Instytut Historii jako jednostka organizacyjna Wydziału Humanistycznego Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie istnieje od utworzenia Uniwersytetu w 1999 r. (do 31 grudnia 2019 r, jako Instytut Historii i Stosunków Międzynarodowych)
Kształcenie na kierunku historia rozpoczęto w Wyższej Szkole Nauczycielskiej w 1969 r., później kontynuowano w Wyższej Szkole Pedagogicznej (od 1974 r.) i na Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie (od 1999 r.). Początkowo studenci historii kształcili się na jednolitych studiach magisterskich, od 2005 r. na studiach I stopnia (licencjackich) i II stopnia (magisterskich), a od 2006 r. na studiach III stopnia (doktoranckich). Rada Wydziału Humanistycznego posiada uprawnienia do nadawania w zakresie historii stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych od 1999 r., a od 2006 r. stopnia doktora habilitowanego. Kierunek był prowadzony przez Zakład Historii powołany w 1969 r. Pierwszym jego kierownikiem i wielokrotnym dziekanem Wydziału Humanistycznego Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Olsztynie był doc. dr Stanisław Szostakowski.
W 1988 r. Zakład Historii został przekształcony w Instytut Historii, a w 2001 r. już w ramach Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego, po utworzeniu kierunku stosunki międzynarodowe, nazwę tę rozszerzono do brzmienia obecnego. Od 1 styczni 2020 r. w związku z regulacjami wynikającymi z przekształcenia struktury Wydziału Humanistycznego przywrócono nazwę Instytut Historii.

1 stycznia 2010 r. weszła w życie nowa reorganizacja struktury organizacyjnej Instytutu i powołanie zakładów. W kwietniu 2010 r. została zatwierdzona specjalność nauczycielska w zakresie historii oraz specjalność nauczycielska w zakresie historii i wiedzy o społeczeństwie. W dniach 24–25 września 2010 r. Instytut był organizatorem spotkania dziekanów wydziałów historycznych i dyrektorów instytutów historii. W 2011 r. uruchomiono kształcenie na kierunku stosunki międzynarodowe na poziomie studiów stacjonarnych i niestacjonarnych drugiego stopnia (magisterskie). W kwietniu 2012 r. został zatwierdzony przez Senat UWM kierunek informacja naukowa i bibliotekoznawstwo (nabór w 2013 r.) oraz specjalność turystyka historyczna, w 2014 r. – kierunek woskoznawstwo i specjalność wschodoznawstwo (nabór od 2015 r.). 1 września 2011 r. kierunek historia uzyskał kolejną pozytywną ocenę jakości kształcenia Państwowej Komisji Akredytacyjnej na lata 2011–2017 (uchwała Prezydium nr 769/2011), a 3 kwietnia 2014 r. Prezydium Polskiej Komisji Akredytacyjnej na mocy uchwały nr 148/2014 wydało pozytywną ocenę instytucjonalną na Wydziale Humanistycznym UWM. W listopadzie 2013 r. Instytut Historii i Stosunków Międzynarodowych obchodził jubileusz 25-lecia swego istnienia i z tej okazji opublikowano okolicznościową monografię pt.

Instytut Historii i Stosunków Międzynarodowych Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie (1969-1988-2013). Dzieje - profil badawczy - absolwenci, red. A. Kopiczko, Olsztyn 2013, ss. 335.

Instytutem dotychczas kierowali:

• dr hab. Stanisław Szostakowski, prof. WSP (1988-1994)
• prof. dr hab. Józef Śliwiński (1994-1996)
• dr hab. Tadeusz Filipkowski, prof. UWM (1996-1999)
• prof. dr hab. Sławomir Kalembka (2000-2001)
• prof. dr hab. Jan Sobczak (2001-2002)
• prof. dr hab. Bohdan Ryszewski (2002-2004)
• dr hab. Zoja Jaroszewicz-Pieresławcew, prof. UWM (2005-2009)
• prof. dr hab. Andrzej Kopiczko (2010-2014)
• dr hab. Jan Gancewski, prof. UWM (2015-31 III 2018)
  
• dr hab. Irena Makarczyk (1 IV 2018-)