Katedra powstała w wyniku kolejnych przekształceń i zmian organizacyjnych biorąc swój początek od samodzielnego Zakładu Eksploatacji Maszyn Przemysłu Spożywczego, utworzonego na Wydziale Mechanicznym w 1975 roku. Założycielem i kierownikiem Zakładu był doc. dr inż. Zenon Katewicz.
W 1978 roku Zakład został włączony w strukturę Instytutu Maszyn i Urządzeń Rolniczych. Następnie w 1988 roku został przekształcony w Katedrę Suszarnictwa i Eksploatacji Maszyn Przemysłu Spożywczego z jednoczesnym wyłączeniem jej z Instytutu. Do roku 1989 Katedrą kierował nadal doc. dr inż. Zenon Katewicz. Od końca 1990 roku funkcję tę pełnił doc. dr inż. Włodzimierz Ptasznik. Od stycznia 1991 roku jednostką, już pod nazwą Katedra Urządzeń Technicznych, kierował dr hab. inż. Stanisław Orzoł.
Od 1997 roku katedrą kieruje prof. dr hab. inż. Marek Markowski. W styczniu 2002 roku następuje zmiana nazwy na Katedra Inżynierii Procesów Rolniczych.
Od 1 kwietnia 2012 roku nazwa brzmi - Katedra Inżynierii Systemów.
1 stycznia 2021 na mocy ZARZĄDZENIA Nr 110/2020 Rektora Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie z dnia 21 grudnia 2020 roku, pracownicy zlikwidowanej Katedry Inżynierii Bezpieczeństwa, stają się pracownikami Katedry Inżynierii Systemów.