Zasady uczestnictwa w programie Horyzont 2020 zostały znacząco uproszczone w porównaniu z zasadami obowiązującymi w poprzednich programach ramowych, poprzez wprowadzenie m.in.:

• jednego poziomu finansowania w projekcie dla wszystkich uczestników
  • podstawowy poziom finansowania dla projektów badawczo-innowacyjnych  – do 100% kosztów kwalifikowanych
  • dla projektów innowacyjnych – do 70% kosztów kwalifikowanych (w przypadku podmiotów prawnych o charakterze niezarobkowym do 100%)
• stałego ryczałtu na koszty pośrednie w wysokości 25% kosztów kwalifikowanych
• kwalifikowalności podatku VAT, jeśli beneficjent nie ma możliwości jego odzyskania
• braku wymogu rejestracji czasu pracy osób pracujących wyłącznie w projekcie
• szerszej akceptacji zwykłych praktyk księgowych beneficjenta
• zasady, że czas od zakończenia konkursu do podpisania umowy grantowej nie przekracza 8 miesięcy
• zmodyfikowanej strategii w zakresie audytów, nakierowanej na zapobieganie nadużyciom
• zasady otwartego dostępu do publikacji naukowych.

W programie Horyzont 2020 utrzymane zostały generalne zasady uczestnictwa stosowane w poprzednich programach ramowych, tj.:

• projekty będą realizowane przez konsorcja złożone z co najmniej 3 partnerów z 3 różnych państw członkowskich UE i/lub państw stowarzyszonych z programem ramowym
• we wskazanych przypadkach projekty mogą być realizowane przez podmioty indywidualne: granty Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych (ERC), niektóre działania Marii Skłodowskiej-Curie, instrument dla MŚP oraz działania koordynacyjne i wspierające (projekty CSA)
• najlepsze projekty będą wybierane w drodze konkursowej
• jakość projektów będzie oceniana przez niezależnych ekspertów
• podstawowe kryteria oceny  to doskonałość, oddziaływanie i implementacja (w przypadku grantów ERC – tylko doskonałość)
• projekty muszą mieć wymiar europejski (European added value).