nerwowy System sensoryczne Rozwój Zachowanie
Choroby człowieka	Nowotwory Zaburzeń odporności Choroby neurodegeneracyjne Choroby metaboliczne Choroby zakaźne

Rekonstrukcja sieci:

Początkowo integracja szlaków metabolicznych i informacji genomowej oparta była na podstawie numerów EC enzymów. Gdy numery te przypisane już były do genów kodujących enzymy, można było wygenerować automatycznie specyficzne dla danego organizmu szlaki metaboliczne (dopasowywanie naszych sieci do danych źródłowych). Jednakże, w celu uwzględnienia nie-metabolicznych szlaków, oraz przełamania problemów związanych z nazewnictwem enzymów, wprowadzono nowy schemat oparty na ID z ortologicznych baz danych, który zastąpił numery EC. KO (KEGG Orthology) jest dalszym rozszerzeniem ortholog ID. Oparte jest on nie tylko na mapach szlaków metabolicznych, lecz także na hierarchiach funkcjonalnych z bazy BRITE.

Hierarchie funkcjonalne BRITE:

Baza danych BRITE jest zbiorem hierarchicznych plików tekstowych oraz plików relacji (w formacie dwójkowym). Założeniem jest uzupełnianie bazy PATHWAY na dwa sposoby. Po pierwsze zapisanie w formie elektronicznej high-level knowledge (zaawansowanej wiedzy), którą trudno jest przedstawić w postaci oddziaływań międzycząsteczkowych/ sieci reakcji. Po drugie dąży się do integracji wiedzy na temat genomu (genomie space) z innymi dziedzinami wiedzy np. z zakresu chemii (chemical space). Obesnie przedstawia się to następująco:

Kategorie główne	Kategorie drugorzędowe
Geny i białka	Hierarchia sieci Rodziny białek
Związki i reakcje	Związki Reakcje Oddziaływania między związkami
Leki i choroby	Leki Choroby
Komórki i organizmy	Organizmy

Autorzy:

Zbigniew Jakub Bidas,Karolina Osowiecka,Jarosław Piotrowski,Paweł Podliński,Piotr Tyszer