Początki tworzenia jednostki naukowo-dydaktycznej, której domeną jest szeroko pojęta budowa i użytkowanie maszyn rolniczych, sięgają 1950 roku, kiedy to w Olsztynie powołano Wyższą Szkołę Rolniczą. Utworzenie w Uczelni w 1969 roku Wydziału Mechanicznego wymusiło przeniesienie z Wydziału Rolniczego Katedry Mechanizacji Rolnictwa, którą z dniem 1 czerwca 1970 roku przemianowano na Instytut Maszyn i Urządzeń Rolniczych.

W 1973 roku w Instytucie powołano trzy zakłady: Zakład Mechanizacji Rolnictwa, Zakład Mechanizacji Produkcji Zwierzęcej, Zakład Energetyki Rolnictwa. Zakład Mechanizacji Rolnictwa w 1976 roku został przemianowany na Zakład Maszynoznawstwa i Maszyn Rolniczych. Kolejne zmiany nastąpiły w 1983 roku, kiedy to powrócono do jednolitej struktury Instytutu, powołując w nim nieformalne zespoły dydaktyczno-badawcze. W 1988 roku z Instytutu wydzielono dwie Katedry: Katedrę Elektroenergetyki i Automatyki oraz Katedrę Suszarnictwa i Eksploatacji Maszyn Przemysłu Spożywczego. Pozostała część Instytutu funkcjonowała nadal w jednolitej strukturze aż do 31. grudnia 1997 roku.

Od 1. stycznia 1998 roku jednostka działała w strukturze dwuzakładowej. Obok Zakładu Eksploatacji Pojazdów i Maszyn powstał Zakład Maszyn Rolniczych, których merytorycznym spadkobiercą jest obecna Katedra Pojazdów i Maszyn.

Z dniem 1. stycznia 2000 roku Instytut Maszyn i Urządzeń Rolniczych zmienił nazwę na Instytut Inżynierii Mechanicznej. W jego strukturze, obok Katedry Eksploatacji Pojazdów i Maszyn (kierownik: prof. dr hab. inż. Ryszard Michalski), powstała Katedra Procesów Separacji i Maszyn Rolniczych (kierownik: prof. dr hab. inż. Kazimierz Wierzbicki, prof. nadzw.) z dwoma zakładami: Zakładem Budowy Maszyn (kierownik: dr hab. inż. Tadeusz Rawa, prof. nadzw.) orz Zakładem Inżynierii Rolniczej (kierownik: prof. dr hab. inż. Leszek Mieszalski, prof. nadzw.).

W 2001 roku Senat UWM podjął uchwałę, zgodnie z którą podstawową jednostką uniwersytetu powinna być katedra – jako samodzielna i jednolita pod względem organizacyjnym struktura. W związku z tym, po dwóch latach funkcjonowania, Instytut Inżynierii Mechanicznej rozpadł się na trzy samodzielne katedry z następującą obsadą kierowników:

• Katedra Eksploatacji Pojazdów i Maszyn – prof. dr hab. inż. Ryszard Michalski, prof. nadzw.,
• Katedra Maszyn Roboczych i Procesów Separacji – prof. dr hab. inż. Tadeusz Rawa, prof. nadzw,
• Katedra Inżynierii Rolniczej – prof. dr hab. inż. Leszek Mieszkalski, prof. nadzw.

W 2005 roku Katedra Eksploatacji Pojazdów i Maszyn przyjęła nazwę Katedry Budowy, Eksploatacji Pojazdów i Maszyn. Jej pierwszym kierownikiem został prof. dr hab. inż. Ryszard Michalski, który pełnił tę funkcję do 2009 roku. W latach 2009-2010 kierownikiem był dr hab. inż. Jerzy Żebrowski, prof. UWM. Od 2010 roku, aż do momentu połączenia (1.01.2025 r.) z Katedrą Maszyn Roboczych i Metodologii Badań kierował nią prof. dr hab. inż. Jerzy Napiórkowski.

Z dniem 1. października 2011 roku Katedra Inżynierii Rolniczej, po odejściu jej kierownika prof. dr. hab. inż. Leszka Mieszalskiego do SGGW w Warszawie, została włączona do Katedry Maszyn Roboczych i Procesów Separacji, której nowym kierownikiem został prof. dr hab. inż. Dariusz Choszcz, prof. zw. Działania restrukturyzacyjne na Wydziale spowodowały, że Katedra
z dniem 1. kwietnia 2012 roku rozpoczęła działalność pod nową nazwą – Katedra Maszyn Roboczych i Metodologii Badań.

Po połączeniu w dniu 1. stycznia 2025 roku Katedry Budowy, Eksploatacji Pojazdów i Maszyn z Katedrą Maszyn Roboczych i Metodologii Badań, powstała nowa jednostka – Katedra Pojazdów i Maszyn, której na kierownika został powołany prof. dr hab. inż. Dariusz Choszcz.

W ponad 60-letniej historii jednostki organizacyjnej, związanej głównie z budową, konstruowaniem i diagnostyką maszyn i pojazdów, przedstawione wyżej przeobrażenia organizacyjne wynikały z jednej strony z nowych zadań, jakie pracownicy musieli podjąć po utworzeniu w Uczelni Wydziału Mechanicznego (1969 r.) oraz Wydziału Nauk Technicznych (1999 r.), a z drugiej strony, z potrzeby dostosowania działalności dydaktycznej do nowych warunków wynikających z postępu techniczno-technologicznego.

Pracownicy Katedry są członkami licznych organizacji i stowarzyszeń, w których aktywnie uczestniczą, m.in.: International Commission of Agricultural and Biosystems Engineering (CIGR), Polskie Towarzystwo Naukowo-Techniczne Eksploatacji (V-ce prezes – dr hab. inż. Przemysław Drożyner), Polskie Towarzystwo Tribologiczne (członek Sądu Koleżeńskiego – prof. Jerzy Napiórkowski), Polskie Towarzystwo Inżynierii Rolniczej (Członek Zarządu Głównego – prof. Dariusz Choszcz, Prezes Oddziału – dr hab. inż. Piotr Markowski, prof. UWM), Polskie Towarzystwo Agrofizyczne (V-ce Przewodniczący Oddziału – prof. Dariusz Choszcz), Polskie Towarzystwo Diagnostyczne oraz Warmińsko-Mazurska Federacja Stowarzyszeń Naukowo-Technicznych NOT (V-ce prezes – prof. Jerzy Napiórkowski), Polskie Towarzystwo Inżynierii i Techniki Przetwórstwa Spożywczego „SPOMASZ” (Członek Komisji Rewizyjnej – prof. Dariusz Choszcz), „Retro-Traktor” Klub miłośników starych ciągników i maszyn rolniczych w Golubiu Dobrzyniu (Członek Zarządu – dr hab. inż. Krzysztof Jadwisieńczak). Stowarzyszenie Inżynierów Mechaników Polskich (SIMP).

Pracownicy jednostki pełniący funkcje w jednoosobowych organach Uczelni i Wydziału:

1. Prof. dr. inż. Zbisław Martini – Dziekan Wydziału Mechanicznego WSR w Olsztynie 1969-1972;
2. Prof. dr hab. inż. Kazimierz Wierzbicki – dziekan Wydziału Mechanicznego ART w Olsztynie 1987-1990, 1990-1993, dziekan Wydziału Nauk Technicznych UWM w Olsztynie 1999-2002; Prodziekan ds. Dydaktyki na Wydziale Mechanicznym ART w Olsztynie 1975-1978;
3. Prof. dr hab. inż. Ryszard Michalski – dziekan Wydziału Nauk Technicznych UWM w Olsztynie 2002-2005, prodziekan ds. nauki i współpracy z gospodarką regionu ART w Olsztynie 1990-1993, 1993-1996;
4. Prof. dr hab. inż. Tadeusz Rawa – prorektor ds. Kadr UWM w Olsztynie 2008-2012; dziekan Wydziału Mechanicznego ART w Olsztynie 1993-1996, 1996-1999, dziekan Wydziału Nauk Technicznych UWM w Olsztynie 2005-2008;
5. Prof. hab. inż. Adam J. Lipiński – dziekan Wydziału Nauk Technicznych UWM w Olsztynie 2012-2016, 2016-2020, 2020-2024, prodziekan ds. Rozwoju Wydziału na Wydziale Nauk Technicznych UWM w Olsztynie 2008-2012;
6. Prof. dr hab. inż. Dariusz Choszcz. prodziekan ds. Rozwoju i Promocji na Wydziale Nauk Technicznych UWM w Olsztynie 2012-2016, prodziekan ds. Rozwoju i Współpracy na Wydziale Nauk Technicznych UWM w Olsztynie 2016-2020, 2020-2024, zastępca przewodniczącego Rady Dyscypliny Inżynieria Mechaniczna 2019-2022;
7. Dr hab. inż. Zdzisław Kaliniewicz, prof. UWM od 1.01.2023 – nadal, zastępca przewodniczącego Rady Dyscypliny Inżynieria Mechaniczna;
8. Dr hab. inż. Piotr Markowski, prof. UWM od 1.09.2024 – nadal, prodziekan ds. Rozwoju i Współpracy na Wydziale Nauk Technicznych UWM w Olsztynie.