Instytut Historii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie współpracuje z następującymi jednostkami zagranicznymi:

• Historischer Verein für Ermland
  
• Academia Baltica w Sankelmark
  
• Central European University
  
• Mainzer Polonicum / Universität in Mainz
  
• Museum für Vor- und Frühgeschichte zu Berlin 
  
• Geheimes Staatsarchiv Preussicher Kulturbesitz zu Berlin
  
• Uniwersytet w Brunszwiku 
  
• Ministerstwo Oświaty i Nauki Litwy
  
• Bałtycki Federalny Uniwersytet im. Immanuela Kanta w Kaliningradzie
  
• Porozumienie o współpracę z Centralnym Uniwersytetem Europejskim w Budapeszcie
• Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universitat Bonn