Instytut Historii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie współpracuje z następującymi instytucjami:
- Archiwum Państwowe w Olsztynie
- Archiwum Archidiecezji Warmińskiej
- Archiwum i Muzeum UWM
- Biblioteka Narodowa
- Business Investment & Counseling Spółka z o.o.
- Fundacja Agencji Służby Społecznej w Warszawie
- Fundacja "Rodowo"
- Instytut Historii im Tadeusza Manteuffla Polskiej Akademii Nauk w Warszawie
- Instytut Historii i Archiwistyki UMK w Toruniu
- Instytut Historii i Stosunków Międzynarodowych UKW w Bydgoszczy
- IPN - Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu. Delegatura w Olsztynie
- Miejska Biblioteka Publiczna w Kętrzynie
- Muzeum Historyczne w Ełku
- Muzeum Warmii i Mazur
- Muzeum Bitwy pod Grunwaldem
- Muzeum Historyczne w Ełku
- Olsztyńskie Towarzystwo Budownictwa Spolecznego Sp. z o.o.Olsztyn
- Ośrodek Badań Naukowych im. Wojciecha Kętrzyńskiego w Olsztynie
- Ośrodek Szkoleń Specjalistycznych Straży Granicznej w Lubaniu
- Politechnika Gdańska
- Polskie Stowarzyszenie Komparatystyki Literackiej, z siedzibą w Toruniu
- Polskie Towarzystwo Historyczne Oddział w Olsztynie
- Towarzystwo Miłośników Twierdzy Boyen
- Uniwersytet Łódzki
- Wojewódzka Biblioteka Publiczna w Olsztynie
- Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków
- 20 Bartoszycka Brygada Zmechanizowana
- Warmińsko-Mazurska Organizacja Wojewódzkiej Ligii Obrony Kraju w Olsztynie
- Zespół Szkół nr 2 im. Władysława Jagiełły w Mrągowie
- Zespół Szkół w Barczewie
- Związek Piłsudczyków RP Towarzystwo Pamięci Józefa Piłsudskiego
Ponadto IH współpracuje z poniższymi szkołami, w których Studenci mają możliwość odbywania praktyk zawodowych:
- Zespół Szkół w Barczewie
- Zespół Szkół nr 1 w Nidzicy
- Zespół Szkół nr 3 im. Jana III Sobieskiego w Szczytnie
- Zespół Szkół nr 2 im. Władysława Jagiełły w Mrągowie
- Zespół Szkół Zawodowych i Ogólnokształcących im. 9 Drezdeńskiej Brygady Artylerii w Morągu
