Administracja
Jednostki w pionie Rektora: Gabinet Rektora, Sekcja Audytu Wewnętrznego, Biuro Kontroli Wewnętrznej i BHP, Inspektor Ochrony Danych, Biuro Prawne, Rzecznik Prasowy, Rzecznik Patentowy, Stanowisko ds. Obronnych i Informacji Niejawnych, Stanowisko ds. Kontroli Zarządczej
Jednostki w pionie Prorektora ds. Rozwoju i Polityki Finansowej: Biuro Planowania i Monitoringu Finansowego, Sekcja ds. Sprawozdawczości, Rzecznik ds. Równości Szans
Jednostki w pionie Prorektora ds. Polityki Naukowej i Badań: Centrum Badań i Projektów, Szkoła Doktorska, Biblioteka Uniwersytecka, Wydawnictwo Uniwersytetu, Centrum Badań Europy Wschodniej
Jendostki w pionie Prorektora ds. Umiędzynarodowienia Uczelni: Biuro ds. Współpracy Międzynarodowej
Jednostki w pionie Prorektora ds. Kształcenia: Biuro ds. Kształcenia, Studium Języków Obcych, Akademia Biznesu, Centrum Kultury i Języka Polskiego dla Cudzoziemców, Centrum Egzaminacyjne Goethe-Institut przy UWM w Olsztynie, Filia w Ełku
Jednostki w pionie Prorektora ds. Studenckich: Biuro ds. Studenckich, Uniwersyteckie Centrum Wsparcia, Studium Wychowania Fizycznego i Sportu, Akademickie Centrum Kultury
Jednostki w pionie Kanclerza: Biuro Kanclerza, Centrum Informatyczne, Dział HR, Dział Zamówień Publicznych, Straż Uniwersytecka
Jednostki w pionie Zastępcy Kanclerza ds. Administracyjnych: Centrum Marketingu i Mediów, Centrum Popularyzacji Nauki i Innowacji Kortosfera, Dział Gospodarki Nieruchomościami, Dział Obsługi Obiektów, Kancelaria Ogólna, Dział Logistyki, Zakład Poligraficzny, Archiwum, Dział Inwentaryzacji
Jednostki w dziale Zastępcy Kanclerza ds. Technicznych: Dział Inwestycji i Nadzoru Budowlanego, Dział Obsługi Technicznej i Utrzymania Infrastruktury, Stanowisko ds. Ochrony Przeciwpożarowej, Stanowisko ds. Energetycznych
Jednostki w pionie Zastępcy kanclerza ds. Finansowych: Sekcja ds. Procedur Bankowych, Sekcja ds. Procedur Ksiegiowych, Dział Kontroli Finansowej, Dział Finansowo-Księgowy, Dział Ewidencji Majątku, Dział Rozliczeń Projektów, Sekcja ds. Rozliczeń Podatku VAT