Katedra Budowy, Eksploatacji Pojazdów i Maszyn wywodzi się z Instytutu Maszyn i Urządzeń Rolniczych. W 1999 r. wraz z powstaniem Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego został on przekształcony w Instytut Inżynierii Mechanicznej, z którego w 2000 roku wydzielono m.in. Katedrę Eksploatacji Pojazdów Maszyn.
W 2005 r. przyjęła ona nazwę Katedry Budowy, Eksploatacji Pojazdów i Maszyn. Pierwszym jej kierownikiem został prof. dr hab. inż. Ryszard Michalski, który funkcję tę sprawował do 2009r., a w latach 2009-2010 kierował nią dr hab. inż. Jerzy Żebrowski prof. UWM .
Od 2010 r. kierownikiem Katedry jest prof. dr hab. Jerzy Napiórkowski. Katedra zatrudniała w momencie powstania 16 pracowników, w tym 3 profesorów, 6 doktorów, 3 magistrów i 4 pracowników technicznych.
Byli to profesorowie Ryszard Michalski (zm. w 2015 r.), Stanisław Niziński (zm. w 2011 r.) i Jerzy Szkoda (zm. w 2014 r.). W następnych latach dołączyli profesorowie UWM. W 2006 r. Jerzy Żebrowski (zm. w 2010r.) oraz Jerzy Napiórkowski, w 2011 r. Bronisław Kolator, w 2017 r. Oleksandr Vrublevskyi.
W 2018 r. samodzielnym pracownikiem naukowym został dr hab. inż. Przemysław Drożyner. Zajęcia dydaktyczne realizowane są na kierunkach studiów Mechanika i budowa maszyn, Mechatronika, Technika rolnicza i leśna, Inżynieria precyzyjna w przemyśle rolno-spożywczym, Rolnictwo (WKSiR) oraz Zarządzania Inżynierią produkcji (WNE). W okresie funkcjonowania Katedry tytuł doktora uzyskali Arkadiusz Rychlik (2005 r.), Piotr Szczyglak (2005 r.), Krzysztof Ligier (2005 r.), Andrzej Olszewski (2016 r.), Karol Kołakowski (2016 r., studia doktoranckie), Michał Janulin (2017 r.), Jarosław Gonera (2018 r.), Agnieszka Markowska-Mendik (2021) i Magdalena Lemecha (2021).
W ramach Katedry funkcjonują Laboratorium Utrzymania Maszyn, Laboratorium Pojazdów, Laboratorium Diagnostyki, Laboratorium Tribologii i Materiałów Eksploatacyjnych. Pracownicy Katedry są członkami w następujących stowarzyszeniach: Polskie Towarzystwo Naukowo-Techniczne Eksploatacji (V-ce prezes dr hab. inż. Przemysław Drożyner), Polskie Towarzystwo Tribologiczne (członek Sądu Koleżeńskiego prof. Jerzy Napiórkowski), Polskie Towarzystwo Inżynierii Rolniczej, Polskie Towarzystwo Diagnostyczne oraz Warmińsko-Mazurskiej Federacji Stowarzyszeń Naukowo – Technicznych NOT (V-ce prezes prof. Jerzy Napiórkowski).