Instytut powstał w 1989 roku, a pod obecną nazwą funkcjonuje od 1 lipca 2001 r. Studia politologiczne prowadzone są od 1997 roku. Wcześniej (od 1993) były to studia z politologii i nauk społecznych, a jeszcze wcześniej - z nauk społecznych.

Zgodnie z uchwałą Senatu UWM, od 2 października 2004 roku Instytut Nauk Politycznych wszedł w strukturę Wydziału Nauk Społecznych i Sztuki (który od października 2008 r. zmienił nazwę na Wydział Nauk Społecznych).

We wrześniu 2004 roku kierunek politologia prowadzony na Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim otrzymał od Państwowej Komisji Akredytacyjnej akredytację na pięć lat. W roku 2010 odbyła się kolejna akredytacja i ponownie nasz instytut otrzymał ocenę pozytywną.

Z kolei w 2011 roku Polska Komisja Akredytacyjna przyznała kierunkowi politologia ocenę wyróżniającą, wyznaczając jednocześnie termin następnej akredytacji na rok 2019/2020.

Prezydium Polskiej Komisji Akredytacyjnej uchwałą 42/2021 z dnia 21 stycznia 2021 r. wydało pozytywną ocenę programową na kierunku "Politologia", studia pierwszego i drugiego stopnia. Oznacza to, że uczelnia spełnia wymagania kadrowe i organizacyjne do prowadzenia nauczania na studiach pierwszego i drugiego stopnia, a poziom prowadzonych studiów umożliwia studentom osiągnięcie zamierzonych efektów uczenia się i odpowiada w pełni kryteriom jakościowym. Następna ocena programowa kierunku "Politologa" przewidziana jest na rok akademicki 2026/2027, co oznacza maksymalny okres na jaki przyznaje się akredytację.

30 marca 2009 roku Centralna Komisja ds. Stopni i Tytułów przyznała Wydziałowi prawo do nadawania stopnia doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie nauki o polityce.

24 czerwca 2013 roku CK zmieniła uprawnienia Wydziału do nadawania stopnia doktora nauk społecznych w dyscyplinie nauki o polityce.

Uniwersytet Warmińsko-Mazurski otrzymał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego w dziedzinie nauk społecznych w dyscyplinie nauki o polityce i administracji. Centralna Komisja ds. Stopni i Tytułów decyzję o przyznaniu podjęła 29 października 2020 roku.

Aktualnie prowadzimy kształcenie na trzech kierunkach studiów - politologii, bezpieczeństwie narodowym oraz analityce i zarządzaniu publicznym.