Wydział Nauki o Żywności sięga swoimi korzeniami roku 1945, tj. roku pierwszej immatrykulacji na Wydziale Mleczarsko-Serowarskim Wyższej Szkoły Gospodarstwa Wiejskiego w Cieszynie. Jej historia zaczęła się jeszcze wcześniej w Poznaniu, gdzie podjęła działalność dydaktyczną 15 października 1919 roku. 14 lutego 1920 roku szkoła została przeniesiona do Bydgoszczy, a po krótkim czasie do Cieszyna, którego oferta w zakresie infrastruktury była najbardziej atrakcyjna, spośród wielu starających się o szkołę miast. Do dyspozycji szkoły postawiono tu cztery pokoszarowe budynki na Sokołowicach (przy obecnej ulicy Kraszewskiego), a ponadto majątki po byłej Komorze Cieszyńskiej na Gułdowach i w Hermanicach, które wkrótce wymieniono na położone bliżej Bażanowice. Pierwszy rok akademicki rozpoczął się w październiku 1922 roku. Szkoła kształciła wysoko kwalifikowane kadry dla potrzeb rolnictwa, przetwórstwa rolno-spożywczego, jak również dla administracji i ekonomiki rolnej. Już w tym okresie uczelnia cieszyńska miała znakomitą kadrę. Badania nad serem ementalskim zapoczątkował w tym okresie dr Tadeusz Rylski – dyrektor PWSGW w latach 1927-1936. W całym okresie międzywojennym uczelnia wykształciła około tysiąca absolwentów.

Po wojnie uczelnia wznowiła pracę w 1945 roku. Absolwenci zaczęli otrzymywać tytuły inżynierskie. Oprócz działającego od początku istnienia szkoły Wydziału Rolniczego utworzono Wydział Mleczarski. Podjęły też działalność Studium Nauczycielsko - Instruktorskie, Studium Ochrony Roślin oraz tzw. Kurs Wstępny. Obecnie w obiektach WSGW mieści się Zespół Szkół Ponadgimnazjalnych  nr 1 im. Władysława Szubińskiego.

Wspomniana już pierwsza immatrykulacja przeprowadzona na Wydziale Mleczarsko-Serowarskim przez ówczesnego Rektora WSGW w Cieszynie w październiku 1945 roku dotyczyła tylko 22 studentów. Zajęcia dydaktyczne na Wydziale prowadziło 11 profesorów i docentów, 3 doktorów, 9 magistrów i 1 inżynier.

Strukturę organizacyjną Wydziału tworzyły w tym czasie Zakład Technologii Mleka oraz Zakład Technologii Maślarskiej kierowane przez prof. Tomasza Dziamę; Zakład Nauki o Mleku kierowany przez prof. Józefa Budsławskiego, Katedra Mikrobiologii kierowana przez prof. Halinę Karnicką.

Będące w dyspozycji jednostek organizacyjnych laboratoria pozwalały już w tym okresie, nie tylko na prowadzenie zajęć dydaktycznych, ale także na produkcję szczepionek mleczarskich przeznaczonych dla zakładów mleczarskich w kraju.

Kształcenie na wydziale Mleczarsko-Serowarskim w Cieszynie początkowo obejmowało 3-letnie studia inżynierskie z zakresu mleczarstwa, które ukończyło w czasie pierwszych 5 lat funkcjonowania Wydziału 105 absolwentów.

Początki Wydziału na ziemi warmińsko-mazurskiej to rok 1950. Na podstawie Rozporządzenia Rady Ministrów (z 31 maja 1950 r.) oraz Rozporządzenia Ministra Szkół Wyższych i Nauki (z 7 sierpnia 1950 r.), Wydział Mleczarski wraz z Wydziałem Rolniczym oraz Wydziałem Zootechnicznym wszedł w struktury powołanej Wyższej Szkoły Rolniczej w Olsztynie.

Kolejne karty historii Wydziału zapisywane były przez kolejne pokolenia  nauczycieli akademickich, pracowników technicznych i administracji realizujących swoje obowiązki, a w wielu przypadkach także pasje życiowe.

Pierwszą rekrutację przyszłych studentów w strukturach uczelni olsztyńskiej przeprowadzono w roku 1950 w pomieszczeniach Starego Ratusza. W pierwszym roku funkcjonowania Wydziału jako Wydziału Mleczarskiego na Uczelni olsztyńskiej studiowało 177 studentów.

Jego strukturę organizacyjną tworzyły w tym okresie: Katedra Nauki o Mleku, Katedra Mikrobiologii, Katedra Technologii Mleczarskiej, Katedra Technologii Serowarskiej, Katedra Maszynoznawstwa Mleczarskiego, Katedra Ekonomiki Przemysłu Mleczarskiego oraz Katedra Statystyki Matematycznej.

Na początku funkcjonowania Wydziału w Uczelni olsztyńskiej kształcenie obejmowało 3,5 letnie studia inżynierskie. Studia magisterskie uruchomiono na Wydziale w roku  1958, zaś w 1963 roku podjęto kształcenie na studiach zaocznych. Uprawnienia do nadawania stopnia doktora Wydział uzyskał w 1965 r. Pierwszym wypromowanym doktorem była Pani dr Halina Kozłowska (1965 rok).

W 1966 roku w związku z poszerzeniem oferty kształcenia i zakresu prowadzonych badań na wniosek Rady Wydziału Minister Szkolnictwa Wyższego wydał zarządzenie o przemianowaniu Wydziału Mleczarskiego na Wydział Technologii Mleczarskiej i Żywności. Strukturę organizacyjną Wydziału stanowiły w tym czasie: Katedra Chemii Mleka i Przetworów Mleczarskich/ od 1967 r. Katedra Chemii i Oceny Surowców /kierowana przez prof. dr J. Budsławskiego/; Katedra Technologii Mleczarskiej /kierowana przez prof. dr hab. S. Poznańskiego/; Katedra Mikrobiologii /kierowana przez prof. H. Karnicką/; Katedra Technologii Żywności i Przechowalnictwa /kierowana przez prof. A. Rutkowskiego/, Katedra Biochemii Żywności /kierowana przez prof. P. Masłowskiego/; Katedra Fizyki /kierowana przez prof. dr hab. R. Drabent/; Katedra Inżynierii i Eksploatacji Maszyn Przemysłu Spożywczego /kierowana przez prof. M. Eisele/; Katedra Organizacji i Ekonomiki Produkcji /kierowana przez prof. dr hab. B. Imbsa/ oraz Katedra Statystyki Matematycznej - do 1967 r. /kierowana przez doc. F. Indana/.

W 1966 roku Wydział zatrudniał 111 pracowników, w tym 9 samodzielnych pracowników naukowych (5 profesorów, 4 docentów), 10 starszych wykładowców i wykładowców, 48 adiunktów i asystentów oraz 44 pomocniczych pracowników naukowych. Na Wydziale studiowało natomiast 804 studentów, w tym 543 na studiach dziennych (stacjonarnych), 224 na studiach zaocznych oraz 37 na studiach eksternistycznych II stopnia.

Bardzo owocna dla dalszego rozwoju Wydziału była  także pierwsza połowa lat 70-tych. W 1971 roku zmieniono strukturę organizacyjną Wydziału, powołując do życia dwie nowe jednostki organizacyjne: Instytut Inżynierii i Biotechnologii Żywności oraz Instytut Fizyki i Chemii Żywności, a także zmieniono nazwę Katedry Organizacji i Ekonomiki Produkcji na Katedrę Ekonomiki i Organizacji Przemysłu Spożywczego. W 1973 roku zmieniono też ponownie nazwę Wydziału na Wydział Technologii Żywności.  Ważna w historii Wydziału była również druga połowa lat siedemdziesiątych. Był to okres nie tylko dalszego poszerzania oferty kształcenia, ale także rozwoju prowadzonych badań naukowych. Na szczególną uwagę zasługuje realizacja koordynowanego przez prof. Jana Kiszę Centralnego Programu Badawczo-Rozwojowego (CPBR 10-16). Wielkim sukcesem tych lat było uzyskanie przez Wydział w 1978 roku uprawnień do nadawania stopnia doktora habilitowanego. Pierwszymi wypromowanymi dr hab. były: Pani dr hab. Łucja Fornal i Pani dr hab. Zofia Aleksiejczyk.

W tym czasie oddano też do użytku bardzo nowoczesne jak na tamte czasy Audytorium im. prof. E. Pijanowskiego. W tym okresie podjęto również w tym okresie działania zmierzające do rozpoczęcia bardzo potrzebnej Wydziałowi budowy Hali Technologicznej. Ten nowy i unikalny w skali kraju i Europy obiekt oddano do użytku w roku 1982. Kolejne lata w historii Wydziału, obejmujące okres od 1990 do 1996 roku, obfitowały dalszym rozwojem kadry naukowej i przygotowaniem Wydziału do poszerzenia oferty kształcenia. Zakończono je z powodzeniem w roku 1998 oraz 1999, w których to obok funkcjonującego od początku kierunku Technologia żywności i żywienie człowieka poszerzono ofertę dydaktyczną Wydziału o kierunek Towaroznawstwo oraz Inżynierię chemiczną i procesową. W 2011 roku do oferty kształcenia dodano kierunek Gastronomia – sztuka kulinarna.

W 1995 roku Wydział zatrudniał już ponad 200 pracowników, w tym 17 profesorów tytularnych, 5 docentów (doktorów habilitowanych), 8 doktorów habilitowanych zatrudnionych na stanowisku profesora nadzwyczajnego, 3 dr hab. zatrudnionych na stanowisku adiunkta, 42 doktorów na stanowisku adiunkta, 41 asystentów, 79 pracowników technicznych i obsługi oraz 11 pracowników administracyjnych. Na Wydziale studiowało 1704 studentów, w tym 1037 na studiach stacjonarnych, 652 na studiach zaocznych oraz 15 na studiach eksternistycznych II stopnia.

W 1998 roku zmieniono po raz kolejny  nazwę Wydziału na Wydział Nauki o Żywności, współtworzący od 1999 roku Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie. W tym okresie zmodernizowano też bardzo ważną dla jakości prowadzonych zajęć Aulę im prof. E. Pijanowskiego. Dużym sukcesem  okresu 2005 - 2008 było uzyskanie dofinansowania przez Unię Europejską Warmińsko-Mazurskiego Centrum Doskonałości Mleczarstwa WAMADAIREC – kierowanego przez prof. dr hab. Stefana Ziajkę. Okres ten przyczynił się do dalszego wzbogacenia wyposażenia laboratoriów w aparaturę badawczą ze środków UE. Był to też okres przygotowań do rozbudowy, modernizacji i wyposażenia Centrum Edukacyjno-Badawczego Mleczarstwa.

Lata 2009-2011  to przede wszystkim sfinalizowany Projekt obejmujący rozbudowę, modernizację i wyposażenie zespołu laboratoriów Centrum Edukacyjno-Badawczego Mleczarstwa, realizowanego w ramach Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej 2007-2013. Należy podkreślić, że komponent o wartości 34 mln zł, realizowany na Wydziale Nauki o Żywności, jest największą inwestycją Projektu BIO. Realizacja komponentu pozwala rozwinąć działalność dydaktyczną i badawczą prowadzoną w Centrum Doskonałości Mleczarstwa WAMADAIREC Wydziału Nauki o Żywności. W wyniku projektu, po modernizacji, Centrum Edukacyjno-Badawcze Mleczarstwa zajmuje 6462 metrów kw. powierzchni, z której będzie korzystać ponad cztery tysiące studentów. Obok najnowszej generacji mini mleczarni oddano w ramach Centrum nowocześnie wyposażone laboratorium instrumentalne, w pełni wyposażone Laboratorium Oceny Jakości Sensorycznej, Laboratorium Mikrobiologii Prognostycznej oraz Mikrobiologii Przemysłowej.

W ostatnich latach    zakończono także realizację Projektu dotyczącego wyposażenia w sprzęt aparaturowy Centrum Nutri-Bio-Chemicznego Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego
w Olsztynie.